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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00052579 ID=TCONS_00052579|Name=TCONS_00052579|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1843bp
AGGATCTCAAGGCTGTTCACAGTTAATCAGGAAAATATAAGATACATGAA
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CATCGACTTTTACAGAATTCGAAATGTATGATAAAAAAATCTC Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_218:393553..407774+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00052579 ID=TCONS_00052579|Name=TCONS_00052579|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=14222bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_218:393553..407774+ (Clytia hemisphaerica)
AGGATCTCAAGGCTGTTCACAGTTAATCAGGTACAAcatattctttttat
aagattGATTTCATATTTGTTACCCTATCTTTGAAATTTGAACGCCAGCC
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CCTTGCCAGTGATCAAAGATTGATTTGTTTACTTGTTTGTctacttaaag
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CATTTTAATTGCTTTAATTTCCTTATCATCATTTTCCAGGGGTCAAGTGA
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CATTGGAGGAGTTGGAGTTTTCTTTTCTATTGTCATCTGACAGTACTCTG
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AAGACaactatttcatttttttctaacctTATAGCAATCACTGTCCGCTT
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TTGCTTCGATATGAAACTCTGAAACTAGTACACAATGATAACAGCTTTTA
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TTTTTAttatcttgaaaatttcttgatcatcgaaaatataaattttagaa
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GTACAAAATTCAACTTTCATTTTGCATAAGAAAGCTGCATGAAACCGCGT
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CTATCAGAGAAATATTCGATTCCAAGAATCTTTAGTTTCGATTCACTCAC
TGAAACCTGTAGCTTTGAACTAACACTTTCTCTCTCTCTTTGCAGATGTA
TGCATCAATCGTAATATCGACGTCGCTGGTCGTATTGCAGATGTTCACGT
TAAAGACACCAATGCTTGCGTAAGTTGGTTTGATTTAAACTTGCAATGTC
ACCGCTTTAGGGTCTGGTACAAAAATGGTATATGTTTGATAACACACTAA
CACACTAAAAATTTGCAGTACCTTACAGGGTAGACCCAAATATGCAATGT
AAATAATCTACAAGTTTTTTGCAAAGATACTTTTGAGATATCACTTTTCT
ATAAAAGCTCTCCAAGTcaaacttttaagaaaaatgcTTATTACAAAAAT
GGAAGGCTAGGTTTTTTTCTTGGATAGTGCCCAAGCCTCAAATATAACCA
CTATCGTTTCGCACTTGAAATAAAATCGGCGCGTGGACCTCTTCAGAATC
TCGNAATCAAACAATCTCGAATTTCAACCTTCCCTGAAAACATCTAGGGT
TCGTTTGGAATTACATTAAGCTACCGTAACTTTGAAACATCCTTGTAATT
AAAAGCTACTATTCTAAATCAACGGCAATTAAACCTAATTTAAGGCGCAC
AATTGAGGAAGCCATTTAAACTGTGGGCTTTCTATCAGAGAACTATTCGA
TTCCAAGAATCTTTAGTTTCGATTCACTCACTGAAACCTGTAGCTTTGAA
CTAACACTTTCTCTCTTTCTTTACAGATGTATGCATCAATCGTAATATCG
ACGTCGCTGGTCGTATTGCAGATGTTCATGTTAAAGACACCAATGCTTGC
GTAAGTTAGTTTGATTTAAACTTGCAATGTCACCGCTTTAGGGTCTGGTA
CAAAAATGGTATATGTTTGATAACACACTAACACACTAAAAATTTGCAGT
ACCTTACAGGGTAGACCCAAATATGCAATGTAAATAATCTACAAGTTTTT
GCAAAGATACTTTTGAGATATCACTTTTCTATAAAAGCTCTCCAAGTCAA
ACTTTTAAGAAATGTTCGTTTAAAAAATGCTTATTACAAAAATGGAAGGC
TAGGTTTTTTCTTGGATAGTGCCCAAGCCTCAAATATAACCACTATCGTT
TCGCACTTGAAATAAAATCGGCGCGTGGACCTCTTCAAAATCTCAAATAG
AACCCttgaaaaaccgtttttctacTAGTACAAACTTGTTCATCAAAATT
ATTGCAACCTGACACCCGGCTTTGCGTCACTGTGCACATAATCTCTTTCT
CAAGGAGTATGTTGTCAAACTGTCTTGAGTACTAAAGGATGTTAAGTCAT
GTTGACCACTTTATCCCTGTCGGAAATGAAATCGTTATCTCCCTAGTTTT
TTGTTATGTGATGTCATGAAATGTAAACACGTGGGCTCGTTAAGTACTAG
TCTCAAGAACTTTGACCACCCCATTTGGCAACTAAAAGGGATGATACCTA
TTTTTAAGATggattttgatgttatttagACACATAATGAAAAGCTATTT
GCTGCCAGGTTGAAGTAATCATTTTAGAAAAGGGGTGGAGATTTTAAACA
ATCTGCTAAAGTAATTAatacaaaactctaaaaaattCCTTAAGGAATCC
TAAAAAGACTAAAAAGACCAGCATTATATTAACTTCTCTCAATCTTTATT
ACTGATTTGAAAACCTTACTATTAATAACGGATGTTTTAAGTGTATGATT
CTGTGATTCTAAATTTCCTTTGCCCTTGTTCATTTACAGGATTGGTTAAA
AGGTCCGTCAGCATTAATTGGTTGGTCGACGGCTATCGCTATCATTTATT
CCGTCACCGATAAGAAAAGCTTCGAACTCGCTACTTATATATTAAGTCAA
TTAAACATCACTAAAAGACTAGAAGCTGATAATGTATTACTATTAGCCAA
CAAATGCGACTTAGAACATCTCCGACAAGTGAGTCGTGATAAGGGAAAAG
AACTAGCCATGAAGTACGGTACACAATTTTACGAAACATCCGCAGCGAAC
GATTTAAACGGCGTACAGCATGCTTTCGAACGGTTACTATTCTCAGCTTT
ATCCAGTCAAGAATGTAAAGTACAATTTAATAATTATACTGAACAAACGT
TTCCGGTACAGCAACGGAAGTGCAATCGAGTGCAGCGTGACTTCAGACGT
GACAATAGTGCACGTTCTAATAAACAATTACGTCGTATGTCGACGGGTTC
GCATAGCTCTTCAGTCGATACAATGTCTACGATATCGGATGATGATCGCT
TTTACGCTTTTAATATAGACTCTTCACATTCATCGACCTTCTCCACACCC
GATCAATCACCGACGACGTCGCCCGTCCCATCTGCTGGACGACGAAAAAT
TTCGTTACCAGTCTTGTTAGAGAAAATGGGTCTGACGTCATCTTCATCTT
CCAATCATCAACATTCGAGCCGTAAAGTTTCAATGGCTCCAAGAATAAGG
TGACGGTAAAGAGAAAGAAAGTTGCACAAGAAGATCTAACGACAAGGAGt
aatttttgacagattttggTGACCACGAGAAGGTGGAAATGCTTGGAGAT
TTCAATAAATGGTTGAGGCATTCGAATCAGAAATATAACCAACAACTTGG
AACCCATATGTGTGCGGAACACAAAAACTGATAAATGGATCTTCAAATCA
GAGGAAAGAAAACACGTTATAAAGAACAAGGTACAATTGTTAGGCTTGTC
AAGACAATGTGGAGGCTATCATATACCTGTTTTTAGAATTTACCTCATAA
AGACGTTAAAATGTCTTGAAATTGACTTTAAGAATTTTAAGAATTCATGC
AATGTGTACCATTTCTCCTTGTGACCGACACCTCGCCACTATTGAGTTGA
TCAGGAGATTTACAGGAAGTGACAAGTTTCAATGCTAGATGTCTTCATGT
GTCTCTGCACGAATATGACCTCTACTTATTTACAATAGAGAGGTTACAAT
CTATCTGTTCTTAGAAAGAAATTGTGTCCCTTCGTTTTTGAGTCACCTTA
AATATGCTTGCTTTGGGTAAGGAAGTGCTTTTCACCTCTACGCCCCTCTA
CGCTCAACCAGTATCcgaaaaaaacaatttccaaAGATTTTTCCTTTGTA
TATAGTGTTGTATTttataaatattattttattattaatgaaaaattttt
gtgaatattttataTTGTTGTTGATAAATCATCGACTTTTACAGAATTCG
AAATGTATGATAAAAAAATCTC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00052579-exon-scaffold_218-1491911889:393553..393582 | TCONS_00052579-exon-scaffold_218-1491911889:393553..393582 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00052579-exon-scaffold_218-1510915933:393553..393582 | TCONS_00052579-exon-scaffold_218-1510915933:393553..393582 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00052579-exon-scaffold_218-1575043694:393553..393582 | TCONS_00052579-exon-scaffold_218-1575043694:393553..393582 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00052579-exon-scaffold_218-1491911889:401268..401466 | TCONS_00052579-exon-scaffold_218-1491911889:401268..401466 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00052579-exon-scaffold_218-1510915933:401268..401466 | TCONS_00052579-exon-scaffold_218-1510915933:401268..401466 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00052579-exon-scaffold_218-1575043694:401268..401466 | TCONS_00052579-exon-scaffold_218-1575043694:401268..401466 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00052579-exon-scaffold_218-1491911889:402387..402443 | TCONS_00052579-exon-scaffold_218-1491911889:402387..402443 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00052579-exon-scaffold_218-1510915933:402387..402443 | TCONS_00052579-exon-scaffold_218-1510915933:402387..402443 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00052579-exon-scaffold_218-1575043694:402387..402443 | TCONS_00052579-exon-scaffold_218-1575043694:402387..402443 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00052579-exon-scaffold_218-1491911889:405279..405352 | TCONS_00052579-exon-scaffold_218-1491911889:405279..405352 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00052579-exon-scaffold_218-1510915933:405279..405352 | TCONS_00052579-exon-scaffold_218-1510915933:405279..405352 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00052579-exon-scaffold_218-1575043694:405279..405352 | TCONS_00052579-exon-scaffold_218-1575043694:405279..405352 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00052579-exon-scaffold_218-1491911889:406292..407774 | TCONS_00052579-exon-scaffold_218-1491911889:406292..407774 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00052579-exon-scaffold_218-1510915933:406292..407774 | TCONS_00052579-exon-scaffold_218-1510915933:406292..407774 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00052579-exon-scaffold_218-1575043694:406292..407774 | TCONS_00052579-exon-scaffold_218-1575043694:406292..407774 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_218 | supercontig | scaffold_218:393553..407774 + |
Blast
BLAST of TCONS_00052579 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: RSLBB (Ras-like protein family member 11B OS=Homo sapiens GN=RASL11B PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 110.153 bits (274), Expect = 1.346e-26 Identity = 62/167 (37.13%), Postives = 95/167 (56.89%), Query Frame = 1
Query: 187 LNLAVVGSKGAGKSAITVRFLTRRFIGEYASQADVCINRNIDVAGRIADVHVKDT-------NACDWLKGPSALIGWSTAIAIIYSVTDKKSFELATYI---LSQLNITKRLEADNVLLLANKCDLEHLRQVSRDKGKELAMKYGTQFYETSAANDLNGVQHAFERL 657
+ +AVVG+ G GK+A+ VRFLT+RFIG+Y A R + + G + V+DT N+ + + I W+ A+ I++S+TD KS+EL + + + QL++ RL V+++ANK DL H++QV G +LA G FYE S + + N V AF L
Sbjct: 34 VKIAVVGASGVGKTALVVRFLTKRFIGDYERNAGNLYTRQVQIEGETLALQVQDTPGIQVHENSLSCSEQLNRCIRWADAVVIVFSITDYKSYELISQLHQHVQQLHLGTRLP---VVVVANKADLLHIKQVDPQLGLQLASMLGCSFYEVSVSENYNDVYSAFHVL 197
The following BLAST results are available for this feature:
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