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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00057761 ID=TCONS_00057761|Name=TCONS_00057761|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1890bp
AATTGTAATTTGCTTATAACATTGTTGACATAACTATGACTGTCTTCATA
TTAAAATACACCTatgattttgaaaagttgacCAAAAAAGCACAATTTAA
GAGAAAATATAGCTTTGTTTGTTAACTTGGTAACTTatcaaatttttgaa
tgtttttgagaaagatttGCAGCGCATAATCATCTGTTCCAGCTTGTAAG
GAGAAAGCTCTGTTGAAGGCAGCATAGGTAGCTCTTTGTCAATGGCATTG
AGATTCAATGAGATTTTCGTTTTTAAGATCCAAAAATGTTCTAATCGCCT
TGCCGGCTGTTGTTTAGTGcgtcttcaaattagttttcccTGCAAAAGGT
TTGCAACACTTTCACACATAAAGCTTTCATTCTCTCATTAACATCCTTTT
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CATTGAAAAGTGTAGATTTTATCATgtgcttttctttgatgttccTATAA
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TTATCATGGACAGTTCTTtgaggtttttaaaaataaatctttgTAGCAAg
agatttaccacattcttgacattaaCAGTTTTTTAACCTTGATGGATAGT
TCTTTGATGCAAAGTTAAGTTTCTTTTCTCTGCAAAAGATTTACCATATT
CCTGACACACAAAAGCCTATATCCCGTCATGAACTGTTAATTTATGCCGC
TTCAGATTACCTTTTGTagcaaaacatttaccacattcctgaCACTCAAA
ATCCTTTATCTCATCATGAACTAGTAATTTATGCCGCTTCAAATAACTCT
TTCTagcaaaacatttaccacattcttgacatttatAAGGCTTTATACCT
TCATGGACAAATCTGTGATGAGAAGTTAATTGTCTTTTTAGtgcaaaaca
tttaccacatacTTGACATTCAAATGGTTTAACTCCCTCATGAACTGATC
TTTGATGGATTGTCAAGTAAGTTTCGCTGCTAAAGGCTTTATGGCATTTG
TCACATTTGAAGGATTTCAAATCTTTGTGAAGATCTTTGTGATGTTGaat
aagagcatttttagcATTATAACCTTTATCACATTGTTTACATCTATACT
TATATCCTTTATGGATCCCTTTGTGTCGAGTTAGAGTGCTTTCTTGGTAA
AATCGTTCACCACATTCATTACACTTGAAAGGTTTAATACTTTGATCGTA
ATCAAAACCATCTGCACCTGTCAAGTGGTCATTATTAGAATTTTCAGTCT
TGTTAGCCTCAAAACATTCctgtatattttcattttcatggttTTGAAAC
CTTTCTAATTCATCTTCAAACTTAATAGTGATTTCCTCCCCGATCTGTGA
ACTCATTCCTGCATTCGGTGAAAGCTGATCAAAACAATTTGTTCCATCGT
TAATATTTACTGAATttcgattttccaaaaattgcattgattTAGCACTT
TGATTATCTTGAGGTTTTGACTCATCTTCAAGTTTAATgctaatttcata
attttgtgGGTTTGTTTCTTCGGATGATGTAACATCGTTCCCCTTTacat
ttctacaagaatttTTAGATAGTTCATTTTCATGGTTTTTAATTGGTTCC
ATATTTTCGTCATCTGAATATCCAACTGATTCATCTTCCAGTTTGATTAA
AATTTCCAAATGTTCATGATTCGTTTCATTACAACCATGATCTTCTTCTT
GttcaacttttatttttatttcttcaaaCTCGTtcattttttaagcaaaa
tactCTAAGCTAAAAGAAAGATACAGTaacagaattgaaatcattatgCT
TGAAAAGACTTAAAGCAGTCCTTAAGTTAAATGTTTAAGt Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_298:60279..67105- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00057761 ID=TCONS_00057761|Name=TCONS_00057761|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=6827bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_298:60279..67105- (Clytia hemisphaerica)
AATTGTAATTTGCTTATAACATTGTTGACATAACTATGACTGTCTTCATA
TTAAAATACACCTATGATTTTGAAAAGTTGACCAAAAAAGCACAATTTAA
GAGAAAATATAGCTTTGTTTGTTAACTTGGTAACTTATCAAATTTTTGAA
TGTTTTTGAGAAAGATTTGCAGCGCATAATCATCTGTTCCAGCTTGTAAG
GAGAAAGCTCTGTTGAAGGCAGCATAGGTAGCTCTTTGTCAATGGCATTG
AGATTCAATGAGATTTTCGTTTTTAAGATCCAAAAATGTTCTAATCGCCT
TGCCGGCTGTTGTTTAGTGCGTCTTCAAATTAGTTTTCCCTGCAAAAGGT
TTGCAACACTTTCACACGTAAAAGCTTTCATTCTCTCGTTAACATATTTT
TGACGCATCTAAATGCAAAAGACTGACCACATCTATGACATTGAAAAGGT
TAGATTTTATCATGTGCTTTTCTTTGATGTTTTTATAACGAACCTTTCTC
ATTAAAAAAAATTTCCATAGTTTTGACACTGAAAAGGTTTTACCATGAAC
TGTTAAATTGATGACTCTCTAAATTTCTCTTTGTAGCAAGAGATTTAATG
TGGATTATTGATATTTAAGGTCTTTTAATCTAGATGAACAGTTCTTTGAT
GCATAGTTAAGTTCGATTTATGTCCAAAAGATTTACCACATTCCTGACAC
TCAAAAGCCTTTATCCCGTCATGAACTGTTAATTTATGCCGCTTCAAATA
ACTCTTTGTAGCAAAACATTTACCACATTCCTGACACTCAAAATCCTTTA
TCCCGTCATGAACTGTTAATTGATGCTGGTTCAAACAACTCATTCTAGCA
AAACACTTACCACATTCTTGACATTTATAAGGCTTTATACCTTCATGAAC
TGTTCTTTGATGAAAAGTTAAGGTCGTTTTCTGCCCAAAACTTTCAGCAC
ATTCTTGACATTCAAATGCCTTAATACCTTCATGGACTGTTCTTTGGTGC
CTCGCCAACGGCTTTATACCTTTATGAACAGCATCCTGGTGTTTTTTAAC
TTCATATTGCATGGTAAAACCTTTACCACATTCATCGCACATGTGTGGTC
TTATCTTCTTATGCACTCTGTCAACGTGTTTTTTCAGCTTCTTCTTTGAT
TTAAATGTCTTACATATGAAAGCTTTTAAGTTCTCGTGAGTATGATCAGG
AAGATAGTCCATACATGGCGAGTCACTGCCAGTGTGAATTAATTGATGTT
TCATTAATGATCTCTTACAAGCAAAAGATTTACCACACTTTTGACATTCA
AAATGTTTATGTTTAATCTTCTTTTCAATGGACAATGCAGTTTTCTTGGT
AGTTATATGGTTTGCAGCTCCATGTAAGGATCGTTTGTGTTCCTCAAGGT
AAGTTTTGTGTGTAAAAGTTTCACCACATTCCTGACACCTGAATGATTTC
TTTTGATTGTGGACACGATTTCGATGTACATTAAGTTTAACTCTCAATGT
AAAACATTTACCACATTCTTTACATTTGAAAAGCTTAATTCTACCGTGGA
CCATTTGACGATGTTTTATTAAATCTCTTTTACGTTTAAGACTTATAAAA
CATTTGGAACACTTAAACTTCTTGAACGCGTCAGTTTTAGACTGTTCTCC
ATACTTCAACCCTGGTGCTTTTTCGTTTGATTCTGTTCCATCATTGCATT
CGATTTTAACCATTGGAATACTTGATACTCTATCACAAACAACAATTTCC
TTCTTCACAATCAATGATAATGTTTGTGGAAACTCATTTTCTTCGGTTTC
GATTACATCTTCTTCTATTTTTATTTCAATTATATCACTCATTATTATTT
AGTTGTGTTATCTCTGAAAATAAAGTAAACAAAAGAAAAATATGAATCTG
ATACAGACAAATAAAGTAGACGTAAAATTATTTGAAGCTTGAAGTTCAAA
GGGGCCATCCACATAGTACGTACGCAGTGAAGGGGGGAGAGTGGGAATTA
GCAAAATTATTGCTTAAATGACGTCATTTAAGGGGGAATGGGGTATCCAA
TATTTAAAAACATTTTGCGTACGTACTATATGGATAACCCCAATGGGAGG
AAGGGGTTAGAGTGAACTTCTATCAGGATTTCCCTAGTATCCTTTCATCT
GTGGGAGATATTTACCATTTAAAACAGTGAACAAATTTTCAGTTTTGTCA
CGTGTGTGGTCGGAATCAGATAAAGATGAAGAGATAAATAGCAAGAGAGT
AGGAAAGTGTAGCGATCAGTTCGAAAATTTGGAACAAACTAAATGAAGCA
ATTTCACATAAAGTCCAGAAAACCCCATTTTTAGGCATATTATTTTGGCC
CATATTTGCCCAAAAAAAGTATTATTTGAAAATCGGGCTTCATCACATTA
TAAATATTACCATTTTACATCAAAGTGCAAAAAATTATAAAAAAGTATCA
ATCCAATCCCGAGTAATGCTCTTTTTCCCTAAATATGACATGAGGGAATT
TCCCCAAAATAAGAAAATCCGATTTGTACGACCAAAAAAAAATTGCAAAT
TTATATCATGGACTGTTTTTGATGTTTCTTTATCAAACCTTTGTCTCAAA
AACAATTACCATATTATTGACACTCAAACGATTTTATATCTTATACACTG
TTCTTTGATGTGCTTTCAAATGACTTTTCTGTGCAAAAGATTTACCACAT
TCTTAACATTTTTTAAAAAAGTTTTATTCTATCGTGAAATTTTCTTGATG
AGCCTTAAAAAGTTACTTTTATCCCCAAAAGATTTACCACATTAATGAGA
ATCATATGCCTTTATCCCTTGATGGACAATCCTTTGATGAGAAGTTTATA
TTCCATTCAAAATATTTACCAAAATCTTGACATTTAGAAGTCTTTACAAC
TTCATGAACAATTATTTGGTGAAAAACTAAGTTTCTTTTCTCTACAAAAA
TTTACAATATTAAGAACATTTAAATTTGGTATACCTATGGGCAAATCGTT
GATGAGAAGTTCAATTTCTTTTTCTAAAAAATATTTACCACATTCGTGAC
ATTTTAAAGACTTTATACCTCGATGGACAGTACCTTTAGGGAAGAAATTT
TGGCGGGAATTTAATTTGGCAGATGGAAGAAAAAACTAAATTTGGCGGGA
ATTTAATTTGATAGCTTAAATATTTAACCTTAAGATGGCGTCAAAACAGC
GAAAAAAATAGCAAAAACACCTTAAAAGAGATCATATTTTCAAAATGTTT
AATTTGGCGGGAATTCAGTTGAAATTTTGGCGGGAACTTAATTTGGCGGA
TTTCAGTCAAATCCGCCAAATCCATCAAATTTTCTTTCTGCCATAATTTC
TTCCTTTAAGGTACTCTAATGCGAAGTTAAGTTCTTATGCGAGGTTATGG
TCGTTTTCTGTCTAAAAGATTTACCACACTTTCGACAATTTACACCTTTA
TACCTTGATGGACAGTTCTTTGATGGGAAGTTAAGTTCGTTTTCTGTCCA
AAAGATTTACCACATTCTTGACATTTAAAGGGCTTTACACCTTGATGAAC
TGTTCTTTGATGGGAAGTTAAGTTCGTTTTCTGCCCAAAACTTTTACCAC
ATTCTTGACATTTAAATGGCTTTATACCTTGATGAACAGTTCTTTGATGA
GAAGTTAAGTTCTTTTGCTGTCCAAAAGATTTACCACATTCCTGACACTC
AAATGCCTTTATACCTTCATGGACAATTCTATGATGCCTCACCAAATCAT
ATTTCCGCCCAAAAAGCAGACCACATTCTTGACATTCAAAAGCCTTTAGA
CCTTGATGGACTGTTACTTTATGCCTCTCCAAATTTCTCTTAGTAGCTAA
AGATTCACCACATTCTTGACATTTAAAGGCCTTTATACCTTGATGGACAG
TTCTTTGGTGCGAAATTAAGTTTGATTTGCTTCCAAAAGACTTACCACAT
TCTTGACATTCAAAAGGATTTATTCCCTCATGAACTGTTACTTGATGCAT
CACCAAATTTCTCTTTGTAGCAAAAGATTCACCACATTCCTGACATTCAA
ATGGCTTTATACCTTCATGGACAATTCTATGATGACTCTCCGAATCATAT
TTCCGCCCAAAAAGCAGATTACATTCTTGACATTTAAAAGGCTTTATACC
TTGATGGACTGTTCTTTGGTGCCTCACCAAATTTCTCTTTGTAGCAAAAC
ATTTACCACAATCTTGACATTTAAAGGCCTTTATGCCTTGATGAACAGTT
CTTTGATGGGAAGTTAATTTCGTTTTATTTCCAAAAGATTTATCACATTC
TTGACACAAAAATGGTTTTATACCTTGATGGACTGTTCTTTGATGCACCT
TCAAATTACTTTTCAATGTAAAAGACTTACCACATACAAGACATGTAAAA
GGTTTATCGTGAACTGTTGTTTGGTGTTCCTTAACCGAACCTTTCATTAT
TTTGTCAACGGTTGGATTTTCAATCTTATAAACCTCAAAACATTCCTGCG
AAATTTTATTTTCATGGTTGTGAAAGCTTTCCAATTCATCTTCAAATTTG
ATAGTGATTTCCTCCCCAATCTGTGAATTAATTTCTTCAATCGGTGAAAA
CTGATTAAAACAATTCATTCCATCGTTAATATATTCTGAATTTTTATTTT
CCGAAATATCAATTAATTTTAGACTTTCATTCTTATCATCTTGAAGTTTT
GACTCATCTTCAAGTTTAATGCTAATTTCATAATTTTTGAGGTCAGTTTT
TTCGGGTGATGTAACATCGTTCCCCTTTACATTTCTACAATAATTTTTAA
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ATTCGTTTCGTCACCACCATGAATTTCTTCTTCTTCAATTTTTATTTTGA
TTCCTTCAATCTCATTCATTTTTTAAACAAAATACTCTAAACGAAAGAAA
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GTTAAATATAATTTGGTAAAATCTATTACAAATTTGAACATTTTTAAGAA
AGGTTTGCAGCGCATTATCATCTGTTCCAGCTTGGAAGAAGAAAGCTCTG
TTGAAGGCACTATAGGGAGCTCTATAGATCGATGACAAAATCCGATGAGA
CTTTCGTTTTTAGGATCTAAAAATGTTCTTATCGCCTATTCGCTTGTTCT
TTGGTGCATCTTCAAATTAGTTTTCCCTGCAAAAGGTTTGCAACACTTTC
ACACATAAAGCTTTCATTCTCTCATTAACATCCTTTTGACGCCTCTGTAA
AAAAAACCTAAATGCAAAAGATTGACCACATTCATGACATTGAAAAGTGT
AGATTTTATCATGTGCTTTTCTTTGATGTTCCTATAACGAACCTTTTTCA
GCAAAAGTATTTCCATAGTTTTGACACTCAAAAGGCTTTATCATGGACAG
TTCTTTGAGGTTTTTAAAAATAAATCTTTGTAGCAAGAGATTTACCACAT
TCTTGACATTAACAGTTTTTTAACCTTGATGGATAGTTCTTTGATGCAAA
GTTAAGTTTCTTTTCTCTGCAAAAGATTTACCATATTCCTGACACACAAA
AGCCTATATCCCGTCATGAACTGTTAATTTATGCCGCTTCAGATTACCTT
TTGTAGCAAAACATTTACCACATTCCTGACACTCAAAATCCTTTATCTCA
TCATGAACTAGTAATTTATGCCGCTTCAAATAACTCTTTCTAGCAAAACA
TTTACCACATTCTTGACATTTATAAGGCTTTATACCTTCATGGACAAATC
TGTGATGAGAAGTTAATTGTCTTTTTAGTGCAAAACATTTACCACATACT
TGACATTCAAATGGTTTAACTCCCTCATGAACTGATCTTTGATGGATTGT
CAAGTAAGTTTCGCTGCTAAAGGCTTTATGGCATTTGTCACATTTGAAGG
ATTTCAAATCTTTGTGAAGATCTTTGTGATGTTGAATAAGAGCATTTTTA
GCATTATAACCTTTATCACATTGTTTACATCTATACTTATATCCTTTATG
GATCCCTTTGTGTCGAGTTAGAGTGCTTTCTTGGTAAAATCGTTCACCAC
ATTCATTACACTTGAAAGGTTTAATACTTTGATCGTAATCAAAACCATCT
GCACCTGTCAAGTGGTCATTATTAGAATTTTCAGTCTTGTTAGCCTCAAA
ACATTCCTGTATATTTTCATTTTCATGGTTTTGAAACCTTTCTAATTCAT
CTTCAAACTTAATAGTGATTTCCTCCCCGATCTGTGAACTCATTCCTGCA
TTCGGTGAAAGCTGATCAAAACAATTTGTTCCATCGTTAATATTTACTGA
ATTTCGATTTTCCAAAAATTGCATTGATTTAGCACTTTGATTATCTTGAG
GTTTTGACTCATCTTCAAGTTTAATGCTAATTTCATAATTTTGTGGGTTT
GTTTCTTCGGATGATGTAACATCGTTCCCCTTTACATTTCTACAAGAATT
TTTAGATAGTTCATTTTCATGGTTTTTAATTGGTTCCATATTTTCGTCAT
CTGAATATCCAACTGATTCATCTTCCAGTTTGATTAAAATTTCCAAATGT
TCATGATTCGTTTCATTACAACCATGATCTTCTTCTTGTTCAACTTTTAT
TTTTATTTCTTCAAACTCGTTCATTTTTTAAGCAAAATACTCTAAGCTAA
AAGAAAGATACAGTAACAGAATTGAAATCATTATGCTTGAAAAGACTTAA
AGCAGTCCTTAAGTTAAATGTTTAAGT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00057761-exon-scaffold_298-1575043694:66758..67105 | TCONS_00057761-exon-scaffold_298-1575043694:66758..67105 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00057761-exon-scaffold_298-1575043694:60279..61820 | TCONS_00057761-exon-scaffold_298-1575043694:60279..61820 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00057761-exon-scaffold_298-1510915933:66758..67105 | TCONS_00057761-exon-scaffold_298-1510915933:66758..67105 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00057761-exon-scaffold_298-1510915933:60279..61820 | TCONS_00057761-exon-scaffold_298-1510915933:60279..61820 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00057761-exon-scaffold_298-1491911889:66758..67105 | TCONS_00057761-exon-scaffold_298-1491911889:66758..67105 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00057761-exon-scaffold_298-1491911889:60279..61820 | TCONS_00057761-exon-scaffold_298-1491911889:60279..61820 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_298 | supercontig | scaffold_298:60279..67105 - |
Blast
BLAST of TCONS_00057761 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: ZN540 (Zinc finger protein 540 OS=Homo sapiens GN=ZNF540 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 186.422 bits (472), Expect = 1.991e-50 Identity = 145/453 (32.01%), Postives = 224/453 (49.45%), Query Frame = -2
Query: 315 ENELSKNSCRNVKGNDVTSSEETNPQNYEISIKLEDESKPQDNQSAKSMQFLENRNSVNINDGT-----NCFDQLSPNAGMSSQI-------GEEITIKFEDELERFQNHENENIQECFEANKTENSNNDHLTGADGFDYDQSIKPFKCNECGERFYQESTLTRHKGIHKGYK-YRCKQCDKGYNAKNALIQHHKDLHKDLKSFKCDKCHKAFSSETYLTIHQRSVHEGVKPFECQVCGKCFALKRQLTSHHRFVHEGIKPYKCQECGKCFARKSYLKRHKLLVHDEIKDFECQECGKCFATKGNLKRHKLTVHDGI*AFVCQEYGKSFAEKRNLTLHQRTIHQG*KTXXXXXXXXXXLQRFIFKNLKEL-SMIKPFECQNYGNTFAEKGSL*EHQRKAHDKIYTFQCHECGQSFAFRFFLQRRQKDVNERMKALCVKVLQTFCREN*FEDAL 1631
E+ + K+ +KG+ + +E N +E L++ S Q +K M R S +N +C L + + S + G ++ L + + H E +C + K S++ LT F + KP++C ECG+ F L RH+ IH G K Y CK+CDKG+ ++ L QH K +H KS++C +C K F Y H+R +H G KP+EC+ CGK F++ QLT H + +H G+KPY+C+ECGK F YL H+ H K +EC+ECGK F +G L RHK T+H GI F C+ K+F+ +L +H R IH G K K + R + + L + +KP+EC+ G TF + + H +K H + ++C CG++F F F+L Q+ C + + F R ++ L
Sbjct: 102 ESIIEKSKTLRLKGS-IFRNEWQNKSEFEGQQGLKERSISQKKIVSKKMSTDRKRPSFTLNQRIHNSEKSCDSHLVQHGKIDSDVKHDCKECGSTFNNVYQLTLHQ-KIHTGEKSCKCEKCGKV-FSHSYQLTLHQRFHTGE--KPYECQECGKTFTLYPQLNRHQKIHTGKKPYMCKKCDKGFFSRLELTQH-KRIHTGKKSYECKECGKVFQLIFYFKEHER-IHTGKKPYECKECGKAFSVCGQLTRHQK-IHTGVKPYECKECGKTFRLSFYLTEHR-RTHAGKKPYECKECGKSFNVRGQLNRHK-TIHTGIKPFACKVCEKAFSYSGDLRVHSR-IHTGEKPYECKECGKAFMLRSVLTEHQRLHTGVKPYECKECGKTFRVRSQISLH-KKIHTDVKPYKCVRCGKTFRFGFYLTEHQRIHTGEKPYKCKECGKAFIRRGNLKEHL 542 HSP 2 Score: 159.844 bits (403), Expect = 1.634e-41 Identity = 112/327 (34.25%), Postives = 161/327 (49.24%), Query Frame = -2
Query: 387 ERFQNHENENIQECFEANKTENSN---NDHLTGADGFDYDQSIKPFKCNECGERFYQESTLTRHKGIHKGYK-YRCKQCDKGYNAKNALIQHHKDLHKDLKSFKCDKCHKAFSSETYLTIHQRSVHEGVKPFECQVCGKCFALKRQLTSHHRFVHEGIKPYKCQECGKCFARKSYLKRHKLLVHDEIKDFECQECGKCFATKGNLKRHKLTVHDGI*AFVCQEYGKSFAEKRNLTLHQRTIHQG*KTXXXXXXXXXXLQRFIFKNLKELSMIKPFECQNYGNTFAEKGSL*EHQRKAHDKIYTFQCHECGQSFAFRFFLQRRQKDVN 1355
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The following BLAST results are available for this feature:
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