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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00055989 ID=TCONS_00055989|Name=TCONS_00055989|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=6286bp
CACAGATCGACTTGACCCCCCTCCCCCGTTCGTTTTCGTTCGTTTTTTtg
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tttgggccaaaaaacagctaaaaaacaggttttttggactttgtgaaaaa
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aggtaaaagagggctcaagcagatttttgcaaaaaaaatttgttggctca
aaaaacgcatgtttatctataagaatcactattgataagcatacatcaat
gttcttagtcaaattactcaattcctttatgagatagatgttttattCGC
Tcgcaaagtcttgaatatgacagaatatttcaagagcatgaaatgttggt
ttctaaacgtttttttttagtaagaaacaaacgactaattttaaaagatc
gtcactatttgtgttctgaatgattgtttaacggtcctgctcacgtagat
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CGCCAAAAATCCCAACGAGTGTGCACCCTTgtaaggaaagaaagttttaa
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ttttcaaaaatcagaaatCAGAAACTAAAATTACAGAAATGTAGGCAAAC
TTCTTTCCAAAAACCGGGATATCAGGGAAACATTTTTCCCGAAATcgaat
ttatttctttttgatttttttgattcatGATTCTTTTAATCTGAGCCAAT
ATATTGACTCGTGAAAATTCTCACTCGTGATTTGTTAATTTAAATCCTTT
TATTTATAATAAACCCTTTGATATATATTACTTCCCACAAAGATGACTTA
CCTTCTTGACTATACTTTCCTTTAGACTAAATTAACAAAGCCCCAGTTTA
CATgggaatatttttgtcaatgtGTTACGTGTTAACTAATGAAAGCATTG
TATTGTTAAAATGGGAAGGAGAGAAGAGTTTAGAGCCTTAGAGTTACACT
GCCTCATCTCAAGAAAAATTGATAGTTTCAAGTTGTAACTCAGGTAAGGG
CTTGAGATCTTGTGTTACGGCTTTTAGAAAACTAGATATTTCCTGTGTTT
CAGACGCATGTAAACATGTTTGGGAAATCCAATAAAACTCTTTTCCAATT
ACAGGAGAGCAAAATTCTAAGAAATGTCTGGGGAAATTATGTGTAAACAA
AACTTTCACTATTCGGGTGGTATATATCAACGCTCTGCCCCTTGTGATTA
TGAATTGATGAAGAgaaaaagcaaatttttttaaacactttgcCAATCAG
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ATGGTTACTAGGAAAATGACTGACAGATTAGACTTATCCAGGCAACCATT
GGAACTTGCATCACATAAGTGGGGAGACTTATCTTTCTATAAGCCACTTG
TTAATTGTCATATTTTGATAGTGCTATTATAATTCTGTTCCATCTGGAAA
GGCtggttttgatgttatttaaTGATTTTAGAGAACTCAGAGTGTATATG
ATCAGGCCTTAGGTGCTCTATAAAGAGAGAACTACAATGACCACAAAAAA
GCATGTCTCATGGTGTTTTATTATAATAAAGAATAATTTAACTTAGAATT
TGGGGTACTAGGGTTCAGAGCTGACGGGGGTGCCGCcagactttcgaact
ttggaccctaaccaggactaaaaaggagaaaataaaggtaaatttttgga
attttacgacccttagcgggactttggaagtccaaaaaaggtacccttaa
gggcggcacatactgtACCCTCCTGAAGATTTTAAAGGAATAAAAGATGG
TTGCATGATATCATTTGCCAACTGGAGAATCACTTTTACTTGTGTAGGTG
TTTGGACCACAGATACCTTAtgtaaaacactagatagagctactccatCC
CTCCTTATATATACTTAAAATACTGATTTTAACAGGTAACTTAATTGACT
TATTATAGTTTTATGACATTCTCTTATGATTTTAGATAATGGTTTGAAAT
TATTACTATGATGTCAAAAAGACTAGTCTTTGGCTTATCAAAGAGATGTT
ATAATGCCCATATTAATAAGAGAAATCTACTGCGTAAGCAATACTTGCAA
AGTAGCAATCTACAGGTGTCTAAATATCAGTCTCTGACCACTGACGCTGA
TTCAAACTTGAAACTTAATAttgatggaacagcaattacaCAGCTTCAGA
AAACTTTAGAAGACTCTCAATTTTTACGAGTGTTGGTTGAAGGTGGAGGC
TGCTCAGGATTTCAATACAAGTTTGAAGTTGATTCAGAAATTGACGATGA
AGAAGATTTGATATTTGAAAATGATGGTGTCAAAGTTGTATCTGATATTG
AATCAGTGAAAATCTTGAATGGAAGTAAAGTTGAATATCATGTTGATCTG
ATACGAGCTGGTTTTCGTATCACTGATATTCCAATGGCTGAAAAAGGCTG
CTCTTGTGGTGTTTCATTTTCTGTAAAACTGTaaacttattttttaataa
attttcctttgagaaTTATGTGTTTTGTATATTTGTAATGAATTATAATC
TATGACTCTGTATCAAAAACCTCAATCCCTGAGATTCTACCCTTCCAATA
TTGTTTATGAGCAATTGTTGTAAAATTGTTCAAGAGGGACCATTTTACCC
ACTACAAAAACCTTGACAACTTCTAAATTTAATAAATAAGAGGTTCAGAT
ATAGTCAAAGAACTTGAATAAGCATTTTAATTTCTATTTTCCaaacagat
ttttcaaataagTTATGGTCAGCTCTTTTTAGtgttattgaagaaaaaaa
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ATAGAAATATTCAAGCCCCCTAAAACATGACCCTAAATATGCACTCTCAC
TCTCAGAGAGAAAGAGAGTACTTTGCTGTAGAATATGTATTTATAACCTC
GGGTGGGTTTCTTTTCATTACACATACTTTGATTTTGAAGGTTAAGAAAC
TGATTTTctagttttttgaaagtgttcTAAATTTAGTCTAGGCTTTTCAT
CTTAGAATTTTTGTCCTTTTATTTTTAGTGTTTGCTTTTTGGAATATAAT
GACAACACCTAGGAAAGAAATTAAAACACCAATCAAAGCAAGAATTTTAT
CAGAGGGCACTCCCTCTCCGAAAACCCCAAGGACACCAAGAACACCAACA
ACAGTCGATAGCAGCATCAAACGCAGATTTTCAGACATTCTTGTCAATCT
ACACAAATGTGTTCAAATTTGGGAAACTGATAATCAAGCCAGTTTTAACA
CTGCAAATACTTTGATAAACCTTTACTCGCAATGGAAAACAGTGAAAGAC
AGCACACAACTGGATGATATTGTTTCAAAGGAatgtaaagaaaaatatca
gctgaaattgattaAAACACGAGAAGATCTTTTAAAACAGCTAAAAGTGC
ACCAAtccaaacttgaaaaattaattaccaAAATGAATGGGTTTAAAGAA
AACATCAGAGCCATATATTTTCTTGGTATGGTTTCTAGTGATGTAGAGTC
TTCTGTTTGTCTGGATGAGAGTGCTGCTCAAGATTGTGATTTTAATTTAG
AACCTGTTATCTTCTCCACATGGACTTCAGAAATGTTTTTACATAAAATC
GAGGAAATGTTAAGTTGTTATACAAAAGAATAtatacaaaaattgaaatt
ttatgatttgTTTCTGAAATTCAGAGTAAATGAGAAAGGCGGAGATGATA
CAAGCAAGCTATCGCAGTGCGTCAGCATCTGGTTACACCAGCCATATCTT
GATGACCATTGTAGATTTCTTTTAGAGTGTATGCTTGTTGAGGCTGAATT
GAAATGAtatattgtttgaaaattttatatttttgtaaattgttttttat
tacattttaaaaaaCTCTGAAACTTTATATACTCCCACCCATGTCTTTTC
TGCACAGCTTAATGTTTCATGAGCAGAATGATTTGTAGCAATGAAAAAGT
AACGGTGATCAAAAATGATTATAGCTCTTCATGGAG Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_266:162531..168816- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00055989 ID=TCONS_00055989|Name=TCONS_00055989|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=6286bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_266:162531..168816- (Clytia hemisphaerica)
CACAGATCGACTTGACCCCCCTCCCCCGTTCGTTTTCGTTCGTTTTTTTG
CTGACCCCCTCCCCCCCTCGGCGACGAACGTACTTTTTGAATGGCCCCAT
AGGGTGCGCTCTCGTCGGGATTTTTTGCGCGGAATGAGGGAGAATTTACA
AAAATGAACTTCAATGCATTAGTACTTACCTTAAATCATCCAAATCTATT
CATTCTTTTTTAAAATCAATCAGGAATTATCAGGGAAACAAGTAAAAAAA
ACTGTATCCAGGTATCCATATTTTTCCATAGATATTCATGTTTTTTGACG
TCAAGGTGAAAACGCGATTTAGCGCTGACCACGGCACCGGAAAATTCTCG
ACCCACATTGAAACAAATGGCTCTCGCTATTGAGCTGGTTCCTCTTTTCA
ATCGCGTTTTTTTTAGCGAACCTTGTACTTTTGTATGCAATTTGTGTTTT
GACTTGTTGCGTACCGACAACGTTTTTTAAAGTCTTATTTAAGGATTTTA
CCAGATTTACCTGATGATTTTTTTGTGTTTTGAAAATGGAATAACTTTGG
GAATACTTAACCAATTCTAATAAATGACCCCTCATTTTTCTCACAAAGGT
AAGGACTTTCAAATAAAATTAGTTTGGTTTCTAAAAATTGAGGGGAAAAT
TTTGGCCTGTCCACCCTACCTTTGAAAACTTGTGACCTCCGATCCCAAAA
TGGCGCATGTAATGATAAACAAAGTAAAAATGCTGCGAATGCGCTAGAAT
TTGCTCGCTAAAAATCGACACAATAAAATTTTTGAATGAAGGATAGGTCA
TGGCAGAAAAAGTCCGACAAATTTACCGACTCACCGACTCAATTCTACTC
AATTTTCGAGAGTCGGTCGGGCGATGCGAAACAAAGATATTTGTGATTAC
CGCCTTAGCTATTCTAGCAGTTACATCAATATGCCTTCTTACGCAGTCAT
CAAAAAATTGTTTTATCCGCGTCACTTGCCCGCATCAAATTTTACGCTGA
TTTTCCGGTGCGGAGTTGTGGAAAAAAACCTGAGAAAAGCAATTTGTTCT
TTTAAAGTATAGCTTTTTTCTCAATTGCTCTGACGACCATCGAAAAATTG
TTATTGCTCGTGTTACCACCCGCCCCTGAGTTACTGACATGATTAAAATT
TTCAAACGTCTATTATTACGCATTGAGAAAAAAACTTTCAATAATATATA
GCTCGTTTTGATCGTCTTGTTCTAAATTTTCTAAATGTAACAAAAAATGT
GTGACAAAAATTTGGGCTGACATCCCCTTTAATGAAGGTTTTTGTTCAGT
GATTAACAAAGCTTCTGTTAATTCTCTAGTAATTTTAATTAGCTTGTTTC
TGTAAATTTTGAATTTAGAATCCTCATCCTGATTAGATTTTTGGACCTAC
CCTGGTGGGGTGGAGGTCCTATAAATTAACCTGTGTTCGTTCGTTTGTCT
GTTACCAACTTGTCTCAGGATTGATTTATAGGAATCTTTTGATTTTTGGT
ACAAAGGTGCAAAATGGTGGTGGGCAAAATGTGAGGAAGCATGATTTTCG
AAAAAAAATTATTTTGGGCAAATTTGGGCCAAAAAAAAGCTAAAAAACAG
GTTTTTTCGACTTTGTGAAAAATTGGATCATTAATTTTTTGCATGAAAGT
AGGGTACCATCATAGGTAAAAGATGGCTCAAGCAGATTTTAGCAAAACAA
TTTTGTTGGCTCGAAAACGCATGTTTATATATAAGAATCACTATTAATCA
CACCAATGTTCTTAGGCAAATTACTCAATTTTTTATGGGATAGATGTTTT
TTTGCTCACGAGCGCTTTCTTTTGATGAATTTGTGTGTTTAGACATGAAA
TTTTGGTTGCTTGACGTGTTTTCATTGAAAAACTGGCCAAATTTGATATT
TTTTTATAAGCACATTATCAATTACTTAGGTATTAGCTTTTCTCAAGATT
GGCTTTTTCATTTTTTATGATTTTTTGCACAAAGATGCATAAATATAAAC
CCTCAAATGTGATGGAGCTTGATCTTCGAAAAAAAATGTTTTTGGGCAAA
TTTGGGCCAAAAAACAGCTAAAAAACAGGTTTTTTGGACTTTGTGAAAAA
TTGGATTATTAATTTTTTCTGATTTTTTTAATGAAAATAGGTACCATCAT
AGGTAAAAGAGGGCTCAAGCAGATTTTTGCAAAAAAAATTTGTTGGCTCA
AAAAACGCATGTTTATCTATAAGAATCACTATTGATAAGCATACATCAAT
GTTCTTAGTCAAATTACTCAATTCCTTTATGAGATAGATGTTTTATTCGC
TCGCAAAGTCTTGAATATGACAGAATATTTCAAGAGCATGAAATGTTGGT
TTCTAAACGTTTTTTTTTAGTAAGAAACAAACGACTAATTTTAAAAGATC
GTCACTATTTGTGTTCTGAATGATTGTTTAACGGTCCTGCTCACGTAGAT
ATCAATAATATATGTGTTAAATGCATAACCAGGTAGGTCCAGGTAGGTCC
ATAAAAATATCACTTGTTACTCTGATGATGATCTCTTGTGAGTGAGGTCG
AATATATGGTTTTTAATAAAAAAGAAGAATGCATAACTAAACATTTTTCA
GTAAGTACTAATGCATTAATGTTCATTTTGGTGAATTCTTCCTTGTTCCG
CGCCAAAAATCCCAACGAGTGTGCACCCTTGTAAGGAAAGAAAGTTTTAA
AACCATTTCTCCTTTCTATCCACCATACAGTATAGCCAGACCTGCCAACT
TGAGATGTCTGTTTAGCGTGAGATGAAGGTTTCCAAATGAAATCCAAAGT
TTTTCAAAAATCAGAAATCAGAAACTAAAATTACAGAAATGTAGGCAAAC
TTCTTTCCAAAAACCGGGATATCAGGGAAACATTTTTCCCGAAATCGAAT
TTATTTCTTTTTGATTTTTTTGATTCATGATTCTTTTAATCTGAGCCAAT
ATATTGACTCGTGAAAATTCTCACTCGTGATTTGTTAATTTAAATCCTTT
TATTTATAATAAACCCTTTGATATATATTACTTCCCACAAAGATGACTTA
CCTTCTTGACTATACTTTCCTTTAGACTAAATTAACAAAGCCCCAGTTTA
CATGGGAATATTTTTGTCAATGTGTTACGTGTTAACTAATGAAAGCATTG
TATTGTTAAAATGGGAAGGAGAGAAGAGTTTAGAGCCTTAGAGTTACACT
GCCTCATCTCAAGAAAAATTGATAGTTTCAAGTTGTAACTCAGGTAAGGG
CTTGAGATCTTGTGTTACGGCTTTTAGAAAACTAGATATTTCCTGTGTTT
CAGACGCATGTAAACATGTTTGGGAAATCCAATAAAACTCTTTTCCAATT
ACAGGAGAGCAAAATTCTAAGAAATGTCTGGGGAAATTATGTGTAAACAA
AACTTTCACTATTCGGGTGGTATATATCAACGCTCTGCCCCTTGTGATTA
TGAATTGATGAAGAGAAAAAGCAAATTTTTTTAAACACTTTGCCAATCAG
GAAAGTCAGGAAAACAGTAAAATACTTTCCTAAAGACAAAACTCATAAAT
ATGGTTACTAGGAAAATGACTGACAGATTAGACTTATCCAGGCAACCATT
GGAACTTGCATCACATAAGTGGGGAGACTTATCTTTCTATAAGCCACTTG
TTAATTGTCATATTTTGATAGTGCTATTATAATTCTGTTCCATCTGGAAA
GGCTGGTTTTGATGTTATTTAATGATTTTAGAGAACTCAGAGTGTATATG
ATCAGGCCTTAGGTGCTCTATAAAGAGAGAACTACAATGACCACAAAAAA
GCATGTCTCATGGTGTTTTATTATAATAAAGAATAATTTAACTTAGAATT
TGGGGTACTAGGGTTCAGAGCTGACGGGGGTGCCGCCAGACTTTCGAACT
TTGGACCCTAACCAGGACTAAAAAGGAGAAAATAAAGGTAAATTTTTGGA
ATTTTACGACCCTTAGCGGGACTTTGGAAGTCCAAAAAAGGTACCCTTAA
GGGCGGCACATACTGTACCCTCCTGAAGATTTTAAAGGAATAAAAGATGG
TTGCATGATATCATTTGCCAACTGGAGAATCACTTTTACTTGTGTAGGTG
TTTGGACCACAGATACCTTATGTAAAACACTAGATAGAGCTACTCCATCC
CTCCTTATATATACTTAAAATACTGATTTTAACAGGTAACTTAATTGACT
TATTATAGTTTTATGACATTCTCTTATGATTTTAGATAATGGTTTGAAAT
TATTACTATGATGTCAAAAAGACTAGTCTTTGGCTTATCAAAGAGATGTT
ATAATGCCCATATTAATAAGAGAAATCTACTGCGTAAGCAATACTTGCAA
AGTAGCAATCTACAGGTGTCTAAATATCAGTCTCTGACCACTGACGCTGA
TTCAAACTTGAAACTTAATATTGATGGAACAGCAATTACACAGCTTCAGA
AAACTTTAGAAGACTCTCAATTTTTACGAGTGTTGGTTGAAGGTGGAGGC
TGCTCAGGATTTCAATACAAGTTTGAAGTTGATTCAGAAATTGACGATGA
AGAAGATTTGATATTTGAAAATGATGGTGTCAAAGTTGTATCTGATATTG
AATCAGTGAAAATCTTGAATGGAAGTAAAGTTGAATATCATGTTGATCTG
ATACGAGCTGGTTTTCGTATCACTGATATTCCAATGGCTGAAAAAGGCTG
CTCTTGTGGTGTTTCATTTTCTGTAAAACTGTAAACTTATTTTTTAATAA
ATTTTCCTTTGAGAATTATGTGTTTTGTATATTTGTAATGAATTATAATC
TATGACTCTGTATCAAAAACCTCAATCCCTGAGATTCTACCCTTCCAATA
TTGTTTATGAGCAATTGTTGTAAAATTGTTCAAGAGGGACCATTTTACCC
ACTACAAAAACCTTGACAACTTCTAAATTTAATAAATAAGAGGTTCAGAT
ATAGTCAAAGAACTTGAATAAGCATTTTAATTTCTATTTTCCAAACAGAT
TTTTCAAATAAGTTATGGTCAGCTCTTTTTAGTGTTATTGAAGAAAAAAA
TATTATAATCATAGGTGTGTCACCTGGTGTCCCATAAATAATATGACTTC
ATAGAAATATTCAAGCCCCCTAAAACATGACCCTAAATATGCACTCTCAC
TCTCAGAGAGAAAGAGAGTACTTTGCTGTAGAATATGTATTTATAACCTC
GGGTGGGTTTCTTTTCATTACACATACTTTGATTTTGAAGGTTAAGAAAC
TGATTTTCTAGTTTTTTGAAAGTGTTCTAAATTTAGTCTAGGCTTTTCAT
CTTAGAATTTTTGTCCTTTTATTTTTAGTGTTTGCTTTTTGGAATATAAT
GACAACACCTAGGAAAGAAATTAAAACACCAATCAAAGCAAGAATTTTAT
CAGAGGGCACTCCCTCTCCGAAAACCCCAAGGACACCAAGAACACCAACA
ACAGTCGATAGCAGCATCAAACGCAGATTTTCAGACATTCTTGTCAATCT
ACACAAATGTGTTCAAATTTGGGAAACTGATAATCAAGCCAGTTTTAACA
CTGCAAATACTTTGATAAACCTTTACTCGCAATGGAAAACAGTGAAAGAC
AGCACACAACTGGATGATATTGTTTCAAAGGAATGTAAAGAAAAATATCA
GCTGAAATTGATTAAAACACGAGAAGATCTTTTAAAACAGCTAAAAGTGC
ACCAATCCAAACTTGAAAAATTAATTACCAAAATGAATGGGTTTAAAGAA
AACATCAGAGCCATATATTTTCTTGGTATGGTTTCTAGTGATGTAGAGTC
TTCTGTTTGTCTGGATGAGAGTGCTGCTCAAGATTGTGATTTTAATTTAG
AACCTGTTATCTTCTCCACATGGACTTCAGAAATGTTTTTACATAAAATC
GAGGAAATGTTAAGTTGTTATACAAAAGAATATATACAAAAATTGAAATT
TTATGATTTGTTTCTGAAATTCAGAGTAAATGAGAAAGGCGGAGATGATA
CAAGCAAGCTATCGCAGTGCGTCAGCATCTGGTTACACCAGCCATATCTT
GATGACCATTGTAGATTTCTTTTAGAGTGTATGCTTGTTGAGGCTGAATT
GAAATGATATATTGTTTGAAAATTTTATATTTTTGTAAATTGTTTTTTAT
TACATTTTAAAAAACTCTGAAACTTTATATACTCCCACCCATGTCTTTTC
TGCACAGCTTAATGTTTCATGAGCAGAATGATTTGTAGCAATGAAAAAGT
AACGGTGATCAAAAATGATTATAGCTCTTCATGGAG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00055989-exon-scaffold_266-1575043694:162531..168816 | TCONS_00055989-exon-scaffold_266-1575043694:162531..168816 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00055989-exon-scaffold_266-1510915933:162531..168816 | TCONS_00055989-exon-scaffold_266-1510915933:162531..168816 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00055989-exon-scaffold_266-1491911889:162531..168816 | TCONS_00055989-exon-scaffold_266-1491911889:162531..168816 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_266 | supercontig | scaffold_266:162531..168816 - |
Blast
BLAST of TCONS_00055989 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: ISCA2 (Iron-sulfur cluster assembly 2 homolog, mitochondrial OS=Homo sapiens GN=ISCA2 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 104.76 bits (260), Expect = 1.219e-24 Identity = 47/107 (43.93%), Postives = 77/107 (71.96%), Query Frame = 1
Query: 4411 KLNIDGTAITQLQKTLEDSQFLRVLVEGGGCSGFQYKFEVDSEIDDEEDLIFENDGVKVVSDIESVKILNGSKVEYHVDLIRAGFRITDIPMAEKGCSCGVSFSVKL 4731
++ + + + +L + E S+FLR+ VEGGGCSGFQYKF +D+ I+ +D +FE G +VV D +S+ + G++V++ +LIR+ F++ + P A++GCSCG SFS+KL
Sbjct: 49 QIRLTDSCVQRLLEITEGSEFLRLQVEGGGCSGFQYKFSLDTVIN-PDDRVFEQGGARVVVDSDSLAFVKGAQVDFSQELIRSSFQVLNNPQAQQGCSCGSSFSIKL 154
The following BLAST results are available for this feature:
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