Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00056864 ID=TCONS_00056864|Name=TCONS_00056864|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5528bp CGCCTTTTTCCATGTTTAATGATTTCGAATCTTTGGAGTTTGAAGCAGTG ATTGCCAAATCGCCTTTGTTGATGTTTGCTGAAGTAGTTCTCTGCCCTGT TTCTTTGTCCTTGTTTGAAGAAACACCAGTTTTAAAATTGCCTTTTTTCA TGTTTAATGATTTCGAATCTTTGGAGTTTGAAGCAGTGATTGCCAAATCG CCTTTGTTGATGTTTGCTGAAGTAGTTCTCTGCCCTGTTTCTTTTTCCTT GTTTGAAGAAACACCAGTTTTAAAATCGCCTTTTTCCATGTTTAATGATT TCGAATCTTTGGAGTTTGAAGCAGTGATTGCCAAGTCGCCTTTGTTGATG TTTGCTGAAGTAGTTCTCTGACCTGTTTCTTTGTCCTTGTTTGAAGAAAC ACCAGTTTTGAAATCACCTTTTTGCACGTCTAAGGATTTCGAGTCTTTCG AGTTTGAAGCAGTGATTGCCAAATCGCCTTTGTTGATGTTTGCTGATGTA GTTCTTTTACCTGTTTCTTTGTCCTTGTTTGAAGAAACACCAGTTTTGAA ATCACCTTTCTGCACGTTTAATGATTTCGAATCTTTGGAGTTTGAAGCAG TGATTGCCAAATCGCCTTTGTTGATGTTTGCTGAAGTAGTTCTCTGACCT GTTTCTTTGTCTTTGTTTGAAGAAACACCAGTTTTAAAATCGCCTTTTTC CATGTTTAATGATTTCGAATCTTTGGAGTTTGAAGCAGTGATTGCCAAAT CGCCTTTGTTGATGTTTGCTGAAGCAGTTCTTTGACCTGTTTCTTAATCC TTGTTTGAAGAAACACCAGTTTTAAAATCGCCTTTTTGCACGTTTAATGA TTTCGAATCTTTGGAGTTTGAAGCAGTGATTGCCAAATCGCCTGTGTTGA TGTTTGCTAAAGGAGTTCTTTGACCTGTTTCTTTGTCCTTGTTTGAAGAA ACACCAGTTTTGAAATCACCTTTTTCCACGTTTAATGATTTCGAATCTTT GGAGTTTGAAGCAGTGATTGCCAAATCGCCTTTGTTGATGTTTGCTGAAG TAGTTCTCTGCCCTGTTTCTTTGTCCTTGTTTGAAGAAACACCAGTTTTA GAATCGCCTTTTTCCATGTTTAATGATTTCGAATCTTTGGAGTTTGAAGC AGTGATTGCCAAATCGCCTTTGTTGATGTTTGCTGAAGTAGTTCTTTGAC CTGTTTTATTGTCCTTCTTTGAAGACATACCAGCTTTTAAGTCACCCTTC TCTACTGCAAAGGATTTCGAATCTTTAGAATTCGAAGCATTAATTCCAAA ATCACCCTTGTTGAAGTTAGCTGATGTAGTTCTTTGACCTGTTTCTTTAT CTTTGGTTGAAGAAACACCAGTTTTTAAATCTTTTGCTTGAAAGTTGATT GCTTTATGACCTTTTGAGGTACTCCCTGATACTCCAATGTCTTTGTACTT TGCTGATCCATGAGTCATCTTTTTGCCTgtctttttgttcttttctctTG TGAATCCTGTTTCGAATTCTCCTACTTTCCCCGAAAACGACTTTGATCCT TTTGAACTTGAACCACTTATGGCAATACCATTACTCTCAACTGAGCCAGA GACTCCCTTCTTGCCAGCCGTTGCATTTAGTGAACAATTTTTTGTTTGGA TATTCATAttaacatttttctttgaaatgccaACACCAAATGTATTATCT CCATCTTGAATGGAACCAGATACACCTGATTTTCCACCAGACATGGATAT ACCTTTATCACCATGTTTTACATCGAAGCCGACTTCTTTCTTTGATGCCA TGAATCCAATACTTGTTTTATTTGTCTGGATGCCAGCCCCAACACcatct ttttcaacttttaatctGAAACCCATGGCTGATTCATGCTCCTTTGTTAT CTTTGCGTGTTTCTCAATGTTAGTATTGACTTGTGCTTTGATTGCATTGT CGACATTCCCAGTTGCAGATGCAATTGTTCCTTGATGCTCCATCTCCATA TAGCGTTGACTACCCTGCATTCCAAATTCGGTTTCTTGTTTTGATGCTCC AATCGAAAAACCAAACGATGTTTgtgatctataacttttgattttctcTG AAATGATGTTCTTGGCGAAGTTTCCAATNTGTTTgtgatctataactttt gatcttcTCTGAAATAATGTTCTTGGCGAAGTTTCCAACATCACCATTAG AGGTAATTGAAGACCCTTTCAACTTTAGATTATCAACTTTTAAATCTTTG ATAGAATTGTTGCAGTGGATGCCACTGGTCTGCTCCACAAACTTTCCAGT ATCTGAAGTATTGCTCATTCCAAACTTGTTTGGTACAGGTACTCCAACAA CGACTGCACATCCAAAGTTAAACGAACTTGATTGCGTGTCGATttcactt tgttttgaaattacatTCAGATTCTTTACTTTACCAGAGATGTCGGTAGT GTTTAAATTACTGGCTAAAAGGTTGACgttttcaacattttctaaATGGG TTTTACCACGGATATTAATATTCTGGTTGACAACATTCTTTTCCTTTGAA CGACTTTCTCCTACTGTTAAATCTAGTTGATTCAAATTGATGGCAAAAGA CCATTTGTTCATGTAACTTGTATTGTGCAAATCTGCACCTTCAAAATTGA CATTCTGGGCATCAACGGACATATTCTCAGCATCAATTCCCATTGCATTT TGAACGTTGAAATTTTTAGCAGAAACGATTAGATTTCCATTGATGTCTGC 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CCTCTGTTGCTAGCAAGTCATTTGCTTGATTGATCTTTTTAGTTTTGATA GATAACTTCTTGAACTCATGATTGGCAGTTTTGGTCCATTTACCTTTTTT CTTGTAACTTATATCAATATCACCTTCAGCATCAATCAATGCATCTTTTG CTTTCACTTTACCAGTTAACTTTGCTTTATTGCCAGATTTTATGAGGACG GTGTCAGCATCAATGTCACCAGCACTGATAGACTGGTCAGCAAAAAGTCG CATGGCAATCACGTTCTTTTGTCTTTTGCTCATCACAATATCTTTAGAGC TGACCATCACCTCACCAGCAGATACAAGACCTTCATCACAGAACAGCTCA TCAAACATTGCAATAAACTGGTAATCAGTAACCATTGCTCCTTCACCAAA CGAATACATTCCAGATTCAGCAATACCTTCAGTTGCATTGCTTCTCTTTA CTTCGTTAAAACCAAATCGACTcatgattgattgataacttttgaTCCCT CGCTTTTTCATTTCTTGTCGAAGTTTTCTGGCTTTTTCAGGGATGGCTAA CAGCTTCTCCTTCAAAATATTGACCCTGGTGTATCTCTCACTTTCACTGG TGATGATGAAAACTAGTCTTGGTACATCAAAAGACTCGATTCCATTTTGA AGAATATCACCAACAAAGATATTGACCATATTATACATCTCAGCAAGTCG TAGATCAATAGATGTATTGGATGATCCAGTTAAGAGACTCTTTAACAGTG CAAACAGACCATCTTCACGATTGTTTCGGTCTTTGTAATCAGATTGTATT TGTCTCAATGAGTCAGCTGCTTTTGTCCATGCTTCCAGGCTTTTAGAGTC AGGAGTAGATGAGACGAATGATAGAAATTTGAAGAGCAATACAGAGTGGT TCTTGATAAGCCGTTCTGATTTCAATTCAGAGCCACCAAGAAAACAAGTT 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over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00056864 ID=TCONS_00056864|Name=TCONS_00056864|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5887bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_284:456773..462659+ (Clytia hemisphaerica) CGCCTTTTTCCATGTTTAATGATTTCGAATCTTTGGAGTTTGAAGCAGTG
ATTGCCAAATCGCCTTTGTTGATGTTTGCTGAAGTAGTTCTCTGCCCTGT
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ttttcaacttttaatctGAAACCCATGGCTGATTCATGCTCCTTTGTTAT
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TTCTCTTTACTTCGTTAAAACCAAATCGACTcatgattgattgataactt
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature Name | Unique Name | Species | Type |
TCONS_00056864-exon-scaffold_284-1491911889:456773..460879 | TCONS_00056864-exon-scaffold_284-1491911889:456773..460879 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00056864-exon-scaffold_284-1510915933:456773..460879 | TCONS_00056864-exon-scaffold_284-1510915933:456773..460879 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00056864-exon-scaffold_284-1575043694:456773..460879 | TCONS_00056864-exon-scaffold_284-1575043694:456773..460879 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00056864-exon-scaffold_284-1491911889:461239..462659 | TCONS_00056864-exon-scaffold_284-1491911889:461239..462659 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00056864-exon-scaffold_284-1510915933:461239..462659 | TCONS_00056864-exon-scaffold_284-1510915933:461239..462659 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00056864-exon-scaffold_284-1575043694:461239..462659 | TCONS_00056864-exon-scaffold_284-1575043694:461239..462659 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
scaffold_284 | supercontig | scaffold_284:456773..462659 + |
Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
Term | Definition |
IPR025157 | Haemagluttinin_rpt |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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