TCONS_00057960 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00057960
Unique Name	TCONS_00057960
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	3146

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_302:111082..135048-

transcript sequence

>TCONS_00057960 ID=TCONS_00057960|Name=TCONS_00057960|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3146bp
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transcript from alignment at scaffold_302:111082..135048-

Legend: exon

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>TCONS_00057960 ID=TCONS_00057960|Name=TCONS_00057960|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=23967bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_302:111082..135048- (Clytia hemisphaerica)
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TTTGGAGATGTTTATAAAGGAATGTACACTTCACCAGTGAGTGATTAATT
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ATGTTACCCCTTATTTAAACCAGCTACCACCATGTAGCAAAAATTTTCAA
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CTTTTTGTTTGGTTCAAGTCTTAAAGAATAGTTAATACTGTGGAGTCTCC
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CCTTATCTGATGAAATGTTTCCTTCTTTTCCTTCAGGTCAAGATGAATCA
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TGTTAGAATGGTTCGAAACGTTGTTGGATTACTGTTTCCTTGATTGTGTT
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AATTTCAGATAACTGAAAATAATCAGCATTTAAGAATTTGTATTATCTTT
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TTCATAGATCGATGGAATCTCAATTTGCACGATTTATTTAGTTCTGAACT
CTATGGTTGTAACCGAAATTAAAAATATTATACGTTTTGGTCTTTGATTT
TATCTTGTTATAGCCTTCAAGACCGACTCCCTTTAACACAGGTACGTAGC
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GATGTCTTGGGCAAGCTCAAGGTTTAATAACATACAAGTAAGTGCTTATG
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ACCCTTGTAGTGCACTCTATCAAAAGTACACCCTTACATTTAGAGGGTTT
CGAAAAACCTACCCTTAAGGGCCGCACATGCCGTGGGTCGGACCATATGA
GCCCCCCCCCCTTGGGATACCAACAAGATTGCCAAAACGATTAATTTTTT
TTAATATTAACAACTGCCTGTACAAACCATGCATGGAAACCGATTTAATC
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TTCTTGCTGCCTACGTGTTTTTTTTTTCATGTGTATGATATTTCAACTTA
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GAACAGCCTCTAAGTCATTTTTTAACACCGCCTTGTGTAGATCCTCTGCA
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CTCTGAACTCCTATTCAGTTTTTTACTTCGGTTATTGAGAACTATCAGTT
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ATATGGTCAGTGATTGAATGAAAAGGGACCATATGTTTTTTCGAAGGGAA
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AAAAAAGTTTTCTACTGTGAATAGAAAAAGGGCTACTTTGTAGAGCGGGT
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TTTATATTCATATTATTTGTTGCGTTTACCTAGACTATGTAAAGGTTAAG
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TTTTTTAGTTCTAAGCCTAAAAATTTTCTTAACATGTTCTTATTTTGACC
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CTTAACTTGCTCTAAACATTTTGGCCAGCGAAGCCTTATGTTCTTATATA
GTTTGTTCTTATAAAAAAAAGTGTACCGAAAAAAACAAGTTATGGAAGAA
GTTCAACGTTGTCAAGACTCAAGAACAAATTTTAATGGGTTTTATGGTCG
TTGAAACTTCAATTTGTTTGGAATTCTCTGTGTTGTTGTGGGAGAAATTG
ATGAATAGTTTCCCCCTTGTGTATTTCTATCATCATGGTATAGATTGTCA
TCGAACGTGTCTTCACTCGTTTTCTGTTGATTACTTTTCCTCTCATTGCT
CGAATGACATGTGTGTCAAATAGGTTGGTGTACACACAGATACCATTCCA
TAAAAGTTGACGCAGATACAGTTTCAGTTATCAAAAGAAATTGAAATAAT
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ATGTATGGATAAATAATATTCTAACGGTATCGAGGGTTTTGTAACACTTG
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TTCAGTTCAAGGCTGACTGCATGTTTTGGTTGTTTGGTTCAAAATCTTTT
CCGGTTCTCCGATCGAGGGAAAAACGGGGATTATCGGCTTATTTGATTTT
TAGATATGACCTGGTTCTCAATGATCAGTTATTAATTTGTAGACATCTTA
TCATGGTCAAAACGAGCAACACGATAACGAACGAACCAAATCACCGTATT
ATAACTGTAACTGTAGTAACACTAGAAATCAGATAAAAATGATTTTTCTT
TCAAATGTAATGTTTTGTTATTACATGGCTATTTTGTTTTGTGTATTTTA
TCGCATTTCGTTTTGTCAAACAAAATTCAAATCTGACAATATTAATCTAT
ACTGGTTGCTTGATAGCGACAGTTGGCTTTTGTATGAGAGCAGTGGTTCT
GTGATTTTTTATTGTAGAGCATTGTTGCTTACATGCAATCATCTTACTAT
GGAGGGACTTTGATTTTTCCCGACTACCTGTGGAATTACTGGAATTTCAC
CTGCAGCTTTTTGTCAAGCCTTTTTTCCTTTCTGTATATTTAAAATCAAA
GGCTCTTGAAAAAAATGTTTTTCAGACTTTTTGTATTCGCATTCAAGTGC
CAGAGTTTGATCAAAGTTGTCATCCATGAAAATGGAAATCGTTTTTTGAT
GGAAAATCGACAAGTATTATTGAGGAATTTGGTTTTGTTCAATTGATTCG
GGCTGGTAGGTCGCTGTTCAACCTAAAGGAAAACAGTAAATGATGCATAA
CAGCCTAAAGATGTTTCTTATGAGAAGATCTAGTCAGGCGACACATCCTT
TCAGGTGAAGTTCAAGGACTTGTTTATAAGCTCGGGGATAATTTGATATT
TCAAGTTGAGTATGTACTTTGTATGGTATTTTCTTACCGTTCTATCGATA
GTTTTATGATTACTTTGTATTGATCTTGTTGTTGTGTAAAGATCGATTAT
GATGTTTGTATTGCGAATCCTTCGAGTGTGGGTTTGTTTGTTTTCGAAAA
AGCTTCCCTGTCATAAGGTCAGCTCGTACCTCTGTAGAGAAAATCACGAG
GCTCACTACTCCCTGAGTGTCCACTTTATTGAGGTACACTTTGTTTTATA
AGAGCCAGTAAAATTTAGCTGAGACTCGGCTGTTCTTATTTTTTTGAAGT
TTTTAGAGGCTTAAATTGTTCTTATCCTGTTCTTATTTTGAAAGGTGTAA
TTTGTGGTATTTTAGGCGTTATGCCCAATTTTTACCACTTTGACCCCTAA
ATTGCTTCAAATTGAGTAATTTCAGGCTCAGCATTGTTCTTAATTTGTTT
CTATTTTTTGGCGATTTTGAGACTCGTTAATTTAACAGTTGTTCTTATAA
AAAAAGTGTATGTAAGAACTATCTTACCTTGCCATGTTTGAATGGCGCGA
GTTAACGCACAAACGATCAGTCAGTCTATACCAGACTTTAACTTCAAAAT
GTTTAAAACTCAATGCAATGATTTCTTAAGATGGTTTAGAATTATTGTTG
CGAGGGCTATTGATGGTTCTCATTTCTTTGTTAAAGTAGACAACCATCTT
TCCTCTAAAAATTCAAACACCTCTCCTACCCCGATCCTACATCTGAATGA
TTTTCTCACTCACGTTCAATCTAGTCTAGTGGTCAATATAACATTTCCTT
CTGCGATTGTCAGTGCATTGTGATCAAGATTTACAAGTTTTCGATGTTCA
TTGTTTCTACGCCATTGTTACTACTTTGGAACAGAACTTCGTCATAATCT
TACTAATGATCATATAGTTTCCTGGTATAATTTTCTTCCATTATATTTAT
CCAATTAACTTATTGGCTTGTGAACATGATTCTGTGATGTTGATTTTGTG
TAATGCTTTCGATTGTGCTTCTCTGTATCTTACCTTATGATGCCAAACAC
ATCACTGAGAAATTCAAAATTGTTGTAGTGTTCAATGTAAAGAATGATAT
ATACTTGATCAAAGTGATGAATCAAAGTAAAATCTTTTGAAAATTTTGGC
TTGCGCATTGAATTGGTTTCCTTTCTTGGTCCTCTTAATACTGTAATACT
TATGATTCTAAATTATATTCACTGTTCTACTAAAGGACAAGATGTCTGAA
TTTCGATCTCGTTTGAAGTTTTTTTGGACAGTTTCGTTACTCCATTCCCT
CTACTTCAGAGACGAACATAAACTTGTGTGAAGATAATTATCGCTTCGCA
TTTCCAACTTTTCACTGCTGATCAAAAAGGAGATCTTTAAGGAATTCCAA
ACCTGTACCGATGTTTCTTTACAGCCAATGAACTTCAAAAGTAACCGATG
ATAATTGATGGTTGTTGTTATTGTTTTTTGGCTGAAATATTGTTACATGT
TTAATACATGTTGTTTTCACATTCGAAATTATATTTTTAGAATACTTTAT
CATTTTGGTTGTTGGAGATATTTTGGGTATTTCTCCAAAAAAAATGAGAA
GCTAAATCTAGTTGTTTTTTTCGTAACCTTGTTTTGGAGACAATTGCGTA
TTGTTGACCGAATGACTCTGATGTGTCTTTTGACTTTCCTGATTGACATT
TTCCCCTGAATACTAACTACTTAAATTTGATTTTCCAAAAAAGATAATTG
GTTTGACTGGATAGACAGCCCACGAAATTTTTGTTTTTCGCGATCTATAT
AATTATGATGATGATGACAAAATGACTNACAAAATTTTTGTTTTTCGCGA
TCTATAATAATTATGATGTTGATGACAAAATGATTTTTTGCGTCTTCGCC
ATTTTTTTCTTTTCCTCGATTCATTTGGGAGTGTGACTGATCATAATTTA
ATTGAGTGTAATTAAGTGGGAAGAAAAAAAATAAGCAATTTTGATACATG
GCATGTTATTAATTTCATTCATGCTCTCTGCAAGAAAGTGGCGGTGATCA
GAATTTCATGTTGCATTGATCTTGTTAAACCAGCAGGAGATTGAAACAGT
TTTATTTATGGAGACATGTATGAAACTGTAGCCCGGATATCCTAGCTGTA
AACTTGTTTTTATGGTTTTGAGGCTTTGCATATTCTTAGTTGTTAGTGAT
ATTTGAACTGACAAAGTACACACTCGCTGCCTTCTTATTTTAGAATCCAA
ATTGACTTAGGAAGACCAGGTCGGTAGTGAACTAGCCCGGGTCTACTTAA
AGCTTTTTTTTATAGACTCTAGTCTAACGGAAAACAAGAAACAGTGTTAT
AGTATACATTCTCTCGTATTTAGCTTCTTATACAGTTGAATGGTAACAGA
TTTTAATCTGATTCTGTCTTTTTGATTTCCTTTTATTGTTGTTCTCTCGT
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TATTTTAAGAGTTTCCATAGTAATTATCAACCGTAGCATTTTTATTGTGG
CAGTTTCATTCTGATACTTACAGAAGTTTCTATTTTGATTTGTTACTTTG
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ACACTGTAAATTATGATTTTAGAAAGTTGGAGGGTATTTATATTTTATGG
TGTTTATCGCATCAAAGGTATCGTTTTCGAGATTTTTGGAAATGACGTTT
TCCTCTTGGGGGATCTGTTTTTTAGACCACCTTTCATTTAACAATTTAGA
ACTCGTTTACTTTAATATGACTATTTATCCTTTCAATGCTTTTAAACTGA
ATTTATTTCAGCCTGGACAGCCTATCAACTCATTTGACCCTTTAATTTAC
TCAAGTAAAGTCATCCATTCAAATATTTTGCTCATTTTTGCCATTTTAGG
CTCATACTGTCATATCATTTTAAGTTGGGTGAAAAGTTGCGCTCGGCCCA
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CACAGACTGTTCATATTCATCAGTGTACCGCACTGCTCTCTATGTGTCAT
TCTTTGTCAATTGGAATGTCTTTTCTATACTCTTTAATACACAGGTATTT
AAAAAAGCTCTTTCACCGCCTTTTAATTAAAAAAACATGAGCAAAAGTAA
AACTGAGTTGTTTTTATACTTGGTAGACAAAACTTCATTTTGTGCATCAC
TGATCACATCTAGATTAGAAGTTGGGAAAATGAGACAGATTGAAGAGAGT
AAAAAGAGTTGGGCGAAATCCATTTAAACTTTTATTACTTACTTGATGTG
ATGATATGGTATATCGGTCTTGTGTTTATTCGGTGATTAGCTGATTTCGA
TCAATTTTCTACAGTATATAATTTGTTGATTATAAAAGATTGCCTATATT
TAAAAGTAATGTTTTTATGATATTGGTGCAGAGTTTACTATGTAGCTCTC
TTCATTCTTGTTACTTAAGTAATTGAATAATTTACTAGTGGTTGAACTTC
ATTGTAGTCTTTTAATTGAACATTTCATTCAGTAACGAGTCTCATTTTCC
ACGATCTTCAAGCTTCCTTCAATTGGCAATAGCAATATCACATATAGAAC
TTGTTCAGTGGTTGGTTTACACAAATAGATTTTAGATTGAAGTCGATCTT
CTCGTATATTTTTCTGACAAGATTCGTTTTCCGTGGTCTTTAGAATTCCA
AAAAAGCTTTGACTTGTGGCTTTTTGATATACAGCTGTATACAGAAATGG
TGTTTTCGCATTTTGAAGTATCACAAATAATAGTCTCCTTTCAAAAGTCT
TCAATTGTCCATGTTGCGTTTTAAATTTTTTTGCTTAAAAATATATTGAG
ATAGATGACTTACTACTTAAAGGAGTTTCAAGTTGTTGTTTATTCGTGTG
GTTTTCGCACCATTCCCACTCCACGCTAAAGCGTATCGATTGCTATCAAT
GGGTGCTAAACTAAAATTGTAAGTTACAATGCAATAGATATAGTTTAGAG
ATCGACCTTGAATATGGAAACATTTTACGTGACACCGAAATGTTATGAAT
TTTGTTCGCGATAAGTTAGGTGCTCTTATTGGTGTTAACGTAGATGTTAG
TATAATTCGACCAATTCCCAAGGATTTTTGTCGAAACTTACAGTTGAAAA
TACATTTTGAAACCATCTAATGGGAGTACTGTATCCTGTTTGAATTTTCC
TTTCGTTTGATAGCGGACGTTTTACAGGTCAGATCATGTGCTGTGGTTTC
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TGTTGCCGAATTACTAAACTGCTTATTCATGATGGTTAAGTTTGTGACAT
CAATCCTACCCTAAGAAAGCCATTAGCTTTTGACGAAGTAATTTCAGTGC
GGTTTCATTAACTTTCCCTGCGGTATAAAGCAGCATCAATTTCAATTCGT
TTTCGTTTATGTTACTTAGTTTTCTTTCTGATTGGGTAGGAAAAGGAAGC
GAGTTGTAGCCAAGAAAATTTAGTTGTTTTGGTTTAGTATTGTATAATCT
TTCTCATAGGGGTTGTTGTTTTATATAGTAGTGGTATTATTAATAAAAGG
AAAAAGAGATTTATACCGTTGTTCAATCAGTTCAAAAAAACTCATAACAT
TCCCCACTTTCCTATTACTGTGTTTTTTAGACGTCGTGTATATTGATTTT
TTTAAGAGAAAGCAAGAAAGATTTATGACTGATCTATAAAAAGGAATTAT
TGAAAAGGAGAGAATTAACGTTGCTAACGTCTCCTCTAATTGTATTGGTG
TTCAAAGAAGATTGTCTGTAACTCTTGTACCATCTTACACTTGTTTGTCT
GATGGTGGGGTTGTTAGAGTATCTACATGTGATTTCAACGCAATAAAACA
TTACAGGATAACATACAACACGATATAACATGGTGGATACATTACATACA
ACATCACTGACCAAAGATACCACGACTGGGTTGATGAATTTAAATCAGCT
TTTCTTGGAACTGAAAAACAACTTGATCTCGGTGGAGAAAATGAATAAAA
TGACTTCTGCTAATAATAATAACAACAACTTTGACTCATCTACCGGTCGT
ATGAAATTCCCACGAACTAACACCGCTCCTATTATACGAGCGGTCAAAAA
GAAAACACGGATCAACATCACAGATTACAATTTCACGCTGCCGACACGTG
GGCGAAACGGTCGCTCAAGCAGTGCGGACAGTGATGAAGTGGTGGGGCGT
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ATCGAACGTTTCCTTAGACACCGATAGTTCAGACGCTGAAAATGATGAAG
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AGTCAATACCTTTATCGCAAATATTCCCTTCGATCGAAGGACTCTCTAAA
ACCGATAAAACCTCCTCGTCGAATGTCTGATTCTCGTTTGAACGACTTTC
ACCGACAACAAACGAGAAATTCGTCATCATCTTCCGACAGTGGAGAAGGG
ATGTTGCATAACATAAGCCAACACTCGACACTTTGTCGACGTTTGAAAAC
TTTGGAAGCGAGTTTTGGGTTGACGTTGAAAAAGCAGTTGCATTCAGTTA
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TACGCGCTCTACGTAAGTAGTCTTTTGATTTATTATGAGATTAACTCTCA
GATTTTTAAATCACAACTTTCTCACACATACAAATGAACGATAAGTCATA
AAGTAATAGTTGGCTATCTAGCCTCTGCGGGTTTTATTTTATGTTTATTG
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AAGCATATAATGGTTTTACAGGAAGCGAAAAGGTCTCAAAACGATGGTTG
ATAAAGTTTATGAAAGACTTTTATGGAAAGAATTTTTTCTTCTTTTCTTT
CCCTTGTGGGCTCGCATGAAATGAGCTAACAAACAATTTACTAACATGAA
TGATATCGTAACTGTTTCAGAACATCCATAACGTTTTAAAATTGGCATCG
AAAATAGCATGAAACTAATTGTTCATTTCCTCTCTTTCTCCATTTATTTT
CTATGGAAGAAGGAGGCGATTCTTTCTTTCGTTTTCCTCCTCCATCAAAA
CAATGGGACATTATAGCTCGTTAGTTTGTTCATTTCTGGATAAAATCTTT
TTTAATTACCAATTTATCTTAATAAGTTTGAGGGGTGTGGCTGAATTGAT
ACTCGGTCACATTCATTTTGCCACCATCAAATAAAGCGTTGCAATGATTT
GAATGACATCTAGATAAATGTACCTTGGCGAAGGTTCACCCTACAGGCTT
TTTTTCCTATAACAATGATGTTTTTTAAAGAATATCTTAACTTTTTGGGG
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TATAATAATTTGTTGGCCAGTTTCATTGTAAATATTCTTATAAAGTATAT
TGTGTACCTCAGAAATTTGTAATAAAAGTCCACGTTTGTCTTGAAGTTGA
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CAGAAAGAGGAATCGGACGCTGACAACGAATGGTTGAAGAGTGAAGACGA
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AGGCTATCAAAACGACATTCCTATAATGGGGTAAGTTGCATCATAGAGGT
AATAAAAGTTAGATGGAGTAACAACTTTTCTGTAATAGCCAGAGAAGTCA
TAAAACCCTTCAGAAATTTCTTTCAAATCGGCCTCCTTTTATTACCAATC
CTTGATAGCAAAAATCAGTCAAGATATAGATTATAAGAACTAAAGTAAAG
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TCGAGTAATGATTTCTTTATAGTTTTAAAAGAAGTTTTTATTTTATCGGG
AAACTTACGAGAGGTAAACTTCTTCAAATTTTGCGAATTCTTTGTTGTTT
GTGGAAGGTTCTTTGCTATAAATATCTTTAGATTTAAAATAGCAGCTGCC
TCAAAATTTTTATAGAATATAGTTGAAAGATTGGCATTAGTAAATATGTA
AAAATTGACAAAATTTACCGAGGATTCCCTGAGCAGCGAACATTTCAAAT
TCGATGTTCTGTGCTTATTCTTGCAAGGGTTTCTTATGTTTTATCAACGA
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CCTAACTTTTCATCAGAATAAACGCAAATCGAAATGCAAAAAAATGCTAT
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ATTGTGAAAAATACGATCAAAACAGAGTTGAGCAACACTTCTAGTTTCTA
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TACTCTACGCTAAATTTCACGTTTTTCACTTAAGATTGGGTATTCAGAGC
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CTGATGAACATTTTGCCAGCTATAGAAAATTTCGATTTCTTTATGGTCGT
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CCTGATTCGCAGACCTCTATGGTTATACTTCATTCTATAAGAAAATTGTC
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GCTTAAATCTGGATTAAATTTCGATTAAATAGGCCAAATTTTAATTCTGG
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CCATTATCATGCTACATACTAACCTGAACCCACTTCACATGCTGTACTTC
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TTATTATCGAATTTTTTTATATCTCGTTTTTTTCGGGTTGCTTATTTTGT
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Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_036536	XLOC_036536	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
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Expression

Values :

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Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00057960 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: FAK1 (Focal adhesion kinase 1 OS=Homo sapiens GN=PTK2 PE=1 SV=2)

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Query:   18 LELEDIIGQGQFGDVYKGMYTSPKTKTTTSVAIKTYREDREKENEDATRSEKFLEEAYLMKQFDHPHIIKLIGIVSSNPIRIIMELAPHGELRSYLQHYRLQTDIEKLVTYIFQLCTALSYLESRNFVHRDVAARNILVSDINTIKLGDFGLSRSIEDHHSYYKASKGKLPIKWMAPESINFRRFSSASDVWMFGVCCWEILMYGVKPFQGVPNEKVIGKIENGERLPLPQTCPINLYHIMTDAWNYEPSKRPTFQELKTKLGSIVHEERFSGQQKKKKHDERRAKLP----GQDESLAPPKPSRP 923
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Sbjct:  422 IELGRCIGEGQFGDVHQGIYMSPENPAL-AVAIKTCKNC----TSDSVR-EKFLQEALTMRQFDHPHIVKLIGVITENPVWIIMELCTLGELRSFLQVRKYSLDLASLILYAYQLSTALAYLESKRFVHRDIAARNVLVSSNDCVKLGDFGLSRYMEDS-TYYKASKGKLPIKWMAPESINFRRFTSASDVWMFGVCMWEILMHGVKPFQGVKNNDVIGRIENGERLPMPPNCPPTLYSLMTKCWAYDPSRRPRFTELKAQLSTILEEEKAQQEERMRMESRRQATVSWDSGGSDE--APPKPSRP 718

HSP 2 Score: 106.686 bits (265), Expect = 3.358e-23
Identity = 53/99 (53.54%), Postives = 73/99 (73.74%), Query Frame = 3

Query: 1890 ANDIVYQHTTSVVKSVIEFNTGVQHAQPEEFVDLVKVVGLNLRDLLAEVDNGVQNIPESAQKEIEMAHKVLSSDMAELVAKMKLAQKYAETTLGQENKR 2186
            +ND VY++ T +VK+VIE ++ +Q A PEE+V +VK VGL LR LLA VD  +  +P S  +EIEMA K+L+SD+ EL+ KMKLAQ+Y  T+L QE K+
Sbjct:  920 SNDKVYENVTGLVKAVIEMSSKIQPAPPEEYVPMVKEVGLALRTLLATVDETIPLLPASTHREIEMAQKLLNSDLGELINKMKLAQQYVMTSLQQEYKK 1018

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00057960 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00057960 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
FAK1	9.302e-113	59.48	Focal adhesion kinase 1 OS=Homo sapiens GN=PTK2 PE...	[more]

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TCONS_00057960 (transcript) - C. hemisphaerica