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transcript sequence >TCONS_00066874 ID=TCONS_00066874|Name=TCONS_00066874|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2750bp tttccctttttttctttcGATTGATGATTGGCTGAGAAGATGTATAGATA TATTCTGCTTAATAATTGATTGTTTATAGGTTTGCTTTAACATGTTTTAT CTTTCGGTTATACTTTATAGCAAAATAGAAATTGATAAACAAATTATCGT CTACATGAGCAATTATACAGATTTAGCGGAAAATCAAACCTTATAAATCT TTGATTTTACAAACACAAAATTGACTTGAATTTTTGAGACACTTTGAACA AGATATAAATGGGACTTTGTGCAGTTTGAATATTTCTTGTTGGCTTTGAA TGTATTTGATGGCAATAATGGAGCAAGTACCAAGATATTTGGAGTACATT AAAATCACAGTACGAAACCCAAGAACGCATATCAGTCGTGATAAAGCATT ATACACTGACTACGAAATCCGCATTGAGACAAATAATATCGCATTTGCTT GTACAGACTCATGCGTCAGGAGAAGGTATTCGGATTTCCAATGGCTTCGA AATAGACTACTCAGCCAATTTGCTTTAGAaagGTCATTACCAGAGCTTCC ACCAAAGAAAGTGTTTGGAAGATTCAAAAGGCAATTTCTAAAGAATCGAC AGAAAGGACTGCAGGCATTTCTAGAAGATATTACCGGACAATCAACATAT CTATCGGACATTGCAGTGCACCTGTTTTTACAAACATCATTAAGTGTGTC AGAGATccaagacaaaatgacaaatgGTACTGACTCTGGTGGTGAGCTAT TAGAGGAATATCAATCACCGTCAATACATGGTGGATGCACGTCGTTATCA AGGAGTTGTTCAGCTTATGAGGATCACGACTCCGGATTCAGCTACAGCAC AGCAAGCTCGTTAAATGATTGTGTGGCACCTCACACTTCATGTGATTCAA CAATCGATGGATGCGATATAATGAACCCTAAAGATGTCGAGCAGAATCTA TCATGCTACGCTGACAGTACTGAACACGAGACGACGTTACAATCGTTAAA TCCAATCTCTCAAGAGGTGTCGGGTAATGATACAGACCCAGATAACGTTT CATCGAATTATTATTTCACGTCGGACGATGAAGGTTATTGCTGTAGTAAC TATGATGCCGACGACGAGGACATTTACCGACAATCACCGAGAGACGAGGA AAACAATAACCGAGTACCGAGTCTTGCCGAGGATGATGACGACGActctt tattttgttttcgCATTAAATCCGACCATACCATTTACACAATAAATGAT GCTATGGAGATTTTAAAACAACGACCAAAATTAACCGATCGTTTGTATTG TCAAGAAGATAGCGACGACTGTTTCCGAGAATCAGAGTACGACGTCATCG ATACCGACGATTCTGATAATGCTGATATTGTTGAAGTGATCAATGGTACG ACCAATAATCCGGATACTTCAAGAATCGAAATAAAAGTTCGAGCACATAC ATTAAACGATGAAGGACGTCTTATTGAAGTTAAAACTACTCCTGTTCGAG ACAAAAATAAACTCAAAATCGGTAAAGTCAGATCGTTACCCGGTATCCGT TTTCCAATCCGAAACGGGAAATCTAAATGTTATCGCTCAACATCAGAAAT ATCATTAGTTTCAGcaaaaagtcagcaaaaactCGATACAGTTTACGATG AActtattttaaaagaaagttacCTAACGACATGTACTACTCCAACAAAG TCACACCGCTCGGAATCTTCTGATGCTGATTACCTTACAACAATAAATCG CTGTTACAGCGCAGACAGTCAAATAGATACAAATATAGAAACTCAAACAG AAGACACTGCACCTACCAAATTCTTTTCAATGCTTAAGTTGAatagcaaa aaacgtaaaaaaactaTACAACGCTTAGAGTTTCAAACACAAGATCATTC TTCTAAAGGACGTTTTCAAGTAACTACAGTTGACGAAGTTGCAACTccag aaaatgaagtcaaatTTACACTTGGTGGAAAACACTCCTTACTAACATCA AGTACAACAGATGAAAAACAATTAGTTAATGGCAGCTTGAAAATGCATAA TCGTGATCTCTTTGAACATTGCTTTTTAAAATCATACGAAATCCTTTAAA TTTCAACTGCCgattattttaaaacttttatgttATATTTTATCGAACAA TATATACGATATGTTGCTGGAACCTTCATTAATGTTTGCTGGTCAAAACT TTTAATacaattatttctaaaaaaaagatttgtatATAATGTCAAATTTG TTTACAAAATCGAAAGTCATTAAGAATCTTCGATCTGACAGTAAACTTTA ACCCATGAACAAACAATAAGTTAAATCAAGCCAAGGTCCTACAATTTAAC AAATCTTACTTACCCTTTTTCAGTAGCTGGTCTATTGTAGAAAGGGCTCg gtctttttattttaaaataaggCCTCAAGGCTTGAGGACgaaaatgtttg ttttggaTAAAAGTTAatagtcaaaaatattttacatccATTAATTTTAT TAGTCAAAAACCataaaatctaattttaaaaacgttttattttatatatt ttaatttaTCAATTTCCTTCTCGCCACACTAACTTTTATACCTTAACCAA ACTTTGTACATAAATTTCTcatatattattttttagatacgccaattaaa attaaaataacttaaaaatttcatgaaaaataaatactttCTTGAATTTG GTTGGCCAACATACCTCCATctcctcgttgaaaagataattttaagcgaa Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_462:467342..486119+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00066874 ID=TCONS_00066874|Name=TCONS_00066874|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=18778bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_462:467342..486119+ (Clytia hemisphaerica) tttccctttttttctttcGATTGATGATTGGCTGAGAAGATGTATAGATA
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature Name | Unique Name | Species | Type |
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Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
scaffold_462 | supercontig | scaffold_462:467342..486119 + |
Blast
BLAST of TCONS_00066874 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: SNX11 (Sorting nexin-11 OS=Homo sapiens GN=SNX11 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 99.7525 bits (247), Expect = 1.677e-22 Identity = 53/123 (43.09%), Postives = 71/123 (57.72%), Query Frame = 3
Query: 342 EYIKITVRNPRTHISRDKALYTDYEIRIETNNIAFACTDSCVRRRYSDFQWLRNRLLSQFALERSLPELPPKKVFGRFKRQFLKNRQKGLQAFLEDITGQSTYLSDIAVHLFLQTSLSVSEIQ 710
E I + V++PR Y DY+I + TN+ AF SCVRRRY +F WLR +L L +PELP K F +F++ R++GLQ FLE + LSD +HLFLQ+ LSV EI+
Sbjct: 15 EVITVRVQDPRVQNEGSWNSYVDYKIFLHTNSKAFTAKTSCVRRRYREFVWLRKQLQRNAGLV-PVPELPGKSTFFGTSDEFIEKRRQGLQHFLEKVLQSVVLLSDSQLHLFLQSQLSVPEIE 136
The following BLAST results are available for this feature:
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