TCONS_00058184 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00058184
Unique Name	TCONS_00058184
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	3197

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
protein sequence
transcript from alignment at scaffold_308:20974..33446+
coding sequence from alignment at scaffold_308:20974..33446+

transcript sequence

>TCONS_00058184 ID=TCONS_00058184|Name=TCONS_00058184|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3197bp
CGTCTTTGACCAAGGGTTGTAACAATGGTTTAGTGGCCTTAAACGTACAG
AAtaacattgtttttatttttcagtttctagCTCTGGCAATGTTCCATTT
TATTTAAATCTTTGAAAGAGTTACAAGAATTTCTGATTTCCACACTAAAG
ATTCATTATGGCGGACAATGGACTTTCTGCGACGGAGATTCTTTCGTTGG
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CTCAATATATTGAACTATTTAACACCTGGACAACTGGCAAAGTTCTACAA
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TCGAAGACACTATTCAGGAGAATTTAAATATAATGAATGGAACTGAATTA
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tgaAGATTTTTCTGTCAGTTTATGTGGCAATGATGTCCTATCCATTCTTC
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GTGGTTCGTGCTTTAAACAAATCAACGAACAAGAAGGCTATGGACGAAGT
ATTTTATATGTTTTATTTGATATGCCGAAATTGATCTGTCTTGCTGGTTT
GGTGCTCAAATTCGCATATAATATTTTCGTCACTTTGGAGAAACGCTCAG
AAAAGAAACGTCAAGGAAAGCATGTAAATTGGGTTTATGAGAACGATACA
AATTGGAAAGAGGAATACATGTATATCCACATTaaagaagttttcaaaaa
gCATCGCATTGCCAAAGAAGAAAAACGATTGAAAAGACTGGGCAAAGTAG
AAGAAGAGTCACCATTCTTACAACGAATGAAAACAAAGATAAGAGGAATG
ATGTATGAAGTCAAACCAGgATTTCAGTACGGCACACgattttgtgtgtc
actttgtATCGCCGTCTTAGCCGTTTACGGGATTATGTGTTTCTCAATCG
GGCTCGGTATAGTCATCTTCGTAAAATTACTGAATCAACTCATCGACAAC
GTGGATGGTGTACAATGGTTATCTGATAACATCAAAGTTGCCAAACAAGA
CATCATTGATTATGGGAATGCTTTGGGAACCTCATACTGGTTGGCAATGA
TGACCTCTGTTATACTTTTTGCTCTCGTCATGATGAATCAAATGACTTGG
TATAGACGTCACGTGATAAAATTGCGTTCCGGTGATAGGTCCTTTTTACC
AAGTGGTATCCAAAAGAAGACTTTAGCTCCAGCAAGACTTATGACAGCAA
GCTTCAAATATGCTGGTTTCCAAGTTGGTTACTGTATATGGGGTTTTCTC
TTATCCTTTTTTGTCTTCTACATCGGATGGATGGTGATCGTCACACAGTT
CATTCTACCCATGAAACGCCATGAACTCTCCTTACTCTTAACGTTACTCA
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ATGTTAATTGCAAGATGTTGTTTCGTCGCTTCACCTGATTCGCTGGCTAT
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ATATCTTCTTTGGTTTGGTGTCTTGTTTACTTCGTATCATAATCGGTTTG
GTCCTTGGAGTAGTTTTCATGCAGAGGTTGAGTAAAAGTACTCTACCAAG
ATCTTATGAAAGAAGGGACCGGGgCTATTTGTCATACGTTTCCTTCTTGC
TTCTTGAACATCAACACTCGAACCCAGCTCTCCAATGTTTCGTGAGATTT
TTACTCGAAGACATGAAAAAAGATCTCAAAGATGACTTCTTCAAAAATGA
GCAAGtTAACAACTCGCAAAGTTTATGCATGGAACTCATCAAAATCGATA
ACACTGTCgcaaaaaaagcaaaagaagCTCGCAACAAACATATAAGAGCT
CGAAATCGTTGGCATTTATTCGTAACAATGACAATGAACCCTAGCATTAT
CAAATACCGAATCCGATTTTTAGATGTTAATATAGAGAGTTCAATTCTTt
ctgacaaaatgaaaaatctacTTGATGAAGGCCCTAAtatgaaaatcaaa
gatgataaCGATGATAAGAGTAGACCAAGTAGCAGTCTAAGTTTACGGCA
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ACTATTACGTTTTTAAAGGCGAAGTCGAGAAACCCGTAATAGCTTAAAAT
TATAACTTAGGTTTGTTAATTGGAGGAGCTCAAATGATGTCACAATTAAA
GTTGATTTACGGAAAGAATTACAACTAAAATAACAAGAAAGTTGTCGTGT
TATGGAAGTCACAATGGCATATTGCGAGGTTTTCAAAAGTGTTGAATGCA
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atgaaagaactgtctccactggctgcgtttagaccagcctggcatttgta
attgcttgcagtattcttttgaattctattgttccgtgcaattgttc

Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00058184-protein

>TCONS_00058184-protein ID=TCONS_00058184-protein|Name=TCONS_00058184-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=829bp
MADNGLSATEILSLASKMVGDDTMRESPQEFLNILNYLTPGQLAKFYNVA
NETMERFVNHTVPCIEDTIQENLNIMNGTELWEPIWKDCFFWAPTPTPSS
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FPGPVVPLNMLDSFENRKGYMMAFGLAANSIVDVIFGENSEMIGHDLSKQ
IDGQLKNYSFLSIFMKIFLSVYVAMMSYPFFVAQNVRNKMIGSTFGILIS
TYWLAFELYKFIAYGGSCFKQINEQEGYGRSILYVLFDMPKLICLAGLVL
KFAYNIFVTLEKRSEKKRQGKHVNWVYENDTNWKEEYMYIHIKEVFKKHR
IAKEEKRLKRLGKVEEESPFLQRMKTKIRGMMYEVKPGFQYGTRFCVSLC
IAVLAVYGIMCFSIGLGIVIFVKLLNQLIDNVDGVQWLSDNIKVAKQDII
DYGNALGTSYWLAMMTSVILFALVMMNQMTWYRRHVIKLRSGDRSFLPSG
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NNSQSLCMELIKIDNTVAKKAKEARNKHIRARNRWHLFVTMTMNPSIIKY
RIRFLDVNIESSILSDKMKNLLDEGPNMKIKDDNDDKSRPSSSLSLRQRQ
GKVSHAYSNEEIDENYYVFKGEVEKPVIA

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_308:20974..33446+

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>TCONS_00058184 ID=TCONS_00058184|Name=TCONS_00058184|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=12473bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_308:20974..33446+ (Clytia hemisphaerica)
CGTCTTTGACCAAGGGTTGTAACAATGGTTTAGTGGCCTTAAACGTACAG
AAtaacattgtttttatttttcagtttctagCTCTGGCAATGTTCCATTT
TATTTAAATCTTTGAAAGAGTTACAAGAATTTCTGATTTCCACACTAAAG
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TGATGATTCATGATAAGCATATAACCGTCACCTTGCAAAGCTAATACCTG
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CGgtccaggacattcttatttcaaccccccccccctcccccgcttattaa
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TCGAATTAGAAAGTTAACtctgttttctttttactttttagcttcTTTTG
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GTGAATCGATGGGAATCACACCAATTATTCGTTTGACATTATTCGGATTA
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gccaatcagctgttgggtccctGGAAGAcgttgcaatggtgcatatcatg
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atccatttcgactgtaaAATGGTCTTTAGAGGTTTTCCATATTTTGCTAA
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tacttaacaaaacatgaaaaaactcTATACCTGAGCTAGACTAGCAAatt
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tttgctagaataggagctgcgtaggagagcgagcaaaagttggtgagccC
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ttttcccgcgtgataccgttccagcccgactggcgtgccagtctataCCT
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ataaaataaatatctactttttcaaaaaatgactgAGCAAACAAAAGCTT
ATGAAAGTATTAATTTTACTGTCCAGTAAAACCATGACCATGAAAAATCA
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TACTTCTAACATTCATgacattttttgtacaaaaaagaCGGAGAGCGTGC
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GTGAAATTGCCTTACATTTCATCCCCGTTTGAAATTCAATCTGAAAGAAT
GCACTCAAAAACCATCCCACGTGGACTTTTGGAGCTTAAAACAATAGAAT
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AGCTGGTTATTTTGTAGACTAGAGTAAATTTAACAATAATTTTCGCCATT
GTCTTTGCATCATACTGCAAAtctctaagaaattgggtgtcttttaaagc
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GGTTTGGCAGCTAATAGTATCGTCGATGTCATCTTCGGTGAAAATAGCGA
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AAATATTAACCAAACTTAAAGTCTTATCTACCGATTTTTGAGTCTCCTGC
AAAAGTTTCTGTGAATCTTCGAAAAGTCCGTTTAAAAATTCAACCATGAT
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TTTATATGTTTTATTTGATATGCCGAAATTGATCTGTCTTGCTGGTTTGG
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aaaaagatattccacCTTTAAACTCCAGTGAGGATATGTTTGGAGTGCAT
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GGGTGAATCTCCTACCGGGGACAAAATAGTGGGGCAGGGATCCCtctggg
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CTATAGCACCCATGATCATTATAAAAGAACTTGGACATATCTATAGGAAT
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GATCCGATTTTGTAGGAAATCTAGCACCAAATGTTTGTTGCATAAACAGG
ACAAGTCGTTAAACCAAGTTTTAAAGACGTCCATGCTTATTATTTGACCA
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ACTTTTTCAGCATGTAAATTGGGTTTATGAGAACGATACAAATTGGAAAG
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AGTGGCCAAAAATAGTTGACTCTGTTGGATGGATGGAATGATTTTTCTAT
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GTTTCCAAGTTGGTTACTGTATATGGGGTGAGTTTACTAATTTTCGACAG
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AAAATCCCATAAATTGAGTGAATAAAGCTGAGACCTTCTTGTATTGCGCT
CTTATTGGCGCTATCTTTGGacaacttttaatttggcccaaattttcagt
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TACTGGACGTGAGCGTTTTCAGTTTTTGGAATCATAAAGAAGCAACCTAA
GGGCTTGAATTTGTATCGAAAAAGGGAAATCAAACCCCTCTATTTGTATA
TTTATTCTATCTGTAGGTTTTCTCTTATCCTTTTTTGTCTTCTACATCGG
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Cattcgatcgggaaacgtcacccggttcggaagcgtattgttgattggac
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CTGATTCGCTGGCTATCGATAACAGGTAATGTAACATTTTACCTTCTAGC
TAATAACCTCCCAAATTGAGACActaaatcatatttttgggCGTATTTAA
TTGAAGATCTCATTGCAACCTAGCCGACAGTATTACTTTTACCCATACAG
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TTTCAACAGTCTTCCGATCAGAACAATCAGAAATAGTCGCCGTTAATGTT
GACAATCAACATTATATAAAAGCTAGATTCTTGTTCAAGCCATGTTGTGA
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ACTTATTCTAaccaaaaaagttatttttaagaTATCAGTTTGTAATCAGT
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TCCAGACTTTGTAGCAGGCCTTGTATGGAATCGGTTCTATAGTGAGTGGG
TGGTCTTTCCATGTATATCTaaatttaaatatttcacaataCCCGTCTTT
ACTTCCTTAATCTTGAGACCTGTTTCCCTCTTCAGAGTATCTAGGAAAGT
TGATTTCCTTGATCTTACTATAGACCCGTTGGTGACCAGAAGAATACTTT
AGATAGCTACAGTACTTTTAACTCTTTCTTTTATTCTTCCTTGATTTCAG
GCGAGCGTATCACATCTTCTCATATTTCATGCTCTTTTTCAATATCTTCT
TTGGTTTGGTGTCTTGTTTACTTCGTATCATAATCGGTTTGGTCCTTGGA
GTAGTTTTCATGCAGAGGTTGAGTAAAAGTACTCTACCAAGATCTTATGA
AAGAAGGGACCGGGGTGAGTGCGTTGTTTTAGTTCTCGCAATTGTTATAA
tcatgttttctttttgataaatactctAGAAACTGAATAACTTTCACATA
AACACCCGCTTAGAAAATGTGTACGCAGTGATTTAATCATTTTAACCCTC
TTATCTGAGAAAAAGGTTTACAAACTTTTCGACTTCAAACACTTACACCA
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aacaaTGGTCTAAAATTTAGCTACTCTCTTCAAATAACgatttaaggttt
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AAGGAGACACTGTCCTGtaatgaaacatgtgtctgatacgttacacttat
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ATTACcagatttctttttaaatttcaattttttataggCTATTTGTCATA
CGTTTCCTTCTTGCTTCTTGAACATCAACACTCGAACCCAGCTCTCCAAT
GTTTCGTGAGATTTTTACTCGAAGACATGAAAAAAGATCTCAAAGATGAC
TTCTTCAAAAATGAGCAAGGTAATTTGGAACAGAGGAAAACAGGAGGGAC
TTCGCTTAAAAGTCTTCTTCTtcgttaaaacttttttttacgtTTTCATC
AAACATCCAGTTTCAACACATTTACTATCAATTAGGTAAcgaccattttt
taactttttttgctaaaattatACTTCAAAAAGTCTGTAATTTCTACAAT
TGAGGGGTATATTTAGAATGAGAAAAACGAAAATTAAGTACTGCATGGTA
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ATACAGTAACGAAGAAATTGATGAAAACTATTACGTTTTTAAAGGCGAAG
TCGAGAAACCCGTAATAGCTTAAAATTATAACTTAGGTTTGTTAATTGGA
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TCATGATGAATCAAATGACTTGGTATAGACGTCACGTGATAAAATTGCGT
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TGGATGGTGATCGTCACACAGTTCATTCTACCCATGAAACGCCATGAACT
CTCCTTACTCTTAACGTTACTCATCAAACAGTGGCCCAATATTCTGATAG
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CTCATATTTCATGCTCTTTTTCAATATCTTCTTTGGTTTGGTGTCTTGTT
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AGAAACCCGTAATAGCTTAAATGGCGGACAATGGACTTTCTGCGACGGAG
ATTCTTTCGTTGGCATCAAAGATGGTAGGTGATGATACAATGAGGGAATC
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TGGAACTGAATTATGGGAACCTATTTGGAAGGATTGcttcTTTTGGGCAC
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CTATCAAtttttatgaAGATTTTTCTGTCAGTTTATGTGGCAATGATGTC
CTATCCATTCTTCGTGGCGCAAAATGTTCGAAACAAAATGATTGGCTCCA
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aagttttcaaaaagCATCGCATTGCCAAAGAAGAAAAACGATTGAAAAGA
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TGGTTGGCAATGATGACCTCTGTTATACTTTTTGCTCTCGTCATGATGAA
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CTTATGACAGCAAGCTTCAAATATGCTGGTTTCCAAGTTGGTTACTGTAT
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ATTCGCTGGCTATCGATAACAGGCGAGCGTATCACATCTTCTCATATTTC
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GTACTCTACCAAGATCTTATGAAAGAAGGGACCGGGgCTATTTGTCATAC
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TCTTCAAAAATGAGCAAGtTAACAACTCGCAAAGTTTATGCATGGAACTC
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TGAGCAAGtTAACAACTCGCAAAGTTTATGCATGGAACTCATCAAAATCG
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AATGAGACTATGGAGAGGTTTGTTAACCACACTGTGCCATGTATCGAAGA
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ATTGCCAAAGAAGAAAAACGATTGAAAAGACTGGGCAAAGTAGAAGAAGA
GTCACCATTCTTACAACGAATGAAAACAAAGATAAGAGGAATGATGTATG
AAGTCAAACCAGgATTTCAGTACGGCACACgattttgtgtgtcactttgt
ATCGCCGTCTTAGCCGTTTACGGGATTATGTGTTTCTCAATCGGGCTCGG
TATAGTCATCTTCGTAAAATTACTGAATCAACTCATCGACAACGTGGATG
GTGTACAATGGTTATCTGATAACATCAAAGTTGCCAAACAAGACATCATT
GATTATGGGAATGCTTTGGGAACCTCATACTGGTTGGCAATGATGACCTC
TGTTATACTTTTTGCTCTCGTCATGATGAATCAAATGACTTGGTATAGAC
GTCACGTGATAAAATTGCGTTCCGGTGATAGGTCCTTTTTACCAAGTGGT
ATCCAAAAGAAGACTTTAGCTCCAGCAAGACTTATGACAGCAAGCTTCAA
ATATGCTGGTTTCCAAGTTGGTTACTGTATATGGGGTTTTCTCTTATCCT
TTTTTGTCTTCTACATCGGATGGATGGTGATCGTCACACAGTTCATTCTA
CCCATGAAACGCCATGAACTCTCCTTACTCTTAACGTTACTCATCAAACA
GTGGCCCAATATTCTGATAGCAATTACCATGATCGTTCTACAGATGTTAA
TTGCAAGATGTTGTTTCGTCGCTTCACCTGATTCGCTGGCTATCGATAAC
AGGCGAGCGTATCACATCTTCTCATATTTCATGCTCTTTTTCAATATCTT
CTTTGGTTTGGTGTCTTGTTTACTTCGTATCATAATCGGTTTGGTCCTTG
GAGTAGTTTTCATGCAGAGGTTGAGTAAAAGTACTCTACCAAGATCTTAT
GAAAGAAGGGACCGGGgCTATTTGTCATACGTTTCCTTCTTGCTTCTTGA
ACATCAACACTCGAACCCAGCTCTCCAATGTTTCGTGAGATTTTTACTCG
AAGACATGAAAAAAGATCTCAAAGATGACTTCTTCAAAAATGAGCAAGtT
AACAACTCGCAAAGTTTATGCATGGAACTCATCAAAATCGATAACACTGT
CgcaaaaaaagcaaaagaagCTCGCAACAAACATATAAGAGCTCGAAATC
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aatgaaaaatctacTTGATGAAGGCCCTAAtatgaaaatcaaagatgata
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GGTAAAGTTTCTCATGCATACAGTAACGAAGAAATTGATGAAAACTATTA
CGTTTTTAAAGGCGAAGTCGAGAAACCCGTAATAGCTTAAATGGCGGACA
ATGGACTTTCTGCGACGGAGATTCTTTCGTTGGCATCAAAGATGGTAGGT
GATGATACAATGAGGGAATCACCGCAAGAATTTCTCAATATATTGAACTA
TTTAACACCTGGACAACTGGCAAAGTTCTACAATGTAGCCAATGAGACTA
TGGAGAGGTTTGTTAACCACACTGTGCCATGTATCGAAGACACTATTCAG
GAGAATTTAAATATAATGAATGGAACTGAATTATGGGAACCTATTTGGAA
GGATTGcttcTTTTGGGCACCAACACCAACACCGTCGTCCGGTCCAGCTC
CGGGAGAAGTTATTTGTGAATCGATGGGAATCACACCAATTATTCGTTTG
ACATTATTCGGATTATCGATCTTACTTCTAACATTCATgacattttttgt
acaaaaaagaCGGAGAGCGTGCCGCGATTGCTGTTGGGGATTCCCTGGCC
CTGTCGTGCCATTAAATATGTTGGATTCGTTTGAAAATCGGAAAGGTTAT
ATGATGGCATTTGGTTTGGCAGCTAATAGTATCGTCGATGTCATCTTCGG
TGAAAATAGCGAAATGATTGGACACGATCTCAGTAAGCAGATTGATGGAC
AACTGAAAAACTACTCGTTCCTATCAAtttttatgaAGATTTTTCTGTCA
GTTTATGTGGCAATGATGTCCTATCCATTCTTCGTGGCGCAAAATGTTCG
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TGATATGCCGAAATTGATCTGTCTTGCTGGTTTGGTGCTCAAATTCGCAT
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AAGAAAAACGATTGAAAAGACTGGGCAAAGTAGAAGAAGAGTCACCATTC
TTACAACGAATGAAAACAAAGATAAGAGGAATGATGTATGAAGTCAAACC
AGgATTTCAGTACGGCACACgattttgtgtgtcactttgtATCGCCGTCT
TAGCCGTTTACGGGATTATGTGTTTCTCAATCGGGCTCGGTATAGTCATC
TTCGTAAAATTACTGAATCAACTCATCGACAACGTGGATGGTGTACAATG
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ATGCTTTGGGAACCTCATACTGGTTGGCAATGATGACCTCTGTTATACTT
TTTGCTCTCGTCATGATGAATCAAATGACTTGGTATAGACGTCACGTGAT
AAAATTGCGTTCCGGTGATAGGTCCTTTTTACCAAGTGGTATCCAAAAGA
AGACTTTAGCTCCAGCAAGACTTATGACAGCAAGCTTCAAATATGCTGGT
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CTACATCGGATGGATGGTGATCGTCACACAGTTCATTCTACCCATGAAAC
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ATTCTGATAGCAATTACCATGATCGTTCTACAGATGTTAATTGCAAGATG
TTGTTTCGTCGCTTCACCTGATTCGCTGGCTATCGATAACAGGCGAGCGT
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CATGCAGAGGTTGAGTAAAAGTACTCTACCAAGATCTTATGAAAGAAGGG
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TCGAACCCAGCTCTCCAATGTTTCGTGAGATTTTTACTCGAAGACATGAA
AAAAGATCTCAAAGATGACTTCTTCAAAAATGAGCAAGtTAACAACTCGC
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CTCTTATCCTTTTTTGTCTTCTACATCGGATGGATGGTGATCGTCACACA
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TGAGCAAGtTAACAACTCGCAAAGTTTATGCATGGAACTCATCAAAATCG
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TATTGAACTATTTAACACCTGGACAACTGGCAAAGTTCTACAATGTAGCC
AATGAGACTATGGAGAGGTTTGTTAACCACACTGTGCCATGTATCGAAGA
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CTATTTGGAAGGATTGcttcTTTTGGGCACCAACACCAACACCGTCGTCC
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TTTTCTGTCAGTTTATGTGGCAATGATGTCCTATCCATTCTTCGTGGCGC
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ACATTATTCGGATTATCGATCTTACTTCTAACATTCATgacattttttgt
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TGATATGCCGAAATTGATCTGTCTTGCTGGTTTGGTGCTCAAATTCGCAT
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TAGCCGTTTACGGGATTATGTGTTTCTCAATCGGGCTCGGTATAGTCATC
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ATTCTGATAGCAATTACCATGATCGTTCTACAGATGTTAATTGCAAGATG
TTGTTTCGTCGCTTCACCTGATTCGCTGGCTATCGATAACAGGCGAGCGT
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CTCATGCATACAGTAACGAAGAAATTGATGAAAACTATTACGTTTTTAAA
GGCGAAGTCGAGAAACCCGTAATAGCTTAA

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_036665	XLOC_036665	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
TCONS_00058184-protein	TCONS_00058184-protein	Clytia hemisphaerica	polypeptide

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_308	supercontig	scaffold_308:20974..33446 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
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Blast

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00058184 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00058184 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0


Match Name	E-value	Identity	Description

You are here

TCONS_00058184 (transcript) - C. hemisphaerica