|
|
Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00057836 ID=TCONS_00057836|Name=TCONS_00057836|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=674bp
ACTCAATTTGCTTTGAAGACGGTACAATTAATCAAGTACATCATGGAATT
GATTTTGATGCCAAGGAAGAGTACCTTATGATGGACACAAGGCGAGCAGC
TATCTAGTGGAGTTTACGGACAGATCCAAGAGGAGGGTGGCATCCAGCTG
TTTCCATATCCTTTCACAATACGAAAGTTCagaaatgagtgaaaaaaagc
TGTTGTCATGAAAACAAGACAGGAGGAGCTGGTTCTCAACATGCAAGCTA
TTATGTTTATCAAGATATGAGATTGATGTTGTATACCAATTTTGGAGATT
ATTTTCTACCAAAATGTGGTTATGTGAATGTTTTGGTAAGCATATCTTCC
AAAATGTAATTTCATACTCTTGTTCCAAccaaaacttttgatgaaaccCT
GGGGTGTGCTTATTATGCctattaaaaatttcaaatttttgtaaattcat
ttTGATCAGAAATTGCAGATcacttgatttgattttttcagcAAAACAAA
ATGCATGCGCTTCTGTCAAATATCAACCTTGTAatataaaaatgatttta
caaTTTCACGTATTAACATTTTATTGATGGGCTTTTATAGAAATTGTCGG
TATTGAAGTTATTCATTTTTGAGCTTCACAGCCCCCTGGATGTATGGCTT
AAAAATAAAGATCTCCTGATGGTG Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_299:156416..163447- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00057836 ID=TCONS_00057836|Name=TCONS_00057836|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=7032bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_299:156416..163447- (Clytia hemisphaerica)
ACTCAATTTGCTTTGAAGACGGTACAATTAATCAAGTACATCATGGAATT
GATTTTGATGCCAAGGAAGAGTACCTTATGATGGTAAGATAATTACTTGT
GTACTGTTATTTCACATCAATAATCTGCTTACTCTCCAGGTGATNATTAC
TTGTGTACTGTTATTTCGCATCAATAATCTGCTTACTCTCCAGGTGATTA
AGGCAGGTTCTTTCCGGTCCAAATTCTTTCAACGTTACAAATCATTTTCG
TAGGCTCATTTTGGGCTAAAGAAAAAGGGTATAATTAAGTAGAATAAGAT
TCAGTCAAGGCAGATGTTTTATGATTTAGAAATTTTGGATAATTTATTCA
AAACCTCAATTTTGCTCTATTTTGATGAAAATCTTTACAATCATGATGGC
ATCAGCATTTTTTAAGGATTTCAGTTTTTCAGCTGAAAAGTGATGACATG
ATCAAATTAAAAAAAAAATTGTATTCTGATGGTCAAAATTTCAATTTATT
TCATTAATTATNAAAGTGAAAAAGTATTTCAGAGTCATTGTGTCTAAAGG
AAACACAACTAAAGGATATCCCCCGGGAAAAGTGACCATCGTCCATGCGA
AGGCAATAACCGATTGTACTCAATTTGCTTTGAAGACGGTACAATTAATC
AAGTACATCATGGAATTGATTTTGATGCCAAGGAAGAGTACCTTATGATG
GTAAGATGATTACTTGTGTACTGTTATTTCGCATCAATAATCTGCTTACT
CTCCAGGTGATTAAGGCAGGTTCTTTCCGGTCCAAATTCTTTCAACGTTA
CAAATCATTTTCGTAGGCTCATTTTGGGCTAAAGAAAAAGGGTATAATTA
AGTAGAATAAGATTCAGTCAAGGCAGATGTTTTATGATTTAGAAATTTTG
GATAATTTATTCAAAACCTCAATTTTGCTCTATTTTGATGAAAATCTTTA
CAATCATGATGGCATCAGCATTTTTTAAGGATTTCAGTTTTTCAGCTGAA
AAGTGATGACATGATCAAATTAAAAAAAAAAATTGTATTCTGATGGTCAA
AATTTCAATTTATTTCATTAATTATGCCGGCAATTCTGTAGCAATATTTA
ATTTTTTGAATTTTTAGTTCAATTCAATCTTTGATCCTGATATTTAGTTC
AATTCAATCCCTCATATTTGTTCAATCCCGATATTTGTTTCAATCCCGAT
ATTTGTTTCAATCCCGATATTTGTTTCAATCCCGATATTTGTTTCAATCC
AATCCTTCATATTCAAATTCAATACTTCATATTCAAATTTCATCCTTCAT
ATTCNATTACTTGTGTACTGTTATTTCGCATCAATAATCTGCTTACTCTC
CAGGTGATTAAGGCAGGTTCTTTCCGGTCCAAATTCTTTCAACGTTACAA
ATCATTTTCGTAGGCTCATTTTGGGCTAAAGAAAAAGGGTATAATTAAGT
AGAATAAGATTCAGTCAAGGCAGATGTTTTATGATTTAGAAATTTTGGAT
AATTTATTCAAAACCTCAATTTTGCTCTATTTTGATGAAAATCTTTACAA
TCATGATGGCATCAGCATTTTTTAAGGATTTCAGTTTTTCAGCTGAAAAG
TGATGACATGATCAAATTAAAAAAAAAAATTGTATTCTGATGGTCAAAAT
TTCAATTTATTTCATTAATTATGCCGGCAATTCTGTAGCAATATTTAATT
TTTTGAATTTTTAGTTCAATTCAATCTTTGATCCTGATATTTAGTTCAAT
TCAATCCCTCATATTTGTTCAATCCCGATATTTGTTTCAATCCCGATATT
TGTTTCAATCCCGATATTTGTTTCAATCCAATCCTTCATGTTCAAATTCA
ATCTTTTTCATTCAAATTCAATCCTTCATATTCAAATTCAATCTTTTTCA
TTCAAATTCAATCCTTCATATTCAAATTCAATCCTTCATATTCAAATTCA
ATCNTTCAAAGGGCAGCTACTAATGCAAGTAGCATGTTAAGTGATAAAAT
TCATCAGTTATTATTATCCCCGAAAAAAAAGAAAAACATAAAGTACGCGG
CTGGGCGGAAGAATTTGAATAAAGAAGATTGAATTTGAATAAAGAAGGTT
GAATTTGAATAAAGAAGGATTGAATTTGAATAGGGAGGATTGAATTTGAA
TAGGAAGGATTGAATTTGAATGAAAAAGATTGAATTGAACAAAATACGAA
GGATTGGATTGAACCAAATATCGGGATTGAACCAAATATGAGGTTTTGGA
TTGAAATAAATATCAGGATCAAAAGATTGAATTGAACTAAATATCAGGAT
CAAAAGATTGAATTGAACTAAATATTCAAAAGATTGAATATTGCTACAGA
ATGGCCGGCATGATTAATTATATCAAAATTTATAGAGTTTCAATTTTTAT
GATCATCAAAATAGCAAAAATCTATGCAAAATCAGATTTTTATTTCAACC
GTAGTATTTCGAGGTTTAATAGAAAATAGCACCTATCAATCATTTTATTA
TCACTTTTTCAGCCTTGGGGCAGGCTGGAGACTTCAAAAAATGGTCTGAT
ATATCAAAAAATGGTCTGATATATCAAAAAATGGTCTGATATATCAAAAA
ATGGTCTGATATATCAAAAATTTCCTTTTGGTGTTTACAATTGCGCCTAC
AAATAATTTAAATAATACTGAAGTTGAGCAAGTGCGGTTAGCACGTAGGA
CGTTTTTATACTCAGAATTCAACTCAGCTCACTTTACTTTATTTAAAAAA
AAGAAAATCATGTGATTAGTTGGTTCATGTAGGCTTATCTGCTTTGGACT
TTTTAATCTAAACTTGAATGGAATGGGTGTTTTCAGTGTAGCTGACAGAG
TGACCAATCTTTCACAATGTATAATTGAAATACGAACCTCTTGGTATGTT
TTTATTACAGGACACAAGGCGAGCAGCTATCTAGTGGAGTTTACGGACAG
ATCCAAGAGGAGGGTGGCATCCAGCTGTTTCCATATCCTTTCACAATACG
AAAGTTCAGAAATGAGTGAAAAAAAGCTGTTGTCATGAAAACAAGACAGG
AGGAGCTGGTTCTCAACATGCAAGGTTAGTTCTTGGTTCATAAATTGCCT
TCTCTTTCGAAATTTCCTATACAGAAGGATCTCAATAACTTGAATCGTGT
TTTGCGCAGTTATGTAATTTTTGCGCAGATGTGTAATTATTTTGCGCAGT
CATGTAAATTCTGCGCAGATAATGTAATCATTTTGCGCAGATATGTAATT
TCCAAGCTGCGCAGTTATGTAATTATTTTCTGCGCAGTTATGTAATTAGA
ACGGTTTTATGNAACCTCTTGGTATGTTTTTATTACAGGACACAAGGCGA
GCAGCTATCTAGTGGAGTTTACGGACAGATCCAAGAGGAGGGTGGCATCC
AGCTGTTTCCATATCCTTTCACAATACGAAAGTTCAGAAATGAGTGAAAA
AAAGCTGTTGTCATGAAAACAAGACAGGAGGAGCTGGTTCTCAACTTGCA
AGGTTAGTTCTTGGTTCATAAATTGCCTCGAAATTTCCTATACAGAAGGA
TCTCAATAACTTGAATCGTGTTTTGCGCAGTTATGTAATTTTTGCGCAGA
TGTGTAATTATTTTGCGCAGTCATGTAAATTCTGCGCAGATAATGTAATC
ATTTTGCGCAGATATGTAATTTCCAAGCTGCGCAGTTATGTAATTATTTT
CTGCGCAGTTATGTAATTAGAACGGTTTTATGATTACATTTTTGTGAATT
TCAGTTATAATATGTGAAAAAAAATTCATCTTGTGGACTTATAGTTTTTT
GTGAAGTTTATCTCAGGAGACATGTTATATACCACTTAATATTCAACGTC
CACTTAACATTCATTTAACGTCTTTTTTATGATAATTAATGATTGGGATT
GAATTTTTAAATGAAACTTAGCACAGTAGGGCTTTGGTACAAACCACACC
CTTTACAACGTCCATTTAACATCCATTTAACGTCTTTTTCGTGATAATTA
CTGATAACGATGGAATTTTGAAATGGAATTTAACTTAATCCATTTAACCT
CTTTTTTCATGATAACAAGCATTGAATTTTCAAATTTCGATGGTTTATAC
ATGTATTCATTTCTAGGTTATTTAGATGTATTTTCAAATAAGGTTTCACA
CAAGAGATTTCGAGTATTACAGTATAACTTTTTTGAAATGTGAAAACACT
ATGAAAAAGTGAAACACTTGTGTTTTTTTTTCGTTTAACTTTTTATTTCA
AACACACGTTACACACGTTTTCAAAAAATATACAGAAAATTATTTTCAAT
ATCAACAGAATGAACCCTGATAATATCAATCCAATATACCCCTGTGTCAC
GTCTCCGCTGGAAGAAAACGCTTTAAATTCCATCCCCATTGGAAAAAATG
AAATATTACACTACTAGGTCAAAAAACATTGACTAGGCCCATGTTCAATG
TATTTCATCGACTGTCGTCAAGTTTTATTTACTGTCAATTGTAAATTATC
GACAACAAATTTTTTGCATCAACCATCAATATTTCCTTTCTTACAGTCAA
TGATTTGTTTAGACTGTCAATTATTTTGTTGGCAGCTGTCATTGTAAGTA
ATGAACGGTCAATGCAAAAAATTGTCAATATATTCTTTTAATTTTCAAGA
AAATTAATTGATCAGTGTTAAACATTTTTTGTCAATTTGATTTTGACAGT
CAATAAAACTTGCTGACAGTCAATGAAAAACATTGAACATGGGCCTAATC
AATGTTTTTTGACCTACCTTAAGGGAATTAATTCTCGCGGCAACTAATTT
TTGCGAGACAGCTTCCCACGCAAATAATTTAATTTTTGCAGGACTTATTT
TCGACTGTAAATTTTCGCGAATTGGCGAATTTTTTCAGATTTTCAGATTT
TTTGTTAGTTTGATTACGTGATTTTGTCTGTACAGTAGAGTCTCCACAAC
TCAAACGGCTACGAGGAATGAAAATTATTCAAATTATAGAGATATTCGAG
TAATGGAGACTCATTCAAGAGAGTTTCTTAGCTGAAAGAATTTTTAGCGT
AAAAAACTTAATTTTCGCGAGGGATTATTTTTCGCAACAAAGGCAAAATT
CGCGAAATATAATCCCCGCAAAAATTTAGACCCTTAAGGTAGTAGTAGTG
TCCAGTGTAAAAATAAATCTTAATTTCCCATCCCTACTGGGTACTTGTGA
TTGAAAACACTAAAAATCAATATCCCAATCATAAAATGAAAGGGATTTTC
ACATCCCCATATTTTTCCTCAATTTATCCCCCTTGGCGATAATAAAAATT
ATAAAAAAGACGTTGGACGGATACTAAATGGAAGTTACATACCAGGGGTC
TATCATAGTTTCATTTAAAAACTTTCTTAGAAGCTATCATAAATGGATGT
TAAATGGACGTTATCATTTTCAAAGGGTGTGGTATATACCAAAGTCCTAT
CATGCCAAGTTTCGTTTAAAAATTTATTCCCAATCATTAATTATCATGAA
AAGACGTTAAATTGATGTTAAATGGACGTTGTCATTTTCAAGTAGTGTGG
TATTATACCTAAGTCCTACCATGCCAAGTTTTATTTAGAAATTTAATCCC
AATCATTAATTATCATGGAAAAGACATTAAATGGATGTGAAATGGACGTT
GTCATTTTCAAACGGTGTGGTATGTACCTAAGCCCTACCATGCTAAATTT
CATTTAAAAATTCAATCCGAATCATTAATCATTATGAAAAAGACATTAAA
TCTGATTAAATGGATGTTAAATGGACAAAATCATTTGTAAAGGGTGTGGT
ATGTACTTAAGCCTTATCGTGCTAAATTTCATAAGATAAAAGTTATTTTA
CATGCTGACTGAGATTCGCAAAAATATTATCATAAAACCGTTCGCTAATT
ACATAACTGCACAGAAAATAATTACATTGCTACGCAGCTCGAAAATTACA
TATCTCCACAAAATAATTACATATCTGTGCAAGGCAATTACATATCTGCG
CAGAAATTACATATCTGTGCAAAAATTACATAACTGCGCATCTCAAAAAA
TCTCTATATATCTCAAATTGTTCCCTGACTTGTACAGATTTAACACCCCT
TGTTTATTTGATGGGTTTTTTTTTTGAATTCTCATCTTATTTTCAAAGTA
ATAACATGAGATACACAGGTTTAGTTAAATTTAAAAATAGTAATTCCCAA
AAATGTGACAGAGCACAATTTTTGAAGAAAAGTATATTTTGTTTTTAGGA
TTTTCTTATTAGAATTTTCTGATTTCTTTTATTTTTTATTATAAGACTAA
TTAAATAATCCATCATGACACATGAATTTTCAGCTGGGATTTGGAAATCT
ATTTATATGTCCCTAACTAAAGTTTCAGCCTTTTTAAAGGTTTTTTTTAA
GGTATTCCAATCAAATTTTAGGTTTTAAAGCATTTTATTCTTGTTTTGGC
ATTTTCTTTATATTTTAGTGCCAATTAAATTTAATGACCATCCTTCTTCT
CCTAGATAGTGCCTCAATATTTTTAGGGTTCATCTGTTCTCATGGATTCG
TAGTTTCAATCTTATGTTCAATGTTGAGTATAACTTGTTTCTTCTTTATT
CATAGCTATTATGTTTATCAAGATATGAGATTGATGTTGTATACCAATTT
TGGAGATTATTTTCTACCAAAATGTGGTTATGTGAATGTTTTGGTAAGCA
TATCTTCCAAAATGTAATTTCATACTCTTGTTCCAACCAAAACTTTTGAT
GAAACCCTGGGGTGTGCTTATTATGCCTATTAAAAATTTCAAATTTTTGT
AAATTCATTTTGATCAGAAATTGCAGATCACTTGATTTGATTTTTTCAGC
AAAACAAAATGCATGCGCTTCTGTCAAATATCAACCTTGTAATATAAAAA
TGATTTTACAATTTCACGTATTAACATTTTATTGATGGGCTTTTATAGAA
ATTGTCGGTATTGAAGTTATTCATTTTTGAGCTTCACAGCCCCCTGGATG
TATGGCTTAAAAATAAAGATCTCCTGATGGTG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00057836-exon-scaffold_299-1575043694:163365..163447 | TCONS_00057836-exon-scaffold_299-1575043694:163365..163447 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00057836-exon-scaffold_299-1575043694:160374..160537 | TCONS_00057836-exon-scaffold_299-1575043694:160374..160537 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00057836-exon-scaffold_299-1575043694:156416..156842 | TCONS_00057836-exon-scaffold_299-1575043694:156416..156842 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00057836-exon-scaffold_299-1510915933:163365..163447 | TCONS_00057836-exon-scaffold_299-1510915933:163365..163447 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00057836-exon-scaffold_299-1510915933:160374..160537 | TCONS_00057836-exon-scaffold_299-1510915933:160374..160537 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00057836-exon-scaffold_299-1510915933:156416..156842 | TCONS_00057836-exon-scaffold_299-1510915933:156416..156842 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00057836-exon-scaffold_299-1491911889:163365..163447 | TCONS_00057836-exon-scaffold_299-1491911889:163365..163447 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00057836-exon-scaffold_299-1491911889:160374..160537 | TCONS_00057836-exon-scaffold_299-1491911889:160374..160537 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00057836-exon-scaffold_299-1491911889:156416..156842 | TCONS_00057836-exon-scaffold_299-1491911889:156416..156842 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_299 | supercontig | scaffold_299:156416..163447 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
|
