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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00063928 ID=TCONS_00063928|Name=TCONS_00063928|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4850bp
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TGAAAAATCCAAAGGCCATTACATATTATAACCTTgtgcactttttttat
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aaaaattagaaaaatggaacaaataaaacaaatattttagaacataaaat
aacaaaagtttgaataaaaatggaaaagaaataaaaatctacaatttatT
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TGACCCACCACTTTTAGTGGCATTAGCTGGTGACATTAAATTCAAGTAAT
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TATGAGCCACCTGGTCTGCGACTTATTATAGAAGATGCACTGCTACTTCC
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AAATTCAGAGGTGCTGGCTTATGTTTCCTTCTGTTCCTTAAATTGCCACC
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AGATTGTCTAGCGCATCGAAATTTTGTAGACTTTGAGCTTGTCCTTCTCC
AGTGGCTTTCTTCCATTCATCATAACAAAGTGGATCTGAAGAATGTTTTG
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GTTCAGAGCTGGCAAACGCATCATCGGATCCTTCTGAATGATAAGTCCTC
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TTAGTCCGAGGCTAGCTGGTGATCTTGGTGGTGGTGTTGGAGTCTTTTTA
TTACCTTTCTTTTTAGCTATTACATAATGCGCTGGATTCGTTGGTTGCCT
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AacaattaagattttttttaatcaaaagataatgCATAATTTACAGTAGA
AACAAATGGATTTAATGATATTTTCATCCATAGAAAACTaaacaaatgtt
tttcaaacaagaattttttggcttaaaatcatTTCAATAAAACGTGTCAC
AGAACTCGAATCTTATACCCCTTATGTTATAAGTAGTAAATAATGAATTG
AAAACGAGTCAGTGTTGTCCAGGGACAGGAGTCCGAGTTATATTTTAGGA
AAATGTGATACCTGGCTCATCCTGGTCAGCTTTGATTTCTTCAAAAGCTC
CGAGAAGTTCATTGGCATTTGGAGTCACAATATTTACAAGGAGTCCTTTA
GTCTTATGTTCAGGACAGATTTCGAACATGAACTGCGAGTCCTCCCCTCT
AGAGAAGCTTTTTATGTCCTTGGTATACCATCTGTTTATAcatttaagat
ttttatttgTAATTGAAAAGAAGTTTCTGTAAATCCTTATTGTTGATTCT
GcattctttttcttctgtttgTCTGGTATGTTTATGTTGAAAGCAGTAAC Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_404:171933..177442- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00063928 ID=TCONS_00063928|Name=TCONS_00063928|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5510bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_404:171933..177442- (Clytia hemisphaerica)
AACAGGACCAGACGGTAGATTGTTCAAGCAAACTGAAAAATAATCACATA
TTATATTCAATTAAGACAAAGGTTAATTAAGGGAAAATTAAATAATAATA
AAGGTTACATTCTGTTTTACCATAAAATATATTCAATTAAGATTAAAATA
CCATACCTCTTGAACATTGATAAAAGGCATATCCTTGGTGCCAGGGTTTG
ACATATTTAACTACTTTTTTTTTGGACTGAAATTTGAATGAAAGATAAAT
AATGAACAAACGCGAGAAGAAAAAAATAACGGTTCAGATCTCATTGTATT
GACAAGGGACTATAAATTGAACAGAATGTAGTAATTGGGTTTGGGAGCAA
GGCAAAAACAAGAAATTGTAAACAGAGCATCAAAGAACACAATATCTCAA
CTGTGTTGTAGCATTGTAAGTTAAAATATAAACAAAAACAAACTGTAATA
TAAACGTTTTTTGTAATAAGATTAAGGGCCAAAATTAAAAAAATTAACAT
AAAACAAAGAAAATTATTCTTTTACAAGATATAAAGAGAGTTATTTACAT
AAATTCTTTTATGAAAAAACAAAAACAGTCGAAAAGTGTACAAAAGAAAT
TAATCTAAGAAATATTATCATATGTAGATTGGACAAATTATTAGAAGCAA
TTGAACAAAGAAACTAGTCCAGAAATATCCGGCAATAACATCTTAAATTT
CTAGCAATTAAAAAAAAACAATGAACAGTTTTAGCAAATTAGCCAATAGG
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AGCTTAAAAGTATAACAGCTTTCGAATGTTTCTCGTCGAATGAAGTATGA
TGATGCAAAATTATTAACAAAGATTTGTCAAGATGTGGAGATACTGTAAA
TCGAAAACTACTGAGATTCTCGAAATATTCACCATCCAAAAAGTTCAACT
TGAAAAATCCAAAGGCCATTACATATTATAACCTTGTGCACTTTTTTTAT
ATAACAAATCTAAATTTTACTCCGAGCCTGGAGTTTCTTATTTTTCCAGA
GAATTTCAGCCAGAAAGTTCCTTATCGAGTTCCTTATATAATTAGCTGTT
AAAATTTCATTTGCTAAGTATGTAACTTATGAATAAGTATGATAATGGAC
TAAAGTACAAAAAAAAAAACGTTTATTGAATGTTGTTTCGTAAATATTTT
GTCATCTTTTTGTTTAGGCTTTTTTAATTGTGTGCAAGTTCAAGTTGAGA
TATCTGTTCTTTAACTTGTTTTCTTATTTTCAGCTTGAGCAGTTCCTTAA
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GTTCCTTGTAAAAAAAAACGTGTAGTGTACAGATGACTGATTGATAGAGC
AAAAATTAGAAAAATGGAACAAATAAAACAAATATTTTAGAACATAAAAT
AACAAAAGTTTGAATAAAAATGGAAAAGAAATAAAAATCTACAATTTATT
TACATATTGTTATTAAATTAACTCCACGATACCTTAAGGAAAGACATTTT
CAAATTGAACTTACTTTTGGAGTGAATTTTATCTGAATTTGGCAATTAAT
TCCTTTGAGGTAATAGTCTCAATGAAAAGTCATAGTCACTTTAGAAGTAA
ACCCTTGAGAAAGTAGAAAAAATCACACAAATAAACAAAACTTGCAAATA
GGTGAGAGAATAATTCAGTTAAAAGCAAAATCAATTTTAAAAAGTGTAAA
AAATCTAAGTTAATTCGTCTGCATTAATTACTTACAAAATACATTGCAGG
AAGAAATTTTGGCGGGAATTTAATTTGGCGAATGGCCGAAAAAGTTTTTT
CAGAGGGAATTTAGTTTGGCGGTTAACTAGAAAAATTAATTTTAGCGAGA
ATTTGATTTGGCGGATGAAGGACATTTTTAGGACATTTTTACATAAATAG
AGTAATTGACCAAATCCGCCAAATTTTCTACCCGCCAAAATTTCTTCCTT
TAAGGTATTAATAAAGCACCAGTTAAAGAATGACAATAAATAAGGGAGCC
AGATATGAGATTGAATTTTTAAAATAAAAACAAGTCCAAGGGGCTCAATC
TTTGACGAAAAATGGATGATTCATTGTTACAAATTACCAAAAAGATTGAA
AAAGTGTTTCACAAGACAAGACCCTAGAGAATAGAATCGAGTAGGTCTGA
TCAAATAAAATCAATATTCATGAGCAAGAGGGTTGTTAATTAACTATCCT
TAATTACCAAGTATGTATCTAAGGTAAATTTAATTGTAGTATCTAAACTA
TTAAAATATAATTCCTTCTTAAAAATAACCACACTTTCTGAATAAAAAAA
TTAGACCAACAAATATAATCTGCTTAAAAATATTGAGGAGAATTATACAA
TTGACTGTATAACTCATTTCAAGGTTTTTGTCGGTGTTTTGTTTCCTGTT
AGCTGTTTATCTCTAGTATCCCTTGCTCGATTCAGTGCATCGGTTGCTTT
ACCGTCAATCAGAGTGTAATCACTTTTGTTAGGTTTTTCTATGGGAGATC
TAGCTGAACCCCTGATAGGTGAAGTCGATACTGATTTTGAATAAGAAGTC
ATTTTTCCAGTCAAAACTGCGTAGTCCATAGATGGCTTTGAAGAATTAAT
TGACCCACCACTTTTAGTGGCATTAGCTGGTGACATTAAATTCAAGTAAT
CACTATTATGGTTACTGCTTGGTGTGCTACTTTTGCCAGCCATGTTTTCA
TATGAGCCACCTGGTCTGCGACTTATTATAGAAGATGCACTGCTACTTCC
ATCTGCAGAATCCAACCCACCAAAGGGGTGATAAATATTCGAATCATCAT
CATCATACTTTTCAAATTCATTCTTATAAGTTTTTGTTTGCTTATTACCT
AAATTCAGAGGTGCTGGCTTATGTTTCCTTCTGTTCCTTAAATTNGTAGT
ATCTAAACTATTAAAATATAATTCCTTCTTAAAAATAACCACACTTTCTG
AATAAAAAAATTAGACCAACAAATATAATCTGCTTAAAAATATTGAGGAG
AATTATACAATTGACTGTATAACTCATTTCAAGGTTTTTGTCGGTGTTTT
GTTTCCTGTTAGCTGTTTATCTCTAGTATCCCTTGCTCGATTCAGTGCAT
CGGTTGCTTTACCGTCAATCAGAGTGTAATCACTTTTGTTAGGTTTTTCT
ATGGGAGATCTAGCTGAACCCCTGATAGGTGAAGTCGATACTGATTTTGA
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AAGAATTAATTGACCCACCACTTTTAGTGGCATTAGCTGGTGACATTAAA
TTCAAGTAATCACTATTATGGTTACTGCTTGGTGTGCTACTTTTGCCAGC
CATGTTTTCATATGAGCCACCTGGTCTGCGACTTATTATAGAAGATGCAC
TGCTACTTCCATCTGCAGAATCCAACCCCCCAAAGGGGTGATAAATATTC
GAATCATCATCATCATACTTTTCAAATTCATTCTTATAAGTTTTTGTTTG
CTTATTACCTAAATTTAGAGGTGCTGGCTTATGTTTCCTTCTGTTCCTTA
AATTGCCACCAATTTCAGGTTTCCCAGATTCTGACGTACTAACGTTTACA
TAGGAACCATGGTGTGAATCCTGCTTTTGAATTGTATTGTTTTTAACATT
AATATAATCTAGATTGTCTAGCGCATCGAAATTTTGTAGACTTTGAGCTT
GTCCTTCTCCAGTGGCTTTCTTCCATTCATCATAACAAAGTGGATCTGAA
GAATGTTTTGAAGTTCCTTTCCAACGTCTTGCATTGTGTGCATTAACAAT
TTGTGATGAAGAACTGTCATCTGACGAGTCCTTTCTTATTTGACTGATAT
TACCATATGCTGGTTCATCTGAATAATCAATATTACTATAATCAAAATGT
AGTGGTGAAGGTTCAGAGCTGGCAAACGCATCATCGGATCCTTCTGAATG
ATAAGTCCTCCTTTTAGTACTTGAATCTTGAGTCTTATTTACTTTGTCTT
TGCCATCTGTGATATCATTATTGGGTTCCGTTGGTGGAAAATCAAACATG
GTTTGTGGTGTTAGTCCGAGGCTAGCTGGTGATCTTGGTGGTGGTGTTGG
AGTCTTTTTATTACCTTTCTTTTTAGCTATTACATAATGCGCTGGATTCG
TTGGTTGCCTATTATAGTTATTGTTTGTGACACTGTCAGTACTTCTCCGA
GGATTATTTTTACTTGACATTTCACTTTTGTCAGTTGGAGACATAGTCAT
TCGAAATTTTTTAGCCTCTTCTGCTGTTAGAATATATTCTGGTTTGTCTT
TCATTCTTGGTTCTAGACCTAACGGTATTTTCTCCTCAGATTTGGTTGTT
TGGTCTTTAGATGTTGATGCAAGTTCCTTAGGTACAGGAATATCACCTAT
CGTCATACTTCTTGGTTTAAGTAATGTCCTTTCATTAGTATTTCGTGAAT
CTACTTTCCCTTCTATATGGACAGGTTGTGAACTACTTGAGGAGCTTGGT
GATTTCTTTTTTGGTTGTAGAATGGGTGCTGATTCGTCAACACTTATTTG
TTTACTGAACGCTTTCTTTATTGGACTACCTGAAGGAGATGATGTACTCC
GAATTAGATTAATTGTCTTATCTCGACTTTCATTGTTTATTTGTATACCC
AGGTCAGGGCTTTTTCTTCTATCGAGACTACAATATTTTGCCTCGTCACT
CATTGAATTTGTAGCAGCTCTAGGCGATCTGAAGTTTTTTCTTGTCATTG
GCGTACTGCGTGTCCTGTCTCTGTGTTTTCGCCGTAATCGATCACTGGCC
CGCAAAATTGCTCTTCGTATGAAATTACCATCAGCTCCTCCTCTTTTGGC
TTGCTCAAGGTCAATGAGGACAGATGAGCCTGTGAAATCTCGTTGAGTCA
AAACTAGAAGAACAATTAAGATTTTTTTTAATCAAAAGATAATGCATAAT
TTACAGTAGAAACAAATGGATTTAATGATATTTTCATCCATAGAAAACTA
AACAAATGTTTTTCAAACAAGAATTTTTTGGCTTAAAATCATTTCAATAA
AACGTGTCACAGAACTCGAATCTTATACCCCTTATGTTATAAGTAGTAAA
TAATGAATTGAAAACGAGTCAGTGTTGTCCAGGGACAGGAGTCCGAGTTA
TATTTTAGGAAAATGTGATACCTGGCTCATCCTGGTCAGCTTTGATTTCT
TCAAAAGCTCCGAGAAGTTCATTGGCATTTGGAGTCACAATATTTACAAG
GAGTCCTTTAGTCTTATGTTCAGGACAGATTTCGAACATGAACTGCGAGT
CCTCCCCTCTAGAGAAGCTTTTTATGTCCTTGGTATACCATCTGTTTATA
CATTTAAGATTTTTATTTGTAATTGAAAAGAAGTTTCTGTAAATCCTTAT
TGTTGATTCTGCATTCTTTTTCTTCTGTTTGTCTGGTATGTTTATGTTGA
AAGCAGTAAC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00063928-exon-scaffold_404-1575043694:174533..177442 | TCONS_00063928-exon-scaffold_404-1575043694:174533..177442 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00063928-exon-scaffold_404-1575043694:171933..173872 | TCONS_00063928-exon-scaffold_404-1575043694:171933..173872 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00063928-exon-scaffold_404-1510915933:174533..177442 | TCONS_00063928-exon-scaffold_404-1510915933:174533..177442 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00063928-exon-scaffold_404-1510915933:171933..173872 | TCONS_00063928-exon-scaffold_404-1510915933:171933..173872 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00063928-exon-scaffold_404-1491911889:174533..177442 | TCONS_00063928-exon-scaffold_404-1491911889:174533..177442 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00063928-exon-scaffold_404-1491911889:171933..173872 | TCONS_00063928-exon-scaffold_404-1491911889:171933..173872 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_404 | supercontig | scaffold_404:171933..177442 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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