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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00058973 ID=TCONS_00058973|Name=TCONS_00058973|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=6799bp
ttaaaagtCGCCAGCCGACTGTTCGGTTGTAAAAGCTTTTCCATTATAAA
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TCTGATTCCATTGGCTTATATCAACGGAAGGCAGGTGAGGTTTGCAAAGC
AATCACCTTTATCTATATTGCATTATAACCTTTTTTCGTGTAACCCCAGT
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AGACACTATGCGACATTCTTGACTCGAATTTCTTTAATTAAATTCCTTAT
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AATGGTATTTAAAGCTTTCTTCTGATTGGCTGCTTTTTAACTTCATAGAG
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TATGAAAACTACTGCCATCATTTTTTGCTTGAAGTCTCCAGGGGTCTTTT
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agaTTGCATCTGCAGGGTTTTTTAACGTCACAAAGGAAGCCCCCTTTAGG
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aatattttttctataaaGTCTTTTTTCGTccttgtttttttatattatat
gctagtctttttatttttggacAACCTTTGTACTGTCCGAAAAAATTTGT
ACATTTGTATTAATTCGAATGATTTGAATAAGTACCCAGAAAAATGAAC Run BLAST on NCBI protein sequence of TCONS_00058973-protein >TCONS_00058973-protein ID=TCONS_00058973-protein|Name=TCONS_00058973-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=383bp
MEVDVGMDFFLCETLPTPEPQDGDLNMMQHLNPLELSVGDSNSQRPIKRK
KSGNMTDHVKRPMNAFMVWSQIERKKMAESYPDMHNAEISRRLGKQWKML
TDDDRRPYVIRSEKLREEHMRRHPDYKYRPKKKAKEMEGKQGAAAQTNQQ
RANNTKNNTNTLLAIEGNSYDSTMIKLGPSTTLAYNALNSKHLLKPIKQA
NTTNAANVPLQRIESAKLVNIKNGQCVMTTGKPFLTLSRQVGKIGSLSSS
EGNFSISPQKNSLLKTTSVASGQKMFRTPLTPPPNVPGSLASPVDLEPNL
SFYDDFSELFDAKKGRSNSSSSGEFQTAPTWIKTESCDSVGDLPISPLSD
ISTMVDFPDIYTTPEVSEMLSGQWLDSSFGLGV Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_315:348388..357012+ Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00058973 ID=TCONS_00058973|Name=TCONS_00058973|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=8625bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_315:348388..357012+ (Clytia hemisphaerica)
ttaaaagtCGCCAGCCGACTGTTCGGTTGTAAAAGCTTTTCCATTATAAA
TCAAGTCAATGGAATGACGTTATGGGTTTTTAAtcaagatgttttttttt
ctcttatacCGTTCCGTTTTTGAGAGTTTTACCTTCATTTGAAAACGTCT
AACTGTGCTCATAGAGGGTACTTTTTgtgaaacagtttttttttcgtATG
GTGCTTGACTTAGATATTCATCTCTCATTTGGAATATATGTGTTTCAAAA
TCTCATTTCCTAGTTGAAGTGAATGGGTGCAAAGCATGGGGTTGATTTTG
ATATCATATCGAGGTGTGAGAGGTTTTGTTTGTCTCACCTTGGGTGTTGT
ATCATACCAAGTTGATTGTATGACCTAGCGTTGAAAGAGAATAGTGTAAC
ATTCTGAGCCATAGATATTCTTAAAGTTGCTTTTAATTTCAGgggaaaat
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ACCACCCTGCTGTGGTGTGCGTTTAAGGGTGGCGTGTTTTCCTTGGCAAA
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TGAGAGGAGATCATTTTATGATTCTTTTAGTCAAACCAATTATTATTTGA
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ACTTTAATTGTCCTGAGGTTTAAATAATAATTTGTCATGAAATGTCAATA
ATCTAATTCTCTATGACCGGCTTTCCGGCACGAAATCCGTACAAAATAAA
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TTAAAGTATAATCAAatttcaatgtgaaaaaaacatCTAAtagtaggcta
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aaaattcccctaaaatcccactggtggaacatcccttttttgggacattt
ctattttccccaggcaaaaccctaagggcgaaattttttgaaaatttcaa
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ttatatagaagacttttaaacgggtatagccaatttcattacctaactca
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ggcgaaaagtggaacttgcgcatgaaatatctcgagttaggtaagggaat
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tcgcccttaggattttgcctggggaaaatagaaatgtcccaaaaaaggga
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cccaaaaaagggatgttccaccagtgggattttaggggaatttttcctga
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attttttcctacaaacagcctgtatttttgtaacacgaccacactatgaG
GCTTTGATGAAACCATAGCAGTGCTTATAGACTAaaagtaaggcctaaaa
gcctggagctgtctattgggTAAACTAATATAATAGTATCTCTCCCCGCA
AGTAGATCACTATGATATTTGGACATAAGCATATTAGCAGTATCATTCAG
TCTATTCCTTACAAAGTTCATGAAAGCGTTTGCTTTTCTAGATTAGTATT
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TGAAGAACATATGAGGCGCCATCCTGATTATAAATACAGGCCTAAGAAAA
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GCTAATACTACGAATGCAGCAAATGTACCATTACAAAGAATCGAAAGTGC
TAAACTGGTTAATATCAAAAACGGACAATGTGTAATGACGACTGGGAAGC
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CGCCCAACGTCCCAGGATCCTTAGCGTCGCCTGTCGACTTGGAACCTAAT
CTATCATTTTACGACGATTTCAGTGAACTTTTTGATGCCAAAAAGGGCCG
ATCAAATAGCTCTTCGAGCGGCGAATTCCAAACAGCACCCACGTGGATCA
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GACATTAGCACGATGGTTGATTTTCCGGACATTTATACGACTCCCGAAGT
GTCCGAAATGTTATCTGGACAATGGTTAGATAGTAGTTTTGGATTGGGTG
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CATTTTTTGTAGATAGTGACTATTATAATGGTATTTAAAGCTTTCTTCTG
ATTGGCTGCTTTTTAACTTCATAGAGGGTTTTAAGTaggatttttaaact
tttttttcattttttgtttgtttttatttattggaATGTTACGAATATTA
TCATTAAGGTGGATGATCAGATGGTATAATTAGTTAGATggattattttt
taaaaaagaaatacgcCTTAATCTCTGGATCAATCAAGGTTTTCGTGGAA
GTGCTCGATGAAGGTCGTTCTTACTCCAGTTTGACCTACACTGAGCTCAT
TTCATGGGAACCTTACTTGCTTCACAATAAAATAATGTTCATTCATATTT
TTTGTCTATAGATTTTatgtttactaaaaaaaataatttatttgaaagtt
ttttaacattttgggaaaaaagctgaagaattgaaaaagcttttccacgt
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TTATCAACTCAAACACGTGCTCAAAGCTTATAAGAGTTTTctatataata
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TTGCTTGAAGTCTCCAGGGGTCTTTTATGCTGATGAAATCTatagttttt
attaaaaaaattttttcaaagttttaagaTTGCATCTGCAGGGTTTTTTA
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AAATTTCACAAGGCAGTGCGCCCGTTTCATAGGAGTTTTTATCTAACCGT
CAAAAATTCTTATATTATtaatttctaatattttttctataaaGTCTTTT
TTCGTccttgtttttttatattatatgctagtctttttatttttggacAA
CCTTTGTACTGTCCGAAAAAATTTGTACATTTGTATTAATTCGAATGATT
TGAATAAGTACCCAGAAAAATGAAC Coding sequence (CDS) from alignment at scaffold_315:348388..357012+ >TCONS_00058973 ID=TCONS_00058973|Name=TCONS_00058973|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=2304bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_315:348388..357012+ (Clytia hemisphaerica)
ATGGAAGTGGATGTTGGGATGGATTTCTTTCTTTGTGAAACGTTACCAAC
ACCTGAGCCTCAGGATGGTGACCTTAACATGATGCAACATTTAAATCCAT
TGGAATTAAGTGTCGGTGATAGCAATTCTCAACGACCTATCAAACGCAAG
AAATCAGGTAACATGACTGACCATGTGAAACGACCCATGAATGCTTTTAT
GGTATGGTCACAAATAGAACGTAAAAAGATGGCTGAATCGTACCCGGACA
TGCACAATGCTGAAATCAGTCGAAGATTAGGCAAACAGTGGAAAATGTTG
ACAGATGATGACCGACGGCCATACGTCATTCGATCAGAAAAACTACGTGA
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CGCGCCAATAACACCAAAAATAATACGAATACCTTACTAGCGATTGAAGG
TAATAGTTACGACAGCACTATGATAAAACTAGGACCATCCACCACGCTCG
CTTATAACGCTTTAAATAGTAAGCATTTATTGAAACCCATCAAACAGGCT
AATACTACGAATGCAGCAAATGTACCATTACAAAGAATCGAAAGTGCTAA
ACTGGTTAATATCAAAAACGGACAATGTGTAATGACGACTGGGAAGCCAT
TTTTAACACTGTCAAGGCAAGTTGGTAAAATCGGTAGTTTGTCATCTTCA
GAAGGTAATTTCTCAATCTCACCACAAAAGAACTCTTTACTTAAAACAAC
ATCAGTTGCATCCGGTCAGAAGATGTTTCGTACTCCACTAACGCCCCCGC
CCAACGTCCCAGGATCCTTAGCGTCGCCTGTCGACTTGGAACCTAATCTA
TCATTTTACGACGATTTCAGTGAACTTTTTGATGCCAAAAAGGGCCGATC
AAATAGCTCTTCGAGCGGCGAATTCCAAACAGCACCCACGTGGATCAAAA
CAGAAAGTTGTGACTCCGTTGGTGACCTTCCTATATCTCCTTTATCGGAC
ATTAGCACGATGGTTGATTTTCCGGACATTTATACGACTCCCGAAGTGTC
CGAAATGTTATCTGGACAATGGTTAGATAGTAGTTTTGGATTGGGTGTTT
AGATGGAAGTGGATGTTGGGATGGATTTCTTTCTTTGTGAAACGTTACCA
ACACCTGAGCCTCAGGATGGTGACCTTAACATGATGCAACATTTAAATCC
ATTGGAATTAAGTGTCGGTGATAGCAATTCTCAACGACCTATCAAACGCA
AGAAATCAGGTAACATGACTGACCATGTGAAACGACCCATGAATGCTTTT
ATGGTATGGTCACAAATAGAACGTAAAAAGATGGCTGAATCGTACCCGGA
CATGCACAATGCTGAAATCAGTCGAAGATTAGGCAAACAGTGGAAAATGT
TGACAGATGATGACCGACGGCCATACGTCATTCGATCAGAAAAACTACGT
GAAGAACATATGAGGCGCCATCCTGATTATAAATACAGGCCTAAGAAAAA
AGCTAAAGAGATGGAAGGGAAACAAGGCGCAGCAGCACAAACGAATCAAC
AACGCGCCAATAACACCAAAAATAATACGAATACCTTACTAGCGATTGAA
GGTAATAGTTACGACAGCACTATGATAAAACTAGGACCATCCACCACGCT
CGCTTATAACGCTTTAAATAGTAAGCATTTATTGAAACCCATCAAACAGG
CTAATACTACGAATGCAGCAAATGTACCATTACAAAGAATCGAAAGTGCT
AAACTGGTTAATATCAAAAACGGACAATGTGTAATGACGACTGGGAAGCC
ATTTTTAACACTGTCAAGGCAAGTTGGTAAAATCGGTAGTTTGTCATCTT
CAGAAGGTAATTTCTCAATCTCACCACAAAAGAACTCTTTACTTAAAACA
ACATCAGTTGCATCCGGTCAGAAGATGTTTCGTACTCCACTAACGCCCCC
GCCCAACGTCCCAGGATCCTTAGCGTCGCCTGTCGACTTGGAACCTAATC
TATCATTTTACGACGATTTCAGTGAACTTTTTGATGCCAAAAAGGGCCGA
TCAAATAGCTCTTCGAGCGGCGAATTCCAAACAGCACCCACGTGGATCAA
AACAGAAAGTTGTGACTCCGTTGGTGACCTTCCTATATCTCCTTTATCGG
ACATTAGCACGATGGTTGATTTTCCGGACATTTATACGACTCCCGAAGTG
TCCGAAATGTTATCTGGACAATGGTTAGATAGTAGTTTTGGATTGGGTGT
TTAG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00058973-exon-scaffold_315-1491911889:348388..353244 | TCONS_00058973-exon-scaffold_315-1491911889:348388..353244 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00058973-exon-scaffold_315-1510915933:348388..353244 | TCONS_00058973-exon-scaffold_315-1510915933:348388..353244 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00058973-exon-scaffold_315-1575043694:348388..353244 | TCONS_00058973-exon-scaffold_315-1575043694:348388..353244 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00058973-exon-scaffold_315-1491911889:355071..357012 | TCONS_00058973-exon-scaffold_315-1491911889:355071..357012 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00058973-exon-scaffold_315-1510915933:355071..357012 | TCONS_00058973-exon-scaffold_315-1510915933:355071..357012 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00058973-exon-scaffold_315-1575043694:355071..357012 | TCONS_00058973-exon-scaffold_315-1575043694:355071..357012 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_315 | supercontig | scaffold_315:348388..357012 + |
Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
| Term | Definition |
|---|
| IPR009071 | HMG_box_dom |
Blast
BLAST of TCONS_00058973 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: SOX14 (Transcription factor SOX-14 OS=Homo sapiens GN=SOX14 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 121.324 bits (303), Expect = 1.934e-29 Identity = 47/82 (57.32%), Postives = 70/82 (85.37%), Query Frame = 3
Query: 4743 TDHVKRPMNAFMVWSQIERKKMAESYPDMHNAEISRRLGKQWKMLTDDDRRPYVIRSEKLREEHMRRHPDYKYRPKKKAKEM 4988
+DH+KRPMNAFMVWS+ +R+KMA+ P MHN+EIS+RLG +WK+L++ ++RPY+ +++LR +HM+ HPDYKYRP++K K +
Sbjct: 5 SDHIKRPMNAFMVWSRGQRRKMAQENPKMHNSEISKRLGAEWKLLSEAEKRPYIDEAKRLRAQHMKEHPDYKYRPRRKPKNL 86
The following BLAST results are available for this feature:
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