|
|
Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00056250 ID=TCONS_00056250|Name=TCONS_00056250|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5111bp
CGAGCTACGGGATCTATCAGACATGTGGAGGAACTTCCCGCGAGTTGACG
GTGATCAAATTATTCGGGAATTCACTCTGAGGTCAGAGTTGAGGTGAGTA
ACTTACTTCTATTTTGAATGAATTTGCTGTTAttaataatctttttaaag
tttatcCAGTATTTCTACCTACGTTTTACAACAACAATCACTCATAATGT
AAAATACTGTATAAACTCACCAGGTAATGGCttaaattttctattgttta
ccGTCTAGATCGGTCAAAGCCGTCGCAATCAATTTGTTGAAGCGGGTCCA
CAGTGTGAGCGATTAACGTTGAAGGTCAAGAAATATCGCATAGTTGTCCA
TTTGATTTTGGTCCGAGTGACAATCTTACTTCCGTTTGTGTAGATTGTCA
TTTGGATGTCGAACGATGATGATGCAATGTACTTGTAAGttaattttatt
taatatttagtCATTAATGTAAAAAACCTGAGATACTTTGTAGTAATCAT
TATTGCAAGTCATTTTTTAGCTTCTTTATATCtatatacattttttataa
TTGTAATCAGTCATATAAATAAAAGGAGTAATATGAAGGAGTAAGAAAAA
CCCAAAGGGCTCAAACATAACACTTACATTTGAGAAACAGAAAGGGGGAA
ATGGTCAATCAGAATGTAATTTTCGAAGCTGAATTCGATGGATTCGCTCA
AAGATCCATgatgaaaattttctatttatttttttctcccGTATGTTACa
aacttgttaaaatattttacaCAATAATTCATTCCAATATATCATAATTA
CCACAACTAAAGAAGTTTAGCTGTTGAAACTgcattcttttttaaagatg
tcGGCTCACGCAAGCAATTACCGTTGTGCTGTCGAGCTACGGGATCTATC
AGACATGTGGAGGAACTTCCCGCGAGTTGACGGTGATCAAATTATTCGGG
AATTCACTCTGGGGTCAGAGTTGAGGTGAGTAGCTTACTTCTATTTTGAA
TGAATTTGCTGTTAttaataatctttttaaagctTATCCAGTATTTCTAC
CTACGTTTTACAACAACAATCACTCGTAATGTAAAATACTGTATAAACTC
ACCAGGAAATGGCttaaattttctattgtttaccGTCTAGATCGGTCAAA
GCAGTCGCAATCAATTTGTTGAAGCGGGTCCACAGTGTGAGCGATTAACC
TTGAAGGTCAAGAAATATCACATAGTTGTCCATTTTATTTTGGTCCGATT
GACAATCTTACTTCCGTTTGTGTAGATTGCCATTTGGATGTCGAACGGTG
ATGATGCAATGTACTTGTAAGGTAATTTTATGTAATATTTGGTCATTGAT
GTAAAAAACCTGAGAAATTTTGTAGTAATCATTGTTGCAAGTCTTTCTTT
AGCTTCTTTATatttatatacatttttttataattgtaatcagtcatata
attaaAAGGAGTAATATGAAGGAGTAAGAAAAACCCAAAGGGCTCAAACA
TAACACTTACATTTGAGAAACAGAAAGGGGGAAATGGTCAATCAGAATGT
AATTTTCGAAGCAGAATTCGATTGATTTGCTCAAAGATCCATGATGAaat
atttctatttattttttgtccCGTATGTTACgaacttgtaaaatatttta
cGCAATAATTCATTCCAATATATCATAATTACCACAACTGAAGAAGTTTA
GCTGTTGAAACTgcaatctttttgaaaatgtcgtCTCACGCAAGCAACTA
CCGATATGCTGTCGAGCTAGGGACCTATCAGACATGTGGAGGAACTTCCT
GCGAGTTGGTGGTGATCAAATTGTTCGGAAATTCACTCTGAGGTCAGAGT
TGAGGTGAGTAACTTACTTCAATTTaataatctttttaaattttatccaG
TATTTCTACCTACGTTTTACAACAACAATCACTCGTAATATAAAATACTG
TATAAACTCAACAGGTAATGGCttaaattttctattgtttaccGTCTAGA
TCGGTCAAAGCCGTCGCAATCAATTTGTTGAAGCGGGTCCACAGTGTGAG
CGATTAACCTTGAAGGTCAAGAAATATCACATAGTTGTCCATTTTATTTT
GGTCCGATTGACAATCTTACTTCCGTTTGTGTAGATTGCCATTTGGATGT
CGAACGATGATGATGCAATGTACTTGTAAGGTAATTTTATGTAATATTTG
GTCATTAGtgtaaaaaacctaaaaaaatttGTAGTAATCATTGTTGCAAG
TCTTTCTTTAGCTTCTTTATatttatatacatttttttataattgtaatc
agtcatataattaaAAGGAGTAATATGAAGGAGTAAGAAAAACCCAAAGG
GCTCAAACATAACACTTACATTTGAGAAACAGAAAGGGGGAAATGGTCAA
TCAGAATGTAATTTTCGAAGCAGAATTCGATGGATTTGCTCAAAGatcca
tgatgaaatttttctatttattttttgtccCATATGTTACGAACTTGTTA
AAATATTTTACGCAATAATTCATTCCAATATATCATAATTACCACAACTG
AAGAAGTTTAGCTGTTGAAACTgcaatctttttgaaaatgacgTCTCACG
CAAGCAACTACCGATATGCTGTCGAGCTAGGGACCTATCAGACATGTGGA
GGAACTTCCCGCGAGTTGGCGGTGATCAAATTGTTCGGAAATTCACTCTG
AGGTCAGAGTTGAGGTGAGTAACTTACTtcaattttgaatgaatttgctg
ttattgataatctttttaaagtttattcAGTATTTCTACCTACGTTTTAC
AACAACAATCATTAATAATATAAAATACTGTATAAAATCACCAGGTAATG
GCttaaattttctattgtttaccGTCTAGATTGGTCAAAGCCGTTGCAAT
CAATCTATTGAACCCGTCCACGATATGAGTGATGAGGCTGCTCGTACAGC
GATGGGGACAGCCCATCTTGGGGTTTATGAATTTACATCAGCAACCCTGG
ACCGTGAGCACCTGGAGATCTCATGGTAGATGGAGGGGAACCTCTTCAAT
GTAGCTGCAGGTGCTGGAGGCTTCGATCCGCCTCCCTGGAACAGGTGGTT
TGTGGATGCGATCCAAAACATCCACGAGGTAGTGGATGATACAGTAAGAG
ATTATAGGTTATCGGTTATACAGTATGGTTACAGTACgttaaatacaatt
tttttaattacttACAGGAAGAGGCTTTCCATAGCAGAAGCGGTCAATGA
GAAATGTACGGACAAAGGCCAATATCTGTTACCAGAATTAGAACTAACGA
CATTCCGTTCACAGCTATAAAAGCTGCGGAATTAGACAACGAAGACGGAG
TTCGAAAGAGACATTATGGGAGTATGACCTAATTTCACTTAGATATTTCA
TAGAACTAAATGCTTTGGAAATATTATTATGAGTTGAATTAAGAATATAA
ATTGATCGATGGTACGATACCATAAACAATTTAGATTACTGATCTCTCCG
CTGACCATTCTCCCCTCTTTTAGCCCAGTCATTTTGTTATAATTGtaatc
agtcatataattaaAAGGAGTAATATGAAGGAGTAAGAAAAACCCAAAGG
GCTCAAACATAACACTTACGTTTGAGAAACAGAAAGGGGGAAATGGTCAA
TCAGAATGTAATTTTCGAAGCTGAATTCGATGGATTTGCTCAAAGATCCA
TGAtgaattttttctatttattttttttttcccgTATGTTAAAAACTTGT
TAAACTATTTTACGCAATAATTCATTCCAATATATCATAATTACCACAAC
TGAAGAAGTTTAGCTGTTGAAActgcaattttttttaaaaatgtcggCTC
ACGCAAGTAATTACCGTTATGCTATCAAGCTACGGGACCTATCAGACATG
TGGAGGAACTTCCTGCAAGGAAGTGTTGAGGTGAGTAACTTACTtcaatt
ttgaatgaatttgctgttattaataatctttttaaagtttatcCAGTATT
TCTGAGCATTCTCCCCTTTTTTAGCCCAGTCTTCAGAACTAAGAAGAATA
AAGCACTCCAATCCaaacaaaatgagaaaaaggTGATAATCAATGGAAGA
AGGAAATGTTTCGATTTGATGAGTGCCGAAACGTTTATGCGGAACATTGG
ACAACTTCAGAAGCTCTACTTCAGACATCGCAAAGCACCACCCATGTGGA
CAGGTGGCTGTGAGGAAAGATATGTCACTAAAACACTTGGGGGCATGTGT
TGAGGGCAACAATCTTTCTTGCCCCCGTGATATCAAATCACGATTAAAAC
CAAAAACCCTTCCCTTCGGTTATAGAATCTTAACCCTTCTTAATTTTGTG
AAATCTTGACCCCTTAATaaagttataaaattttaatgacttGAATATGT
GAACCATGCAACAACAGGAAACTTATACCGCGTATACAGAGTTTCATTAG
CTCGCACCGTATGCCTGAACCTAAAAGTGAAAatctttatatttcttttg
ttatacttttttttatatttcatttttgtaGGAGTAGAGACCTAGTatat
aaaaatgtcaaatttgttCTTTATAGGTAGGCAAGTGAAGTTATTTCAGT
CTTCGTCAAATATTCTGACAATATAGgtgtaaatttttcttttatgatTC
TATTATAATCAGAGCTAACGAACCGAGTGAtgacaagaaaataaaaacta
ttaaaaatatacgattttcaacactaaagtgattaacatcgtagATGAAA
CCtaattgaacaaaaaaatgaaaatctattaTTTAAGAGCCAAAAAACCG
AGTGATTTCCAAATTCCGAAAATTATTGGTAAACACTGAAATCTCCACGG
GTTAAAGACTCAATTTAGACTAGCAAATGGTTAGATTAGCGAACGGTAta
aatagaaatgaaattttgagctcGACAAACCGAAGAAGTTTAGCTATTGA
AACTTACAATCTTGTTTTGAAACATACAATGTCATCTCACGCAAGCAATT
ATCGATATGCCGTCGAGCTAAAGGATTTGACCGAAATGTGGAGGAACTTC
CCGCGAGTGGGCGGAGACCAAATTGTCCGCGAATATACTCTGAGGTCAGA
GTTAAGGTGAG Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_27:5149..10259- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00056250 ID=TCONS_00056250|Name=TCONS_00056250|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5111bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_27:5149..10259- (Clytia hemisphaerica)
CGAGCTACGGGATCTATCAGACATGTGGAGGAACTTCCCGCGAGTTGACG
GTGATCAAATTATTCGGGAATTCACTCTGAGGTCAGAGTTGAGGTGAGTA
ACTTACTTCTATTTTGAATGAATTTGCTGTTATTAATAATCTTTTTAAAG
TTTATCCAGTATTTCTACCTACGTTTTACAACAACAATCACTCATAATGT
AAAATACTGTATAAACTCACCAGGTAATGGCTTAAATTTTCTATTGTTTA
CCGTCTAGATCGGTCAAAGCCGTCGCAATCAATTTGTTGAAGCGGGTCCA
CAGTGTGAGCGATTAACGTTGAAGGTCAAGAAATATCGCATAGTTGTCCA
TTTGATTTTGGTCCGAGTGACAATCTTACTTCCGTTTGTGTAGATTGTCA
TTTGGATGTCGAACGATGATGATGCAATGTACTTGTAAGTTAATTTTATT
TAATATTTAGTCATTAATGTAAAAAACCTGAGATACTTTGTAGTAATCAT
TATTGCAAGTCATTTTTTAGCTTCTTTATATCTATATACATTTTTTATAA
TTGTAATCAGTCATATAAATAAAAGGAGTAATATGAAGGAGTAAGAAAAA
CCCAAAGGGCTCAAACATAACACTTACATTTGAGAAACAGAAAGGGGGAA
ATGGTCAATCAGAATGTAATTTTCGAAGCTGAATTCGATGGATTCGCTCA
AAGATCCATGATGAAAATTTTCTATTTATTTTTTTCTCCCGTATGTTACA
AACTTGTTAAAATATTTTACACAATAATTCATTCCAATATATCATAATTA
CCACAACTAAAGAAGTTTAGCTGTTGAAACTGCATTCTTTTTTAAAGATG
TCGGCTCACGCAAGCAATTACCGTTGTGCTGTCGAGCTACGGGATCTATC
AGACATGTGGAGGAACTTCCCGCGAGTTGACGGTGATCAAATTATTCGGG
AATTCACTCTGGGGTCAGAGTTGAGGTGAGTAGCTTACTTCTATTTTGAA
TGAATTTGCTGTTATTAATAATCTTTTTAAAGCTTATCCAGTATTTCTAC
CTACGTTTTACAACAACAATCACTCGTAATGTAAAATACTGTATAAACTC
ACCAGGAAATGGCTTAAATTTTCTATTGTTTACCGTCTAGATCGGTCAAA
GCAGTCGCAATCAATTTGTTGAAGCGGGTCCACAGTGTGAGCGATTAACC
TTGAAGGTCAAGAAATATCACATAGTTGTCCATTTTATTTTGGTCCGATT
GACAATCTTACTTCCGTTTGTGTAGATTGCCATTTGGATGTCGAACGGTG
ATGATGCAATGTACTTGTAAGGTAATTTTATGTAATATTTGGTCATTGAT
GTAAAAAACCTGAGAAATTTTGTAGTAATCATTGTTGCAAGTCTTTCTTT
AGCTTCTTTATATTTATATACATTTTTTTATAATTGTAATCAGTCATATA
ATTAAAAGGAGTAATATGAAGGAGTAAGAAAAACCCAAAGGGCTCAAACA
TAACACTTACATTTGAGAAACAGAAAGGGGGAAATGGTCAATCAGAATGT
AATTTTCGAAGCAGAATTCGATTGATTTGCTCAAAGATCCATGATGAAAT
ATTTCTATTTATTTTTTGTCCCGTATGTTACGAACTTGTAAAATATTTTA
CGCAATAATTCATTCCAATATATCATAATTACCACAACTGAAGAAGTTTA
GCTGTTGAAACTGCAATCTTTTTGAAAATGTCGTCTCACGCAAGCAACTA
CCGATATGCTGTCGAGCTAGGGACCTATCAGACATGTGGAGGAACTTCCT
GCGAGTTGGTGGTGATCAAATTGTTCGGAAATTCACTCTGAGGTCAGAGT
TGAGGTGAGTAACTTACTTCAATTTAATAATCTTTTTAAATTTTATCCAG
TATTTCTACCTACGTTTTACAACAACAATCACTCGTAATATAAAATACTG
TATAAACTCAACAGGTAATGGCTTAAATTTTCTATTGTTTACCGTCTAGA
TCGGTCAAAGCCGTCGCAATCAATTTGTTGAAGCGGGTCCACAGTGTGAG
CGATTAACCTTGAAGGTCAAGAAATATCACATAGTTGTCCATTTTATTTT
GGTCCGATTGACAATCTTACTTCCGTTTGTGTAGATTGCCATTTGGATGT
CGAACGATGATGATGCAATGTACTTGTAAGGTAATTTTATGTAATATTTG
GTCATTAGTGTAAAAAACCTAAAAAAATTTGTAGTAATCATTGTTGCAAG
TCTTTCTTTAGCTTCTTTATATTTATATACATTTTTTTATAATTGTAATC
AGTCATATAATTAAAAGGAGTAATATGAAGGAGTAAGAAAAACCCAAAGG
GCTCAAACATAACACTTACATTTGAGAAACAGAAAGGGGGAAATGGTCAA
TCAGAATGTAATTTTCGAAGCAGAATTCGATGGATTTGCTCAAAGATCCA
TGATGAAATTTTTCTATTTATTTTTTGTCCCATATGTTACGAACTTGTTA
AAATATTTTACGCAATAATTCATTCCAATATATCATAATTACCACAACTG
AAGAAGTTTAGCTGTTGAAACTGCAATCTTTTTGAAAATGACGTCTCACG
CAAGCAACTACCGATATGCTGTCGAGCTAGGGACCTATCAGACATGTGGA
GGAACTTCCCGCGAGTTGGCGGTGATCAAATTGTTCGGAAATTCACTCTG
AGGTCAGAGTTGAGGTGAGTAACTTACTTCAATTTTGAATGAATTTGCTG
TTATTGATAATCTTTTTAAAGTTTATTCAGTATTTCTACCTACGTTTTAC
AACAACAATCATTAATAATATAAAATACTGTATAAAATCACCAGGTAATG
GCTTAAATTTTCTATTGTTTACCGTCTAGATTGGTCAAAGCCGTTGCAAT
CAATCTATTGAACCCGTCCACGATATGAGTGATGAGGCTGCTCGTACAGC
GATGGGGACAGCCCATCTTGGGGTTTATGAATTTACATCAGCAACCCTGG
ACCGTGAGCACCTGGAGATCTCATGGTAGATGGAGGGGAACCTCTTCAAT
GTAGCTGCAGGTGCTGGAGGCTTCGATCCGCCTCCCTGGAACAGGTGGTT
TGTGGATGCGATCCAAAACATCCACGAGGTAGTGGATGATACAGTAAGAG
ATTATAGGTTATCGGTTATACAGTATGGTTACAGTACGTTAAATACAATT
TTTTTAATTACTTACAGGAAGAGGCTTTCCATAGCAGAAGCGGTCAATGA
GAAATGTACGGACAAAGGCCAATATCTGTTACCAGAATTAGAACTAACGA
CATTCCGTTCACAGCTATAAAAGCTGCGGAATTAGACAACGAAGACGGAG
TTCGAAAGAGACATTATGGGAGTATGACCTAATTTCACTTAGATATTTCA
TAGAACTAAATGCTTTGGAAATATTATTATGAGTTGAATTAAGAATATAA
ATTGATCGATGGTACGATACCATAAACAATTTAGATTACTGATCTCTCCG
CTGACCATTCTCCCCTCTTTTAGCCCAGTCATTTTGTTATAATTGTAATC
AGTCATATAATTAAAAGGAGTAATATGAAGGAGTAAGAAAAACCCAAAGG
GCTCAAACATAACACTTACGTTTGAGAAACAGAAAGGGGGAAATGGTCAA
TCAGAATGTAATTTTCGAAGCTGAATTCGATGGATTTGCTCAAAGATCCA
TGATGAATTTTTTCTATTTATTTTTTTTTTCCCGTATGTTAAAAACTTGT
TAAACTATTTTACGCAATAATTCATTCCAATATATCATAATTACCACAAC
TGAAGAAGTTTAGCTGTTGAAACTGCAATTTTTTTTAAAAATGTCGGCTC
ACGCAAGTAATTACCGTTATGCTATCAAGCTACGGGACCTATCAGACATG
TGGAGGAACTTCCTGCAAGGAAGTGTTGAGGTGAGTAACTTACTTCAATT
TTGAATGAATTTGCTGTTATTAATAATCTTTTTAAAGTTTATCCAGTATT
TCTGAGCATTCTCCCCTTTTTTAGCCCAGTCTTCAGAACTAAGAAGAATA
AAGCACTCCAATCCAAACAAAATGAGAAAAAGGTGATAATCAATGGAAGA
AGGAAATGTTTCGATTTGATGAGTGCCGAAACGTTTATGCGGAACATTGG
ACAACTTCAGAAGCTCTACTTCAGACATCGCAAAGCACCACCCATGTGGA
CAGGTGGCTGTGAGGAAAGATATGTCACTAAAACACTTGGGGGCATGTGT
TGAGGGCAACAATCTTTCTTGCCCCCGTGATATCAAATCACGATTAAAAC
CAAAAACCCTTCCCTTCGGTTATAGAATCTTAACCCTTCTTAATTTTGTG
AAATCTTGACCCCTTAATAAAGTTATAAAATTTTAATGACTTGAATATGT
GAACCATGCAACAACAGGAAACTTATACCGCGTATACAGAGTTTCATTAG
CTCGCACCGTATGCCTGAACCTAAAAGTGAAAATCTTTATATTTCTTTTG
TTATACTTTTTTTTATATTTCATTTTTGTAGGAGTAGAGACCTAGTATAT
AAAAATGTCAAATTTGTTCTTTATAGGTAGGCAAGTGAAGTTATTTCAGT
CTTCGTCAAATATTCTGACAATATAGGTGTAAATTTTTCTTTTATGATTC
TATTATAATCAGAGCTAACGAACCGAGTGATGACAAGAAAATAAAAACTA
TTAAAAATATACGATTTTCAACACTAAAGTGATTAACATCGTAGATGAAA
CCTAATTGAACAAAAAAATGAAAATCTATTATTTAAGAGCCAAAAAACCG
AGTGATTTCCAAATTCCGAAAATTATTGGTAAACACTGAAATCTCCACGG
GTTAAAGACTCAATTTAGACTAGCAAATGGTTAGATTAGCGAACGGTATA
AATAGAAATGAAATTTTGAGCTCGACAAACCGAAGAAGTTTAGCTATTGA
AACTTACAATCTTGTTTTGAAACATACAATGTCATCTCACGCAAGCAATT
ATCGATATGCCGTCGAGCTAAAGGATTTGACCGAAATGTGGAGGAACTTC
CCGCGAGTGGGCGGAGACCAAATTGTCCGCGAATATACTCTGAGGTCAGA
GTTAAGGTGAG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00056250-exon-scaffold_27-1575043694:5149..10259 | TCONS_00056250-exon-scaffold_27-1575043694:5149..10259 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00056250-exon-scaffold_27-1510915933:5149..10259 | TCONS_00056250-exon-scaffold_27-1510915933:5149..10259 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00056250-exon-scaffold_27-1491911889:5149..10259 | TCONS_00056250-exon-scaffold_27-1491911889:5149..10259 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_27 | supercontig | scaffold_27:5149..10259 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
|
