TCONS_00048112 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00048112
Unique NameTCONS_00048112
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length468

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00048112 ID=TCONS_00048112|Name=TCONS_00048112|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=468bp
CTTATGGTAATAAATACTAGATTTGAAGATCAAAGCTTTTTTGTGTTCCT
TCAATATCTTTTCTTTCTCGTGTTTACTTCAGGTCTTTGATCTGGGGGAT
GGATGTTTCGACCGACGATATCCGAAAAAGCTTAAGCTCGACCAAAAAAG
TTTCACGAAATGAAAGACTTTATCCTGGATTTGAAGGGCGGCTCGTGTGG
TCGTGCAACAACATAAAAATTTATCAGTACTCAAATTTATGGCTTGACGG
CTGGGCTCCCTGTCTGGTGTATGACTGTTCAGCTGCTTCATGAATACTCT
ATATACAAATGTAGAAGATGCAAATTTACACCTGTTGTCATGCTGCAATC
GTATCAAGAAGACACAAACAGGAGAAACTCAGAGGCAGATTAAGCGAGAA
AGAAATTCTTCCTTCCCTATTCTTGTTAACttaaatctaatttctaaatA
AATCAAGAAGAAATCATT
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_140:276797..285323+

Legend: exon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00048112 ID=TCONS_00048112|Name=TCONS_00048112|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=8527bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_140:276797..285323+ (Clytia hemisphaerica)
CTTATGGTAATAAATACTAGATTTGAAGATCAAAGCTTTTTTGTGTTCCT
TCAATATCTTTTCTTTCTCGTGTTTACTTCAGGTCTTTGATCTGGGGGAT
GGATGTTTCGACCGACGATATCCGAAAAAGCTTAAGCTCGACCAAAAAAG
TTTCACGAAATGAAAGACTTTATCCTGGATTTGAAGGTAGACATTATTTG
AAACATTCTTATTTGGATTAAAAGTACTATTAGCTCTTTTCAAGGCTGAT
GAAAATGGTGAAGGGGAATGAACTGATGAAAATAGACCTACCCCGAAGGT
CTTTTAAGTTAACTTTTAAGTTCGTTCGTCNAGTTCTTTTCAAGGCTGAT
GAAAATAGACCTACCCCCAAGGTCTTTTAAGTTAACTgatgttcgttcgt
ctgttaccagcttttctcgggattggctcattagtttttttctgatccTT
TGAACAGTGATGTAAAtggtgattttccaaaaaaatattttttgggcaAG
TTGTGGGCTTtgtgaattcatgatattcatgacgtaatcttttatatgga
agcacccgagataacNcgtatttttgttcaaacttctAAGAAacctttat
tcatgatattcatgacgtaatcttttatacggaagcacccgagataatcc
ggaactagtggcaaaataacaaaagactagtggcaaattttgccactagt
tccgggttatcttgggtgcttccgtataaaagattacgtcatgaatatca
tgaatttgcttcattagttttttctgattttatgcaTAAAGATGGAGGGc
gaggttctctaaaaagtggctgaatcagtttttttcggaaaaccTTTTTC
GGCCGTAAAAATCTGAATTTCTTATTTGGGTAAATCCACTGTTGCCAcct
ttagggaaaatgagcattttccTAGATTAGCTTGGcatttctttcttatt
ttttgcatagtgatataaaatggtaatatttaatttcagatggtgcccga
ctttcgaaaaaaaagattttggggcaaatttggaccaaaaagtgcctaac
atGGATTTTTTTTGGACGCTAAGATATTCATTCACCCCAGTATCTACGAC
TTTAACTATACTTCACATATAGAGCTGTGATACTTCAagctgctcactac
actttcctactctcttgctatttgtcctatttttctcatcaatcagatag
gtccattcagcatgttgcttgttaatttcgcttagcgaaagtattacaat
agccttccgtgtgtctggctggcgagacattttttagggcgcaaattatg
gcgtgggcgtttggctgcgggcgtactacggtaaatattctaaaggtgga
ctcactcccaaagataaaaagtgataaaaaaacagggcttttcttaataa
ataaaatacgctagtgcaagaagagtaaccaagcctttgtaaacatttat
TGTGAGAACTTTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
tgggcaacaaggtaataaatcaaactaattgagcttcaatcaaacttcac
cgatcttgatacaccttttgctaattaggattttcattttgaaccaTGGT
ACGCGTTGTTACTAAaggaggtaacgagtggtaacgagtggtaaccagtt
gaaaGNNgaatgtgatggtaaagttggttgtttgggtgaatgaaatggtg
gaattgatggttctggtgaatgtgaatcaaagattgatggttctggaggt
tctgcatcAAGAGTTGGCGATTCTGGGGAAAGTGCATCAGGAggtggtga
ttctggtgaatgtgcagcaggagttggtggttctggtgaatgtgcagcag
gagttggtggttctgatgaatgCACTGGTGGAgttagtggttctggtgaa
tgtacagcaggagttggtggttctggtgaatgtacagcaggagttggtgc
ttctggtgaataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNcaatggtggagttggtgattttggtgaatgtgcatcagga
gtcgatgcttctggtgaatgtacagcaggagttggtgcttctggtgaatg
tacagcaggaattggtgcttctggtgaatgtacagcaggagttggtggtt
ctggtgaatgtacagcaggagttggtggctctggtgaatgtacagcagga
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNgcttactcttaggttccaaataaacgcccccttgttaatt
ttccgaaaattgtCTGACGCTGCATGACCTCTTTGTTATCTTATACGCTT
TTGTCCATTCGACCGAGAATCTTTCCCATCGCCCACTGTAGTGGAAATAG
TCCTAAAACAAAGTCCCATTTGATTGACGTCATTTGGCAAAATGGTGAAA
CCATTGAAAAATTGGATGCTGTTTCAATCCCAATCCCAGTGGTAAAACAA
ATAAATTCTCAAATAATGNCAAAATGGTCAAACCATTGAAAAATTGGATG
CTGTTTCAATCCCAATCCCAGTGGTAAAACAAATAAATTCTCAAATAATg
acgaaaaagcaaaaaaagtttctgacctatctagaaaaaaaaaaaaattt
aacccaacacagcggcttctaaagttttgaatttgaatgcaCTGTGTTTA
TTTCTTCCACTGGAGCATAAATTAAGGGGTGTTCTGAGGCGTATAATTGT
AAATGTAATGTGCAAATCATCGAAGCatcctttttttttaacttgaagaa
aaaatcattaattatttaaaagaattgAATGACTTCTTTGAATAACTATA
ATTGTTTTCTTCGTATTGGCGTATTTTATGTATAAaatggatgaatgaat
gaattaagGAAAAAACAATAACTCCTGCTGCGCATTCACCATAAAtaacc
aactcctgctgtacattcaccagaaccaccaactcctgctgtacattcac
cagaaccaccaactcctgctgcacattcaccataaataaccaactcctgc
tgtacattcaccagaaccaccaactcctgctgtacattcaccaaaaccac
caactcctgctgcacattcaccagaaccactaacTCCACAAGTGcattca
tcagaaccaccaactcctgctgcacattcaccagaaccaccaactcctgc
tgcacattcaccagaatcaccaactcctgatgcacttTCCCCAGAATcgc
caactcctgatgcagaacctccagaaccatcaatctttgattcacattca
ccagaaccatcaattccaccatttcattcacccaAACNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNtcattcaaaatgcataatgctgcaggagtcacgtatcacgcg
tcttcgtcgttgatgttcaagtattatgcgaaattttcgactttaagtcg
tcttgtttttgttatttttaagtttattttctCTTCATTTTATAGGGCGG
CTCGTGTGGTCGTGCAACAACATAAAAATTTATCAGTACTCAAATTTATG
GCTTGACGGCTGGGCTCCCTGTCTGGTGTATGACTGTTCAGCTGCTTCAT
GAATACTCTATATACAAATGTAGAAGATGCAAATTTACACCTGTTGTCAT
GCTGCAATCGTATCAAGAAGACACAAACAGGAGAAACTCAGAGGCAGATT
AAGCGAGAAAGAAATTCTTCCTTCCCTATTCTTGTTAACttaaatctaat
ttctaaatAAATCAAGAAGAAATCATT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_030626XLOC_030626Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00048112-exon-scaffold_140-1491911889:276797..276982TCONS_00048112-exon-scaffold_140-1491911889:276797..276982Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00048112-exon-scaffold_140-1510915933:276797..276982TCONS_00048112-exon-scaffold_140-1510915933:276797..276982Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00048112-exon-scaffold_140-1575043694:276797..276982TCONS_00048112-exon-scaffold_140-1575043694:276797..276982Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00048112-exon-scaffold_140-1491911889:285042..285323TCONS_00048112-exon-scaffold_140-1491911889:285042..285323Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00048112-exon-scaffold_140-1510915933:285042..285323TCONS_00048112-exon-scaffold_140-1510915933:285042..285323Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00048112-exon-scaffold_140-1575043694:285042..285323TCONS_00048112-exon-scaffold_140-1575043694:285042..285323Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
scaffold_140supercontigscaffold_140:276797..285323 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values : 
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
3.62062	3.60521	1.64474	0.512159	0.783145	0.583888	0.704436	0.659485	0.762046	0.963237	2.06321	0.762501	1.07182	0.698415	1.03714	0.905346	3.00525	2.14585	0.291225	0.457119	1.35299	1.95027	2.83504	2.97076	0	1.88805	2.84164	1.51397	0.852726	1.01326
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00048112 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
back to top