|
Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00059351 ID=TCONS_00059351|Name=TCONS_00059351|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3475bp CAACAGTTTCTATTCGGGTCTGTAATTTATTTCATGTACAATCATACCCT AAGAAAGGGCCGTTTTTAGGTCTTTCCAGACCCCTCTAAAATAGTATAAA TACAAGAGACTTTACAGATTGGTAATCAAATAAGAAAGACTTAAAACAAG TGAAGAAGAACAAATTCAGACTGACGAGGGACaatcatcaaaaaagtttt gtgaACTAGAGGAAGACAAACCCTATCCATAATACCAACATGAAGATTTG GTTTGTGTTTAATTGTTTAATCATCGCCACCGTGTTCCGTGTGGCGAATG GTACGTCCTGTTGTAGAGGTCAACACGACGAAGGATGTTACGGCAACGGA TTATGCGACTCCGAGTGCTGTAACTGTCAAGACGGGTGTAATGAATATTT GAGACTCANTGCTACGGTAACGGATTATGCGACTCCGAGTGCTGTAACTG TCAAGAAGGCTGTAATGAATATTTGAGACTCAGTAAATGTGGTTGGAAAA CGAAAGCTGAATGTGCTTTAAAGGTTGGTCAATGTGCTTTGACGTGTTAT GATAACGGAGTTACTTCAAGTCAATGTGTTTCATGTTTCGGTGGTGTCTA TACCAAGTGCGTTGCTTGTTTACCTGGAAGTTTGACTGCAGACCAAGTTG TCAATGATACTCAAAGCTTAATCGAAGTTAGCTCTGATAAAGGAAAATGT GGGCCAATGGCTTGGATTGAATGTGCCATTGTTGTCACTGGGTGCGCCGT ATCCTGTATTGACCCTTTAGATCCTTTATGCATAGCCTGTTTAGGACCAA TGTATCACAAATGTGCAAAATGTATTCACCATAAAAAGACAGAAGTCGAA CTGTTGCAAAACAACACTGAAGTTATACTTCAAAACTACCGCAATGACTT CGAGACAACTTGTCAAAAATCTGCTACCCAAATTTGGGCACAACCAGAGA ATTGTTGTCGGGGAGTGCATGATGACGGTTGCTATGGTATTGGGATGTGT GATGGAAATTGCTGCAACTGTGATGGCGGATGCAACAGGTACATGATGCT GAGTAAATGCAGTTTATCGGACAAAATCAAGTGTGCTGCTAAAGTCGCCC TTTGTGGCAAAACCTGCTTAAAAGGAGGTGTCAAATCAGCCAATTGTATA AAGTGTTTGGGTAAGGTGTATAAAAAGTGTATCGGGTGTATCAAAGGGGT TGAAGAGAGTTTATCAGGAGATCAGATTGTTGCCGATAGTACTGAGATGG TGGTAGCTGAGTTAGGTTGTAGTGCAATTAAATGGGCTAAGTGTGGAGCT AGGTTGGCGATCTGTGCAGCTTCGTGTGTTGAACCTCTTGATCCATTATG TGCTATTTGTATGGgtaaactttttgctaaatgCAAATCGTGTATGTCAA AGCACATGGACTTGCAACGTTTGAGGATGAGTACACATGAAATGGTGAAA GAACGCTTCAGCGATTTTAATGGCATCTGCAAGAGAGAGACTCTGGTGGC AGGTAATTGTTGTAAGGCTAGACATGAGGATGTATGCTATGGAAATGGAC TTTGCGATGGAGATTGCTGTAATTGCCAAGACGGATGTAATGNATGGTGG TAGCTAAGTTAGGTTGTAGTGCAATTAAATGGGCTAAGTGTGGAGCTAGG TTGGCGATCTGTGCAGCTTCGTGTGTTGAACCTCTTGATCCATTATGTGC TATTTGTATGGgtaaactttttgctaaatgCAAATCGTGTATGTCAAAGC ACATGGACTTGCAACGTTTGAGGATGAGTACACATGAAATGGTGAAAGAA CGCTTCAGCGATTTTAATGGCATCTGCAAGAGAGAGACTCTGGTGGCAGG TAATTGTTGTAAGGCTAGACATGAGGATGTATGCTATGGAAATGGACTTT GCGATGGAGATTGCTGTAATTGCCAAGACGGATGTAATGAGTATTTAGTT CTCAGTAAATGCAGCTGGAAACAGAAATTAAAGTGCGGCGTCACTGTAGC TAAATGTGCCATCACATGTTTGAAGAATGGTGTGATATCATCGCAGTGTA AAAGATGTTTTGGTAAACTTTACAAGAGTTGTGTACAATGTTTACCGACT GGATTAGGAGCGGCAGTGATCGTAAGAGGTAATCAAAAGATGATGGAGAT CAGGTTAGGATGTAATATTTTAGAATGTGCCGTCAAGATTGCAACTTGTG CAGCGCAATGTAAAAATCCTATCAGCGCTGGTTGTGTATCTTGTTTGGGA CCAGCTTATGATGAATGCAAGTCATGCTTCTTTGGTGATGTCAATGTTAT GCTTCACAAGAATAATACTGAAGAACTGGCCAAGAAACatttcaaatctt caaaatcaGCATCGTTTATGATTGTACCATCTCAATTTATGATGGGATTG TTATATTTGGCAGCTATGTCagtttatttcatattttaataAAGTGTTTG GGAGGTGCTGGGTATgtatgttaaaggttttatttttacgtaagtgttcc cgtttcatatcagatacatatttcatatcaggacagtgttttgcctattg ttattattgtgctgatataaacaaaaaaatgtttttcttttcctctttcc gACCAATTTTGCTCCCcattcgtgtcaattcaatgtgaaaaagcttgtga attacaattgatgagtaagcaaacgatattattcttataaaaaaaaccct tTAATATGGACAAAGTTTTCccgtttttgaatttttaacgaTCCCATTAA CTTGATCCTAATTTTGAGCGAAATATTAGATAGATAACTTGGCGTAGCCT TATATGCAATTTTGAAGCTCTTTAATTCGTCTAGAGGTTTTTTCAAAGGC ACATTTTCATGGTACTGTTTATAACTAACATATTatctttttaagaaatt ttaaatactaaattttttaatgtttttagccGAACAACTCTATCTCAGTG ACTCAGTGAGAAGTTTTAAGCCAGTGGGGATATAATCAATAAAAAGGCCA GGGCATCAGGggttttgctttctttttgGTAGGCTGGCGAATGAACAATT AACTTTGGCAATTTCTAGATTCCAGGCCGGCGAATTCTTAGTAGGCACAG TGTATTCATTAGCGTAAATATGTACTTGGGGCGGCGCGAACCGAACTTTT CGAAAGGCAAATTGTAACTCTTTTTTCGTGCCTTGTGCCAAATTCACCGT TCGCCAGGCCTAAATATGACCTCTGGGGcattataattttattttctaaa ttcaattttttgtaacattttatttgaaaatgattaaaatcttaatgaca actttttcaaaataattttaaccTAACATATTTgtgaagaaatattttct tattatgcattttatagaaatattattatataatttgataccaattttat tttgtattttgtaaaataatttgaattttttacttCTTGGCCAAAATCTA ACTATACTTCtttattatcaaaaat Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_326:130275..136836- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00059351 ID=TCONS_00059351|Name=TCONS_00059351|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=6562bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_326:130275..136836- (Clytia hemisphaerica) CAACAGTTTCTATTCGGGTCTGTAATTTATTTCATGTACAATCATACCCT
AAGAAAGGGCCGTTTTTAGGTCTTTCCAGACCCCTCTAAAATAGTATAAA
TACAAGAGACTTTACAGATTGGTAATCAAATAAGAAAGACTTAAAACAAG
TGAAGAAGAACAAATTCAGACTGACGAGGGACAATCATCAAAAAAGTTTT
GTGAACTAGAGGAAGACAAAGTAAGTTAATTTCGATGTCTAACTTCTCAA
AGGTTACCTGCAGACTGACTATAGAGTTTTTTGATTTTTCTAAAATAGCG
ATGCATTGTGGGATTGTTTCGGGGGTATTATAATAGTCGAACGTGCGCAA
CGCACTGGGCTCAACTTCAGTGCCTTCAAACTATTCATAGGCCCAATTGT
AGAACCCCAGATATTCACCCAAGGAACAAGGGTGCCAAATTTCAGCCAAA
TCCAAGCATTTTTGAAGTCTCCAGGCTGCCCCAAAGTTTTAGCCTCGTTT
TGACGAAAAACTCGTCCCCAGGCCCCAAAAATCAAAATTTTTACAAAATG
AAAAAAACACCCCTAGATATTCACCCAAGGAACAAGGGTGCCAAATTTCA
GCCAAATCCAAGCATTTTTGAAGTCTCCAGGCTGCCCCAAAGTTTTAGCC
TCGTTTTGACGAAAAACTCGTCCCCAGGCCCCAAAAATCAAAATTTTTAC
AAAATGAAAAAAACACCCCTAGATATTCACCCAAGGAACAAGGGTGCCAA
ATTTCAGCCAAATCCAAGCATTTTTGAAGTCTCCAGGCTGCCCCAAAGTT
TTAGCCTCGTTTTGACGAAAAACTCGTCCCCAGGCCCCAAAAATCAAAAT
TTTTACAAAATGAAAAAAACACCCCTAGATATTCACCCAAGGAACAAGGG
TGCCAAATTTCAGCCAAATCCAAGCATTTTTGAAGACTCCAGGCTGCCCT
AAAGTTTTTGTGACAGACAGACAGACACACACACAGACAGACAGACAGAC
ATTGTCAGATTGTAGCTCAACTGAAGTTGAGAATAGAATTCTCTCGAGTG
ATTCCTAAGAGATTTCTATTGTAATACCCCCGAAACATTCCCACAATGCA
TTACTTTTTTTAGAAAAATCAAAAACTCCGATATAATCTTTTCTCTGTCC
CTCTCTCTGGAAACTCGATTTCATCAAACCAGCTCCATTTGGGGAGAAGG
TATGCTTTTTTTTATTTCGGCACCAGTACTATGTAGGATTTCAAACTTTT
TTCGGTTGAAATTGAGAAATTAGAAATTTGGATTTAGTACAATTTAGGGA
TTTTTGTAAATAGAGTCTTTCACTGTAGATCTCTAAGGTTAGTAAGCTTC
TGGCAAAATTATTTACTAAAATTCCAACTGACCACCGGAGGGGGTGGGAT
TCAGCAATGATGTCATTCCTAATTTCAACCATACTGTCCAATGCGACAAA
GGCTCAGCCACTGAGAATATTTTTCTATTAAAAAATCTTTCATCAAATTT
CACTAATTGGGCTTTTCCAGAAATAGTCCGTGCGCTGTTGAGGATATCGG
ATATCCAGCGGGTTAAATATCTACAAGGGAGCGGAAATCCAGCCGGTAAA
GTGCCTTTTCAAGTAAAAATACGATATCCAGGGGTAAGCATCTTTATAAA
AGAGGATATCCAGGGTGTTGAGCAAATTTTTAAGACTGGATATCCAGGGG
GTTCGACACTTCGAAAAATCAATATCTTCAACAGTGGGGGTAAAATTCTT
TTCTGGAAAATCCCATTCGGGCTAAAAAAATTTTCCTGTTTCCTCCCCTG
ATAAGTGTGAGCTCTTTCCTAATAAGAAAAATGTTTCAATTTGATTCATA
TATGAAATTTCTTTCTGTTTTATTTTATAGCCCTATCCATAATACCAACA
TGAAGATTTGGTTTGTGTTTAATTGTTTAATCATCGCCACCGTGTTCCGT
GTGGCGAATGGTACGTCCTGTTGTAGAGGTCAACACGACGAAGGATGTTA
CGGCAACGGATTATGCGACTCCGAGTGCTGTAACTGTCAAGACGGGTGTA
ATGAATATTTGAGACTCANTGCTACGGTAACGGATTATGCGACTCCGAGT
GCTGTAACTGTCAAGAAGGCTGTAATGAATATTTGAGACTCAGTAAATGT
GGTTGGAAAACGAAAGCTGAATGTGCTTTAAAGGTATTGTTTTTATTGTC
TGACTTTTATTGAAACTTTGTGGAGGAGCAAACCCTACTTATCCGCTGAC
CACAAGCGATTATGCAACCCTCAACACTTAGTGTTTTAAGCACTCCGATG
ACAACAGGAATCTATGTTCGCTTACCCAAGCCGCACTGATGAGTCCTGGG
AAGGACGAAGCATGTGCCTGCGGATAGATGCATTGATTGATATAAACATC
TCTCTGATGACAAAATGAATTTTTTTCCGATGAAATGATGTTTTTTCTGC
TCAAAAAAGCTAAGCATATAACAGAAATTCAGGTGGAAGGCAATGTGCAA
AGATCGGCTTTTTTCAAATTACCAAGCTTTTTTGTCTCTTTTAGGGTAAG
GGCCCGGGGGGGGCACTGGGTTTGCAGACTGACGGTATGTGCGGGCCAAA
AATTGGCTTTTAAAATTGCACCCTTACAGTGCAGCAAAAATCAGTGAAAA
TCATACCCTTAGAGTGCATTTTCCCCCAAATTTTCGATCCCTTATTTCTT
GCAAAAAATGGTCAAAATTCTAGCATTTTTGGTCAATATAGCTAGATTTT
TCAAAAATTTTCTGAAATTTCTACGCTTACAGTGCATCTCTAGTTTTTCC
GACCCTTACAGTGCATTTTAAACATATTGGAAAAGGTACCCTTAGGACCC
GCACATACCCGTCGGTCCTTTTGCCCCGCTGCCCCCCCCCCCCCCCCGGG
CCCCCCCCCCCCCGGGCCCGCCCATACCCGTCGGTCCTTTTGCCCCGCTG
CCCCCCCCCCCCCCCCGGGCCCCCCCCCCCCCGGGCCCGCCCATACCCGT
CGGTCCTTTTGCCCCGCTGCCCCCCCCCCCCCCCCGGGCCCCCCACATCC
CCGCCGGTCCTTTTGCCCGCCTCCCCCCCCCCCCGCCCGGGGGTAAGGGT
ATGGTTTTGAAGGTGAAGCCTATGCATACTCGACATTTTCCGACCCTAAC
CCCCCTTGGAAAATGGAATAATACAGTTTTAAAAATGATTTATCGATAAG
TAACCTGTAGTAACTGAATATTGTAGATCCAAAAAGCGGTAAAACTCTGA
AATGTCAATGATGAACTCAAACATTAATTTATGTTTTATCTAAGGTTGGT
CAATGTGCTTTGACGTGTTATGATAACGGAGTTACTTCAAGTCAATGTGT
TTCATGTTTCGGTGGTGTCTATACCAAGTGCGTTGCTTGTTTACCTGGAA
GTTTGACTGCAGACCAAGTTGTCAATGATACTCAAAGCTTAATCGAAGTT
AGCTCTGATAAAGGAAAATGTGGGCCAATGGCTTGGATTGAATGTGCCAT
TGTTGTCACTGGGTGCGCCGTATCCTGTATTGACCCTTTAGATCCTTTAT
GCATAGCCTGTTTAGGACCAATGTATCACAAATGTGCAAAATGTATTCAC
CATAAAAAGACAGAAGTCGAACTGTTGCAAAACAACACTGAAGTTATACT
TCAAAACTACCGCAATGACTTCGAGACAACTTGTCAAAAATCTGCTACCC
AAATTTGGGCACAACCAGAGAATTGTTGTCGGGGAGTGCATGATGACGGT
TGCTATGGTATTGGGATGTGTGATGGAAATTGCTGCAACTGTGATGGCGG
ATGCAACAGGTAAAAACAAATTACACATTTTATATGAACCAGTACACTTT
TAATCGGGCTTAAATTTTTGGTATTTCTAGCCTAAAAAGTTCTTATCCTG
TTCTTATTCTTAAGAAAGCCTATTTTTACTTTTTTGATTCTTAATTTATT
TAAGAACCTTTGGAACTTAGTAATTCTAGGATCAAACTTTTTCTGAGATT
TTGAAATTAATAAGACGGAAAAATGTTTCGCTTTAAGGCTTTAAACTTAA
AATGTTAAGAAAATCCGCAGGCTTTAAAAATGTTCTTAAAATTAAGAAAA
AACGTGTACTCTTCTATTTTTTTAGGTACATGATGCTGAGTAAATGCAGT
TTATCGGACAAAATCAAGTGTGCTGCTAAAGTCGCCCTTTGTGGCAAAAC
CTGCTTAAAAGGAGGTGTCAAATCAGCCAATTGTATAAAGTGTTTGGGTA
AGGTGTATAAAAAGTGTATCGGGTGTATCAAAGGGGTTGAAGAGAGTTTA
TCAGGAGATCAGATTGTTGCCGATAGTACTGAGATGGTGGTAGCTGAGTT
AGGTTGTAGTGCAATTAAATGGGCTAAGTGTGGAGCTAGGTTGGCGATCT
GTGCAGCTTCGTGTGTTGAACCTCTTGATCCATTATGTGCTATTTGTATG
GGTAAACTTTTTGCTAAATGCAAATCGTGTATGTCAAAGCACATGGACTT
GCAACGTTTGAGGATGAGTACACATGAAATGGTGAAAGAACGCTTCAGCG
ATTTTAATGGCATCTGCAAGAGAGAGACTCTGGTGGCAGGTAATTGTTGT
AAGGCTAGACATGAGGATGTATGCTATGGAAATGGACTTTGCGATGGAGA
TTGCTGTAATTGCCAAGACGGATGTAATGNATGGTGGTAGCTAAGTTAGG
TTGTAGTGCAATTAAATGGGCTAAGTGTGGAGCTAGGTTGGCGATCTGTG
CAGCTTCGTGTGTTGAACCTCTTGATCCATTATGTGCTATTTGTATGGGT
AAACTTTTTGCTAAATGCAAATCGTGTATGTCAAAGCACATGGACTTGCA
ACGTTTGAGGATGAGTACACATGAAATGGTGAAAGAACGCTTCAGCGATT
TTAATGGCATCTGCAAGAGAGAGACTCTGGTGGCAGGTAATTGTTGTAAG
GCTAGACATGAGGATGTATGCTATGGAAATGGACTTTGCGATGGAGATTG
CTGTAATTGCCAAGACGGATGTAATGAGTATTTAGTTCTCAGTAAATGCA
GCTGGAAACAGAAATTAAAGTGCGGCGTCACTGTAGCTAAATGTGCCATC
ACATGTTTGAAGAATGGTGTGATATCATCGCAGTGTAAAAGATGTTTTGG
TAAACTTTACAAGAGTTGTGTACAATGTTTACCGACTGGATTAGGAGCGG
CAGTGATCGTAAGAGGTAATCAAAAGATGATGGAGATCAGGTTAGGATGT
AATATTTTAGAATGTGCCGTCAAGATTGCAACTTGTGCAGCGCAATGTAA
AAATCCTATCAGCGCTGGTTGTGTATCTTGTTTGGGACCAGCTTATGATG
AATGCAAGTCATGCTTCTTTGGTGATGTCAATGTTATGCTTCACAAGAAT
AATACTGAAGAACTGGCCAAGAAACATTTCAAATCTTCAAAATCAGCATC
GTTTATGATTGTACCATCTCAATTTATGATGGGATTGTTATATTTGGCAG
CTATGTCAGTTTATTTCATATTTTAATAAAGTGTTTGGGAGGTGCTGGGT
ATGTATGTTAAAGGTTTTATTTTTACGTAAGTGTTCCCGTTTCATATCAG
ATACATATTTCATATCAGGACAGTGTTTTGCCTATTGTTATTATTGTGCT
GATATAAACAAAAAAATGTTTTTCTTTTCCTCTTTCCGACCAATTTTGCT
CCCCATTCGTGTCAATTCAATGTGAAAAAGCTTGTGAATTACAATTGATG
AGTAAGCAAACGATATTATTCTTATAAAAAAAACCCTTTAATATGGACAA
AGTTTTCCCGTTTTTGAATTTTTAACGATCCCATTAACTTGATCCTAATT
TTGAGCGAAATATTAGATAGATAACTTGGCGTAGCCTTATATGCAATTTT
GAAGCTCTTTAATTCGTCTAGAGGTTTTTTCAAAGGCACATTTTCATGGT
ACTGTTTATAACTAACATATTATCTTTTTAAGAAATTTTAAATACTAAAT
TTTTTAATGTTTTTAGCCGAACAACTCTATCTCAGTGACTCAGTGAGAAG
TTTTAAGCCAGTGGGGATATAATCAATAAAAAGGCCAGGGCATCAGGGGT
TTTGCTTTCTTTTTGGTAGGCTGGCGAATGAACAATTAACTTTGGCAATT
TCTAGATTCCAGGCCGGCGAATTCTTAGTAGGCACAGTGTATTCATTAGC
GTAAATATGTACTTGGGGCGGCGCGAACCGAACTTTTCGAAAGGCAAATT
GTAACTCTTTTTTCGTGCCTTGTGCCAAATTCACCGTTCGCCAGGCCTAA
ATATGACCTCTGGGGCATTATAATTTTATTTTCTAAATTCAATTTTTTGT
AACATTTTATTTGAAAATGATTAAAATCTTAATGACAACTTTTTCAAAAT
AATTTTAACCTAACATATTTGTGAAGAAATATTTTCTTATTATGCATTTT
ATAGAAATATTATTATATAATTTGATACCAATTTTATTTTGTATTTTGTA
AAATAATTTGAATTTTTTACTTCTTGGCCAAAATCTAACTATACTTCTTT
ATTATCAAAAAT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature Name | Unique Name | Species | Type |
TCONS_00059351-exon-scaffold_326-1575043694:136617..136836 | TCONS_00059351-exon-scaffold_326-1575043694:136617..136836 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00059351-exon-scaffold_326-1575043694:134654..134956 | TCONS_00059351-exon-scaffold_326-1575043694:134654..134956 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00059351-exon-scaffold_326-1575043694:133028..133542 | TCONS_00059351-exon-scaffold_326-1575043694:133028..133542 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00059351-exon-scaffold_326-1575043694:130275..132711 | TCONS_00059351-exon-scaffold_326-1575043694:130275..132711 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00059351-exon-scaffold_326-1510915933:136617..136836 | TCONS_00059351-exon-scaffold_326-1510915933:136617..136836 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00059351-exon-scaffold_326-1510915933:134654..134956 | TCONS_00059351-exon-scaffold_326-1510915933:134654..134956 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00059351-exon-scaffold_326-1510915933:133028..133542 | TCONS_00059351-exon-scaffold_326-1510915933:133028..133542 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00059351-exon-scaffold_326-1510915933:130275..132711 | TCONS_00059351-exon-scaffold_326-1510915933:130275..132711 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00059351-exon-scaffold_326-1491911889:136617..136836 | TCONS_00059351-exon-scaffold_326-1491911889:136617..136836 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00059351-exon-scaffold_326-1491911889:134654..134956 | TCONS_00059351-exon-scaffold_326-1491911889:134654..134956 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00059351-exon-scaffold_326-1491911889:133028..133542 | TCONS_00059351-exon-scaffold_326-1491911889:133028..133542 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00059351-exon-scaffold_326-1491911889:130275..132711 | TCONS_00059351-exon-scaffold_326-1491911889:130275..132711 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
scaffold_326 | supercontig | scaffold_326:130275..136836 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
|