|
|
Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00069922 ID=TCONS_00069922|Name=TCONS_00069922|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1678bp
NNGGAGCATGTGGCGGATATGGAGGCTACGGAAGTCAAGGTTACGGAATG
GGTGGAGGCTATGGTCAACAAGGTTATGGAATGGGTGGTTACGACCAACA
AGGTTACGGTATGGGCGGCTACGGCCAACACGGTTACGGAATGGGCGGCT
ACGGCCAACAAGGTTACGGAATGGGTGGTTACGGCCAACAAGGTTACGGA
ATGGGCGGCTACGGCCAACAAGGTTACGGAATGGGTGGTTACGGCCAACA
AGGTTACGGAATGGGCGGCTACGGCCAACAAGGTTACGGAATGGGTGGTT
ACGGCCAACAAGGTTACGGAATGGGCGGCTATGGTCAACAAGGTTACGGA
ATGGGCGCTTACGGACATACTGGATATGGAGGTATGGGTGGCTATGGAGG
CTATGGTCAACAAGGCTACGGAATGGGAGGATACGGTGGTTATGGTATGG
ATGGTGGCTACGGTATGGGAGGTTATGGTCAAGGGTACGGTCATGCTGGA
TATGGAATGGGAGCAGGATATGGTGGAGCTTACGGTGGTTATGGTGTGGG
TGGTGGCTATGGAGGCTACGGAAACATGGGTGCACCAGCCCTAGGAGCAC
CAGCTCAATCAACTGGTCCAAAATATCCAGGACCTAACCCACCTGCATTG
ACGTTACCACAAAAAGCCAAAGCACGTCAATTGATCATTACTGAAGATGA
TGAGGATGACACCAGCTCGCGAAGAAAAGACATCCCAAAAGACGGTCATC
ATTTACATCGTCTGTTAGTCTTGCCAGGAGAATGTGAAGGTGATCATTGT
ACTACCAACTTCCCAGTACACGGAGGACGTGGTGGTGGTTGTCAAGGTGC
TGGATGTGGTGGATACGGTCACCAAGGCTTCGGTGGAAACTGGGATGCAG
CTGATTGTGGTCATTCAGATTGTGGAGGTTTGGGATTTGGTAACGGATAC
GGTGTTGGTTGTGGAGGCGGTGATTGTGGTGGTTTCCATGATATTCATCA
TCGTCCAATCGGATGTCCCGAATACAACTCACCAGACTCGCCATGTTTAA
CTTACCCATACGGTAACAATGTTGGTTTCGGATTTCCAGGAAAATTCCAC
AGCCACCATCCAGTTTTGTTGCACCCAACACATCAAGAAACAGCCCATCA
TAACATCCATTTATCTGGTCGAAGCCATGGTGGGCGTCACGGACGTCGCC
ATAGCGGAGATTTGATCGTATTACCACATTACGGGCATACTTGTTGTGGA
GGTGCTGGATGGAATCCATACTGGGGACATTGAACGTCTTAACGACGTGA
AAAACTGTATCATAAAGAACACTaattttttagtatttgaatTTTATATA
AACACCAcgcaaacaaaattgaaaacccCAGTTGAATTTATATTCATTTC
AATGcctttttttgaaatcaaattcaTCATAAAAACGACTTCGTGCTTTA
AAGAAATAAGCTGAAAAATCATGTTTTCGCTATGCGTTGCTTTGGAAAAT
GTGGCAAATCTATTTTATATAAACCTTAGCATCATTTCATGTAATTAGAA
GCTAGATTTATGTAGCCCAACTTATATTGTAAACTCGTTCATCTTcgttt
ttgaaagaaagttttgaaaataaattgatacTGATCTTAATCCAGGAAAA
ATATACTCTGCTGGGGGTACTCTCCCTG Run BLAST on NCBI protein sequence of TCONS_00069922-protein >TCONS_00069922-protein ID=TCONS_00069922-protein|Name=TCONS_00069922-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=426bp
GACGGYGGYGSQGYGMGGGYGQQGYGMGGYDQQGYGMGGYGQHGYGMGGY
GQQGYGMGGYGQQGYGMGGYGQQGYGMGGYGQQGYGMGGYGQQGYGMGGY
GQQGYGMGGYGQQGYGMGAYGHTGYGGMGGYGGYGQQGYGMGGYGGYGMD
GGYGMGGYGQGYGHAGYGMGAGYGGAYGGYGVGGGYGGYGNMGAPALGAP
AQSTGPKYPGPNPPALTLPQKAKARQLIITEDDEDDTSSRRKDIPKDGHH
LHRLLVLPGECEGDHCTTNFPVHGGRGGGCQGAGCGGYGHQGFGGNWDAA
DCGHSDCGGLGFGNGYGVGCGGGDCGGFHDIHHRPIGCPEYNSPDSPCLT
YPYGNNVGFGFPGKFHSHHPVLLHPTHQETAHHNIHLSGRSHGGRHGRRH
SGDLIVLPHYGHTCCGGAGWNPYWGH Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_511:454274..456173+ Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00069922 ID=TCONS_00069922|Name=TCONS_00069922|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1900bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_511:454274..456173+ (Clytia hemisphaerica)
NNGGAGCATGTGGCGGATATGGAGGCTACGGAAGTCAAGGTTACGGAATG
GGTGGAGGCTATGGTCAACAAGGTTATGGAATGGGTGGTTACGACCAACA
AGGTTACGGTATGGGCGGCTACGGCCAACACGGTTACGGAATGGGCGGCT
ACGGCCAACAAGGTTACGGAATGGGTGGTTACGGCCAACAAGGTTACGGA
ATGGGCGGCTACGGCCAACAAGGTTATGGTATGGGCGGCTATGGTCAACA
AGGTTACGGTTACGGAATGGGCGACTACGGCCAACACGGTTACGGAATGG
GCGGCTACGGCCAACAAGGTTACGGAATGGGTGGTTACGGCCAACAAGGT
TACGGAATGGGCGGCTACGGCCAACAAGGTTATGGTATGGGCGGCTATGG
TCAACAAGGTTACGGTTACGGAATGGGCGACTACGGCCAACACGGTTACG
GAATGGGCGGCTACGGCCAACAAGGTTACGGAATGGGTGGTTACGGCCAA
CAAGGTTACGGAATGGGCGGCTACGGCCAACAAGGTTACGGAATGGGCGG
CTATGGTCAACAAGGTTACGGAATGGGCGCTTACGGACATACTGGATATG
GAGGTATGGGTGGCTATGGAGGCTATGGTCAACAAGGCTACGGAATGGGA
GGATACGGTGGTTATGGTATGGATGGTGGCTACGGTATGGGAGGTTATGG
TCAAGGGTACGGTCATGCTGGATATGGAATGGGAGCAGGATATGGTGGAG
CTTACGGTGGTTATGGTGTGGGTGGTGGCTATGGAGGCTACGGAAACATG
GGTGCACCAGCCCTAGGAGCACCAGCTCAATCAACTGGTCCAAAATATCC
AGGACCTAACCCACCTGCATTGACGTTACCACAAAAAGCCAAAGCACGTC
AATTGATCATTACTGAAGATGATGAGGATGACACCAGCTCGCGAAGAAAA
GACATCCCAAAAGACGGTCATCATTTACATCGTCTGTTAGTCTTGCCAGG
AGAATGTGAAGGTGATCATTGTACTACCAACTTCCCAGTACACGGAGGAC
GTGGTGGTGGTTGTCAAGGTGCTGGATGTGGTGGATACGGTCACCAAGGC
TTCGGTGGAAACTGGGATGCAGCTGATTGTGGTCATTCAGATTGTGGAGG
TTTGGGATTTGGTAACGGATACGGTGTTGGTTGTGGAGGCGGTGATTGTG
GTGGTTTCCATGATATTCATCATCGTCCAATCGGATGTCCCGAATACAAC
TCACCAGACTCGCCATGTTTAACTTACCCATACGGTAACAATGTTGGTTT
CGGATTTCCAGGAAAATTCCACAGCCACCATCCAGTTTTGTTGCACCCAA
CACATCAAGAAACAGCCCATCATAACATCCATTTATCTGGTCGAAGCCAT
GGTGGGCGTCACGGACGTCGCCATAGCGGAGATTTGATCGTATTACCACA
TTACGGGCATACTTGTTGTGGAGGTGCTGGATGGAATCCATACTGGGGAC
ATTGAACGTCTTAACGACGTGAAAAACTGTATCATAAAGAACACTaattt
tttagtatttgaatTTTATATAAACACCAcgcaaacaaaattgaaaaccc
CAGTTGAATTTATATTCATTTCAATGcctttttttgaaatcaaattcaTC
ATAAAAACGACTTCGTGCTTTAAAGAAATAAGCTGAAAAATCATGTTTTC
GCTATGCGTTGCTTTGGAAAATGTGGCAAATCTATTTTATATAAACCTTA
GCATCATTTCATGTAATTAGAAGCTAGATTTATGTAGCCCAACTTATATT
GTAAACTCGTTCATCTTcgtttttgaaagaaagttttgaaaataaattga
tacTGATCTTAATCCAGGAAAAATATACTCTGCTGGGGGTACTCTCCCTG
Coding sequence (CDS) from alignment at scaffold_511:454274..456173+ >TCONS_00069922 ID=TCONS_00069922|Name=TCONS_00069922|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=5124bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_511:454274..456173+ (Clytia hemisphaerica)
GGAGCATGTGGCGGATATGGAGGCTACGGAAGTCAAGGTTACGGAATGGG
TGGAGGCTATGGTCAACAAGGTTATGGAATGGGTGGTTACGACCAACAAG
GTTACGGTATGGGCGGCTACGGCCAACACGGTTACGGAATGGGCGGCTAC
GGCCAACAAGGTTACGGAATGGGTGGTTACGGCCAACAAGGTTACGGAAT
GGGCGGCTACGGCCAACAAGGTTACGGAATGGGTGGTTACGGCCAACAAG
GTTACGGAATGGGCGGCTACGGCCAACAAGGTTACGGAATGGGTGGTTAC
GGCCAACAAGGTTACGGAATGGGCGGCTATGGTCAACAAGGTTACGGAAT
GGGCGCTTACGGACATACTGGATATGGAGGTATGGGTGGCTATGGAGGCT
ATGGTCAACAAGGCTACGGAATGGGAGGATACGGTGGTTATGGTATGGAT
GGTGGCTACGGTATGGGAGGTTATGGTCAAGGGTACGGTCATGCTGGATA
TGGAATGGGAGCAGGATATGGTGGAGCTTACGGTGGTTATGGTGTGGGTG
GTGGCTATGGAGGCTACGGAAACATGGGTGCACCAGCCCTAGGAGCACCA
GCTCAATCAACTGGTCCAAAATATCCAGGACCTAACCCACCTGCATTGAC
GTTACCACAAAAAGCCAAAGCACGTCAATTGATCATTACTGAAGATGATG
AGGATGACACCAGCTCGCGAAGAAAAGACATCCCAAAAGACGGTCATCAT
TTACATCGTCTGTTAGTCTTGCCAGGAGAATGTGAAGGTGATCATTGTAC
TACCAACTTCCCAGTACACGGAGGACGTGGTGGTGGTTGTCAAGGTGCTG
GATGTGGTGGATACGGTCACCAAGGCTTCGGTGGAAACTGGGATGCAGCT
GATTGTGGTCATTCAGATTGTGGAGGTTTGGGATTTGGTAACGGATACGG
TGTTGGTTGTGGAGGCGGTGATTGTGGTGGTTTCCATGATATTCATCATC
GTCCAATCGGATGTCCCGAATACAACTCACCAGACTCGCCATGTTTAACT
TACCCATACGGTAACAATGTTGGTTTCGGATTTCCAGGAAAATTCCACAG
CCACCATCCAGTTTTGTTGCACCCAACACATCAAGAAACAGCCCATCATA
ACATCCATTTATCTGGTCGAAGCCATGGTGGGCGTCACGGACGTCGCCAT
AGCGGAGATTTGATCGTATTACCACATTACGGGCATACTTGTTGTGGAGG
TGCTGGATGGAATCCATACTGGGGACATTGAGGAGCATGTGGCGGATATG
GAGGCTACGGAAGTCAAGGTTACGGAATGGGTGGAGGCTATGGTCAACAA
GGTTATGGAATGGGTGGTTACGACCAACAAGGTTACGGTATGGGCGGCTA
CGGCCAACACGGTTACGGAATGGGCGGCTACGGCCAACAAGGTTACGGAA
TGGGTGGTTACGGCCAACAAGGTTACGGAATGGGCGGCTACGGCCAACAA
GGTTACGGAATGGGTGGTTACGGCCAACAAGGTTACGGAATGGGCGGCTA
CGGCCAACAAGGTTACGGAATGGGTGGTTACGGCCAACAAGGTTACGGAA
TGGGCGGCTATGGTCAACAAGGTTACGGAATGGGCGCTTACGGACATACT
GGATATGGAGGTATGGGTGGCTATGGAGGCTATGGTCAACAAGGCTACGG
AATGGGAGGATACGGTGGTTATGGTATGGATGGTGGCTACGGTATGGGAG
GTTATGGTCAAGGGTACGGTCATGCTGGATATGGAATGGGAGCAGGATAT
GGTGGAGCTTACGGTGGTTATGGTGTGGGTGGTGGCTATGGAGGCTACGG
AAACATGGGTGCACCAGCCCTAGGAGCACCAGCTCAATCAACTGGTCCAA
AATATCCAGGACCTAACCCACCTGCATTGACGTTACCACAAAAAGCCAAA
GCACGTCAATTGATCATTACTGAAGATGATGAGGATGACACCAGCTCGCG
AAGAAAAGACATCCCAAAAGACGGTCATCATTTACATCGTCTGTTAGTCT
TGCCAGGAGAATGTGAAGGTGATCATTGTACTACCAACTTCCCAGTACAC
GGAGGACGTGGTGGTGGTTGTCAAGGTGCTGGATGTGGTGGATACGGTCA
CCAAGGCTTCGGTGGAAACTGGGATGCAGCTGATTGTGGTCATTCAGATT
GTGGAGGTTTGGGATTTGGTAACGGATACGGTGTTGGTTGTGGAGGCGGT
GATTGTGGTGGTTTCCATGATATTCATCATCGTCCAATCGGATGTCCCGA
ATACAACTCACCAGACTCGCCATGTTTAACTTACCCATACGGTAACAATG
TTGGTTTCGGATTTCCAGGAAAATTCCACAGCCACCATCCAGTTTTGTTG
CACCCAACACATCAAGAAACAGCCCATCATAACATCCATTTATCTGGTCG
AAGCCATGGTGGGCGTCACGGACGTCGCCATAGCGGAGATTTGATCGTAT
TACCACATTACGGGCATACTTGTTGTGGAGGTGCTGGATGGAATCCATAC
TGGGGACATTGAGGAGCATGTGGCGGATATGGAGGCTACGGAAGTCAAGG
TTACGGAATGGGTGGAGGCTATGGTCAACAAGGTTATGGAATGGGTGGTT
ACGACCAACAAGGTTACGGTATGGGCGGCTACGGCCAACACGGTTACGGA
ATGGGCGGCTACGGCCAACAAGGTTACGGAATGGGTGGTTACGGCCAACA
AGGTTACGGAATGGGCGGCTACGGCCAACAAGGTTACGGAATGGGTGGTT
ACGGCCAACAAGGTTACGGAATGGGCGGCTACGGCCAACAAGGTTACGGA
ATGGGTGGTTACGGCCAACAAGGTTACGGAATGGGCGGCTATGGTCAACA
AGGTTACGGAATGGGCGCTTACGGACATACTGGATATGGAGGTATGGGTG
GCTATGGAGGCTATGGTCAACAAGGCTACGGAATGGGAGGATACGGTGGT
TATGGTATGGATGGTGGCTACGGTATGGGAGGTTATGGTCAAGGGTACGG
TCATGCTGGATATGGAATGGGAGCAGGATATGGTGGAGCTTACGGTGGTT
ATGGTGTGGGTGGTGGCTATGGAGGCTACGGAAACATGGGTGCACCAGCC
CTAGGAGCACCAGCTCAATCAACTGGTCCAAAATATCCAGGACCTAACCC
ACCTGCATTGACGTTACCACAAAAAGCCAAAGCACGTCAATTGATCATTA
CTGAAGATGATGAGGATGACACCAGCTCGCGAAGAAAAGACATCCCAAAA
GACGGTCATCATTTACATCGTCTGTTAGTCTTGCCAGGAGAATGTGAAGG
TGATCATTGTACTACCAACTTCCCAGTACACGGAGGACGTGGTGGTGGTT
GTCAAGGTGCTGGATGTGGTGGATACGGTCACCAAGGCTTCGGTGGAAAC
TGGGATGCAGCTGATTGTGGTCATTCAGATTGTGGAGGTTTGGGATTTGG
TAACGGATACGGTGTTGGTTGTGGAGGCGGTGATTGTGGTGGTTTCCATG
ATATTCATCATCGTCCAATCGGATGTCCCGAATACAACTCACCAGACTCG
CCATGTTTAACTTACCCATACGGTAACAATGTTGGTTTCGGATTTCCAGG
AAAATTCCACAGCCACCATCCAGTTTTGTTGCACCCAACACATCAAGAAA
CAGCCCATCATAACATCCATTTATCTGGTCGAAGCCATGGTGGGCGTCAC
GGACGTCGCCATAGCGGAGATTTGATCGTATTACCACATTACGGGCATAC
TTGTTGTGGAGGTGCTGGATGGAATCCATACTGGGGACATTGAGGAGCAT
GTGGCGGATATGGAGGCTACGGAAGTCAAGGTTACGGAATGGGTGGAGGC
TATGGTCAACAAGGTTATGGAATGGGTGGTTACGACCAACAAGGTTACGG
TATGGGCGGCTACGGCCAACACGGTTACGGAATGGGCGGCTACGGCCAAC
AAGGTTACGGAATGGGTGGTTACGGCCAACAAGGTTACGGAATGGGCGGC
TACGGCCAACAAGGTTACGGAATGGGTGGTTACGGCCAACAAGGTTACGG
AATGGGCGGCTACGGCCAACAAGGTTACGGAATGGGTGGTTACGGCCAAC
AAGGTTACGGAATGGGCGGCTATGGTCAACAAGGTTACGGAATGGGCGCT
TACGGACATACTGGATATGGAGGTATGGGTGGCTATGGAGGCTATGGTCA
ACAAGGCTACGGAATGGGAGGATACGGTGGTTATGGTATGGATGGTGGCT
ACGGTATGGGAGGTTATGGTCAAGGGTACGGTCATGCTGGATATGGAATG
GGAGCAGGATATGGTGGAGCTTACGGTGGTTATGGTGTGGGTGGTGGCTA
TGGAGGCTACGGAAACATGGGTGCACCAGCCCTAGGAGCACCAGCTCAAT
CAACTGGTCCAAAATATCCAGGACCTAACCCACCTGCATTGACGTTACCA
CAAAAAGCCAAAGCACGTCAATTGATCATTACTGAAGATGATGAGGATGA
CACCAGCTCGCGAAGAAAAGACATCCCAAAAGACGGTCATCATTTACATC
GTCTGTTAGTCTTGCCAGGAGAATGTGAAGGTGATCATTGTACTACCAAC
TTCCCAGTACACGGAGGACGTGGTGGTGGTTGTCAAGGTGCTGGATGTGG
TGGATACGGTCACCAAGGCTTCGGTGGAAACTGGGATGCAGCTGATTGTG
GTCATTCAGATTGTGGAGGTTTGGGATTTGGTAACGGATACGGTGTTGGT
TGTGGAGGCGGTGATTGTGGTGGTTTCCATGATATTCATCATCGTCCAAT
CGGATGTCCCGAATACAACTCACCAGACTCGCCATGTTTAACTTACCCAT
ACGGTAACAATGTTGGTTTCGGATTTCCAGGAAAATTCCACAGCCACCAT
CCAGTTTTGTTGCACCCAACACATCAAGAAACAGCCCATCATAACATCCA
TTTATCTGGTCGAAGCCATGGTGGGCGTCACGGACGTCGCCATAGCGGAG
ATTTGATCGTATTACCACATTACGGGCATACTTGTTGTGGAGGTGCTGGA
TGGAATCCATACTGGGGACATTGA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00069922-exon-scaffold_511-1491911889:454274..454495 | TCONS_00069922-exon-scaffold_511-1491911889:454274..454495 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00069922-exon-scaffold_511-1510915933:454274..454495 | TCONS_00069922-exon-scaffold_511-1510915933:454274..454495 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00069922-exon-scaffold_511-1575043694:454274..454495 | TCONS_00069922-exon-scaffold_511-1575043694:454274..454495 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00069922-exon-scaffold_511-1491911889:454592..454651 | TCONS_00069922-exon-scaffold_511-1491911889:454592..454651 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00069922-exon-scaffold_511-1510915933:454592..454651 | TCONS_00069922-exon-scaffold_511-1510915933:454592..454651 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00069922-exon-scaffold_511-1575043694:454592..454651 | TCONS_00069922-exon-scaffold_511-1575043694:454592..454651 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00069922-exon-scaffold_511-1491911889:454748..454777 | TCONS_00069922-exon-scaffold_511-1491911889:454748..454777 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00069922-exon-scaffold_511-1510915933:454748..454777 | TCONS_00069922-exon-scaffold_511-1510915933:454748..454777 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00069922-exon-scaffold_511-1575043694:454748..454777 | TCONS_00069922-exon-scaffold_511-1575043694:454748..454777 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00069922-exon-scaffold_511-1491911889:454808..456173 | TCONS_00069922-exon-scaffold_511-1491911889:454808..456173 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00069922-exon-scaffold_511-1510915933:454808..456173 | TCONS_00069922-exon-scaffold_511-1510915933:454808..456173 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00069922-exon-scaffold_511-1575043694:454808..456173 | TCONS_00069922-exon-scaffold_511-1575043694:454808..456173 | Clytia hemisphaerica | exon |
The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_511 | supercontig | scaffold_511:454274..456173 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
|
