TCONS_00054762 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00054762
Unique Name	TCONS_00054762
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	4143

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_245:198943..231755+

transcript sequence

>TCONS_00054762 ID=TCONS_00054762|Name=TCONS_00054762|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4143bp
CATTTTTCCCTCTAAAGTTAGGGGAAATCAAAAGTAATCTATATTTTACA
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transcript from alignment at scaffold_245:198943..231755+

Legend: exon

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>TCONS_00054762 ID=TCONS_00054762|Name=TCONS_00054762|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=32813bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_245:198943..231755+ (Clytia hemisphaerica)
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GTAATAAGCCAAAATGCGGGCGGAAGAATCTCCTATCCAGCACGCTTTGA
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ATGATCAAAAGACTGGTGCTGACTATACACGTTACGAATGAATTTATCGC
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ATTAAGCTCCAATGTAATGCAATACTGAACCATTTACATGCTGGAGTATT
CAAGTTTACCAGGATTGAAGCCAAGAAGATGAGGTCAGATTTGAGGAGCA
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GGTAACTGAAGGTAGCATCGAATACTGGCAATGTAAGATACTAAACTGAT
GGTTGTTCCGGAGATAGAGATGACGAATTGCGCTTCAGCAACATTCTTCG
TCCAAGAGAATTCATGCTCTTCCTTGATACATATCTGTACACCGTTTGCC
GTTGGAAGGTATTCCCGGGGTTGCAATATTTGACCTGTCTTTACCATTGA
AATGGTCAAACTTCCAGAGTTTTGCTCAAAACTTGAATGATTTAGTTCAA
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TAGAGGATCTTTGAGGCTGAGTCTTCTGGTATTTAGTTCCTGACATAAAC
AATTAGGTTTGATAATAAACTGTTGATCTAAAAACTTCATCGGCTCGGTG
CAAAGTCCTTGAATGGAGTATTGGTGAAGCTGAAAGCCatgtatttttga
aatatggaTACGCCCTGTCGTTACAACCAGTTTTAGAGATGATGAATGGT
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aggccatattaTTAAATTCCctcaaccgcaaaatttaattccgcgaaact
tccgaattttgagctgtgaaccgcgaaattaaattaacgaaaatttcttc
cggcaaaattttttttcccttaagataataataatttttttttatacgaa
atattttcaataatctCAAAGATCATCCTTGGAAATATTATAGGGGCTTG
TTCgtgttttttgaatttttatgaattctttaatacacccctgtctcaca
gtcccaCCGGAAGTTTTATCCTACAACGGGGATAAAAGTTTCTATCAAAA
TCTTAATGGGGATGAATCAAAATCCATTTCCTAGTGGAGATGAAATATTA
GGGTATTCTTTGCACCAGGGACGagattttagccaaattttcctATTGAG
CGGGGTCCAAGCGGGGTCTGTGACACCAGGTGTTATATTGGAGGGATGAA
TGTATAGGAATCATTCAATGTTGATGTTATTTATGGAAAGCCATCCTAGT
ACTGTATTGGAAAATTTTACTCGaacaattttgagaattttaccaCGATT
TCGTGATAAGATAGAAAATTCGTTTTACATTAGTCTGTTTTTGCTGAGTT
GAACTTTATGCCCTTATCTTGTGACTTGAAGCTTCATTTAGTGAAAACCT
TCCCTCCCCCAACCTACCTTCAAAAACACtgtttttcatgatttctaGAC
TGGTCAACCAATTTTGCCACCTAAAGTCTTTGTTGTTGACCTAATGCACA
ACCCTGGCGAACTATTTCCCAAAGGATCACCCGAAGCGGTCAAATATCAA
CGTATCTGAAGATAAAGCGTGTgagtagattttttttattttgatgtaaA
TACGAAGTTTGTGTAAATAAAGCGTTACTTTTTGGTATGATTCagaatta
atttatttttctgcAAGATATTTTAATATAAGTaagtttaaatatttttt
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ttcagaTCCCTTTTTAGGAATTTACTTAGTCCCAAATATTATTCTTGGCT
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TGGCAGCGTTGAGTGTTGTTGTTGCTGTAGCAACAGACGAAATTTCTTCT
TTATCGCGATTGTCTGAAGTTTGAATTTTCAACAATTTGAAGAGAAAGAC
TTTACATTTCTTGTTgctataaatgaaaatgaaggcATTGATAGCAGAGT
TTGTATGTACAGTAAAGATACCACACATCTTTATGAATTCCAACCAGCCT
TTCATGGCACCTGTTGACGTCGGGTAGAAGATGGATGTCGAAAGAATAGT
GCTGAAATAAAGGAAGTAGATGATGGCCAGACATAACAAAAGTCTTTTCA
CAAATGTCCCAATACTTCGTTCAGAACTTCGAAATTTCGATCGGTTGGTT
AAGACCTTGTTCTCAGCTCGACTAATTCCTTTAGTGAAGAGTACATAAGC
CACGATCACTGATATGATAGCCATCGTATCGATGAAAAGTACAATTGCGT
TCGACACCGCTGAGAAACCATACAAGCTGCCAGTCAGGAAAAGAACGCCT
TCGAAGAGAGCTAGAAGGACTGTCATGCAAATGATTATGTTGACTCGTTG
GATTTTAACGATCGCGCGGTATTTGTTTGCTAGTTTGACGCGCGCGTAAC
GATCGTACGCCGTGAGGACGATGCCGTAAGATGAGAGATGGCCAACAACC
ACTAACGCGAAAAGAGTCATCAACTCTAACTCGTAATAGCATGAATCGGA
GTAACTCGTCAAAAGCATAGTTAGGAAAGTCAAAGTGGCTAATGCGCCAA
CGATATCTGACATGCTAATAAAAAGCACTAGTCTCATGGCGGTGATTTGT
GTTTGTTTAGTCAGAATCAGGCTAACAACAACAGCCAAATTTGCCAGCAT
GCTTGCCAAGCCATTAACGATGACGTTGTAAACAGCCaatgatatttttt
gactgCTTAACATGTGAAATCGTGGGTAAGGCGTTGAACAGGCAAGTGTA
GTGTTGTTCATCTTGAGTTGCCAGTGGAGTATTGTTGATGCTAAAGTCAC
CGGTTTGTTTGTG

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_034500	XLOC_034500	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_245	supercontig	scaffold_245:198943..231755 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
7.51469	2.92866	0.393593	10.2358	4.63237	3.68665	23.5359	9.67507	0.981823	2.32612	0.000249675	7.05303e-05	0.000166753	0.116222	0.000115932	3.35501e-09	1.68519	0.00126058	0.508164	0.0492578	0.189735	1.06511	2.1625	1.25005	10.7249	11.0127	5.12956	1.73834	5.92003e-06	1.26579e-06

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00054762 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: ARMC3 (Armadillo repeat-containing protein 3 OS=Homo sapiens GN=ARMC3 PE=2 SV=2)

HSP 1 Score: 558.91 bits (1439), Expect = 2.855e-179
Identity = 342/868 (39.40%), Postives = 529/868 (60.94%), Query Frame = 2

Query:  158 PLKEEFDPVELVTKKPQTVTLMLQSAEESVLQTVCDSLYKYAEKSQENKAQMVNLGVLEHLPRLISHEDKLVKRSAIMCIGSMSSENSCKKILRRIGCVKPLLQLLSPDEEIICHEFSTLALSNLAETFTSKIEIFEQNGLQLLVNHLSSTDCDVQKNTVHAVSLLVEEFQNRAAMKDLHGFEPLLKLLDSDYPVIQELALSTLITCSQDAENRGALRELEAMNKLVDIIGNETWSDLHILALQCLANLLEDTETLRAIQTTGVFDKLLAFITGSSSSPEIQQFTMIVIAAASRLEENRRIFNEQETEKTLITLLTSDNIQVSISAVKAIAALSENLSSRDKIGRLDGIPNIMKLLSHENEEAREIATLALSNLTNANQNNCNILMDKNSLDVIVKLLSDKKYEIQSNTAVLLSNLAMNESWRNEIKKHGVVKALMEPLKSESEQVQLDACQALAAFLCDVDARNKLLTLDEGILNVVNLLRSPNGSVQRNAAWVLAMCAVDENIAEEITKYGGLELLQQIQHSSTRKNPVVDMAWSRLLNNNLPAKYALTGELGFDNTLESLFFDVGKIRGDSQFLPLPLLFNEEVNNKRPVILVNPKKNATSGSNSKRANKDEEKHTASPSKPASVEKPEKQRTRTRNDRRMSKSRVGRDNREEPIISGGTNTVSEKPLVE-----------------TIPSLPALSKFVTSISATE------DKELLNMVQTVQSTIGGLSDLSEQITSLALFVSDRMGGNVERSDFTNFSFELHISELKTELASNVIPIGRIKCGIYYHRALLFKVLADQIALRCSLMRGEYGRAWNEVQIMERSETG--QPILPPKVFVVDLMHNPGELFPKGSPEAVKYQRI 2686
            P K+ FDP+ + +KK  TV LML S EE +L   C+++YK+A K +ENK  ++ LG +E L +L++HEDK+V+R+A M  G ++S N  KK+LR +  +  ++  L+P+EE++ HEF++L L+N++  +TSK++IFE  GL+ L+  LSS D DV+KN++  +  LV++FQ RA +++L+   P+L LL S+YPVIQ LAL TL   + D E+R  LR+ + ++ L+ I+  +  +DLHI AL  +AN LED +T+  IQ TG   KLL+F   +S+ P+IQ+     I  A+   ENR++F+EQE EK L+ LL S+N    I+A +AI+A+ EN  S+D      GIP +++LL  +NEE RE A LAL+NLT  N  N N   + + +D ++ LLS K+    +N A +L+N+AM E  R  I+ H ++ A++ PL+S +  VQ  A  A+ A  CDV+AR +L     G+  +V LLRS N  V+++A+W + +CA DE  A E+ + G L++L+++  S TRKN   + A+++LLNNNL  KY+ TG L   N +   F+D G+I   ++ LPL  L  +E ++ R V+L+N K   +  S+ +  +K +  +  S S  +S+ +  K++ +  +    +      +++ EP  + G NTV  K   +                     +  + KFV   S+ +      D +    V  V  +I  ++++ EQI  LA +V+++MGG + +    +FS+ELHISELK +L SNVIPIG +K GI+YHRALLFK LAD+I + CSL+RGEYGRAWNEV +   S  G    +  P+++V+DLM +PG L    S EA  Y+ I
Sbjct:   12 PPKDVFDPLMIESKKAATVVLMLNSPEEEILAKACEAIYKFALKGEENKTTLLELGAVEPLTKLLTHEDKIVRRNATMIFGILASNNDVKKLLRELDVMNSVIAQLAPEEEVVIHEFASLCLANMSAEYTSKVQIFEHGGLEPLIRLLSSPDPDVKKNSMECIYNLVQDFQCRAKLQELNAIPPILDLLKSEYPVIQLLALKTLGVIANDKESRTMLRDNQGLDHLIKILETKELNDLHIEALAVIANCLEDMDTMVQIQQTGGLKKLLSFAE-NSTIPDIQKNAAKAITKAAYDPENRKLFHEQEVEKCLVALLGSENDGTKIAASQAISAMCENSGSKDFFNN-QGIPQLIQLLKSDNEEVREAAALALANLTTCNPANANAAAEADGIDPLINLLSSKRDGAIANAATVLTNMAMQEPLRLNIQNHDIMHAIISPLRSANTVVQSKAALAVTATACDVEARTELRN-SGGLEPLVELLRSKNDEVRKHASWAVMVCAGDELTANELCRLGALDILEEVNVSGTRKNKFSEAAYNKLLNNNLSLKYSQTGYLSSSNIINDGFYDYGRINPGTKLLPLKELCLQEPSDLRAVLLINSKSYVSPPSSME--DKSDVGYGRSISSSSSLRRSSKEKNKKNSYHFSAGFGSPIEDKSEP--ASGRNTVLSKSATKEKGWRKSKGKKEEEKVKEEEEVMVVPKFVGEGSSDKEWCPPSDPDFSMYVYEVTKSILPITNIKEQIEDLAKYVAEKMGGKIPKEKLPDFSWELHISELKFQLKSNVIPIGHVKKGIFYHRALLFKALADRIGIGCSLVRGEYGRAWNEVMLQNDSRKGVIGGLPAPEMYVIDLMFHPGGLMKLRSREADLYRFI 872

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00054762 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00054762 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
ARMC3	2.855e-179	39.40	Armadillo repeat-containing protein 3 OS=Homo sapi...	[more]

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TCONS_00054762 (transcript) - C. hemisphaerica