TCONS_00064437 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00064437
Unique Name	TCONS_00064437
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	2067

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_415:300719..308006+

transcript sequence

>TCONS_00064437 ID=TCONS_00064437|Name=TCONS_00064437|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2067bp
atttttccaatggaaatttgaccaaaattatCACACAACAGTTGATGACC
TCTCACACAACAATCGGTGTCACAACAATTCCAATGggaatttgaccaaa
attatCACACAACAGTTGATGACCTCTCACACAACAATCGGTGTCACAAC
AATATTTAAAACATTATAATGCATTGGAAATTAAAGTCAAAACCATTTTC
AAAACCAAATGAATAgaaacaACTTTATTATAAACTCGTTCCATCAAGGA
TTATCCTATAAGGAAATTTTGGCCTGTCTATTGAAGTCATTGAacttggt
tttaagCTTACGACAACTAAAAAGAATATTGCGAGATAACAACTTGCGAC
GCAGAGGAAACAACAATCAAGTGGCCATTGTAAATGCTATCCAGAGCTTC
GTGGAGATGGATGTAACCTTGGTTACAGAAGCATGCACCAAAAATTGATT
CTTCGCCATCACCTCAATACATCTCGGGAACAAGTAAGATTGTTATTGCT
GCACTTAGACCCTCAAGGGGTGGaatcaagaaaaagaagaagattgaGAA
GAAGAACTTACCATTGCAGAGGACCAAATGATGTATGGCATATTGATGGT
TATGATAAGCTCAAGCCTTATGGCTTTGCAGTCCATGGTTGTGTCGATGG
CTACTCAAGGAAAGTGTTATGGTTAACTGTTGGCTCAACAAATAATGATC
CAGAAATTATTGCAAAGCATTATTTGGATTACGTATCAGAGATTAAAGGA
ACTGCAAGACGAATTAGGGCTGACTGTGGAACGGAAAATTCAAATGTTGC
TGGAGTGCAGCGGTTTTTCCGATTGCATGCGGTAGATGAAGACGACAATT
TTTCGGGTTTAGAAAGTTTTTTGTATGGCAAATCGACGTCTAACCAGAGA
ATAGAAGCATATTGGAGCAGGCTTAGGGGTGCTGCATCACAGTTCTGGAT
TAATCTTTtcaaaGACATGCGCGATGCAGGAGAGCTAGACGAAACAGATG
ATATCTACAGagaCTGCCTTCGATTCAGTTTTATGGGATTGGTACAACAA
TCTTTAGATGATGCAAGACTACTGCATAACACACACCGAATTCGGCCATA
TCCTTTGCAAGAATGCCCAAATGGGAAGCCAAATATCATTTATGGAATAC
CAGAAGCTTATGaCACGGTAGACTACAAAGTTGAAGTGGAAGAAGACGAA
ATCGGCATCGCACGAGAAGTGACAAAAGAGCCTTTGGAATTAGGATGTTC
AGTTGAGTTTCTCGAACTAGCTAATTTTATAATGGAAGAAGAAGGCTTAC
AAGCTCCGGAAAATGTTGACGAGGCAAAAATCCTATACTTTACCTTAACT
GCGGTCATTCGTAATGGGCATATATAAAGATATTGGTTATTTCTGCAGGC
TCTAATATATTGATAGCTATTTTCTGATAATATAAAGTAATTTAATTGTG
ATCCTGATTGTAGTAGTACACATTGTGCATAATATAATAAAGTTTGAGGA
AAATTTATTGCTCAAGAGGCGTAAGGAAATACcttaagtgtattaatttt
ggcgggtacttaatttggtggattggaaaatttttggcacttggaaatca
aaaattttaatggttttaacttaaaaatggtgtttttcgatagaatttct
atcctaaaaagattttgttaaatttgacgggtatttaatttggcggacgg
ccaatttttaaaattttggcgggtatttaatttggcggattttaaAATCC
GccaatttaatccccgccaaaattaatacacttaGGGTATTTTTGGCTAG
CATGTTCTTAGCTATATaacaatttaaaaactttttgggCATAATCTGGC
TTCGTCGTTACAGAGATGGAAAATGTTTTCAGGTAGATTGTACAAAATTT
TTTCCACTCAAATATTTAacgaaaaatctaattttttcgccattttgatg
acgtcaaagGAAAGTGCTTTGGAGCTCAAACTTTGACCGATGGTCATTAT
CAAGATTTgaatgagaaaaattaaaaagttgttcaaaaaattgatgacgt
caggaATTGCTTAAAAA

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_415:300719..308006+

Legend: exon

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>TCONS_00064437 ID=TCONS_00064437|Name=TCONS_00064437|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=7288bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_415:300719..308006+ (Clytia hemisphaerica)
atttttccaatggaaatttgaccaaaattatCACACAACAGTTGATGACC
TCTCACACAACAATCGGTGTCACAACAATTCCAATGggaatttgaccaaa
attatCACACAACAGTTGATGACCTCTCACACAACAATCGGTGTCACAAC
AATATTTAAAACATTATAATGCATTGGAAATTAAAGTCAAAACCATTTTC
AAAACCAAATGAATAGTAAGTATTTCTTGTTGCAAATTGTTTTGGTGAAC
ATAATGTGATTTTTTATTGGGTTAGCTAACCCTTTCGATTTACACCAGTA
CGTACCAgcaattataaaaaatataaataaatttggTTGTTTGTgacaat
tttgccaaaaatttttaaaatgcgTCCACTGCACTGGACTGCACTGGCAT
TTGGTCAggcttaaaaaataaatttgactgACTGACTGGACTGCTCCAGA
TGTGGATTTCGCTAGCTAtcgacacgctttgctctgtacgatttgatttg
aaatatcacgtttgttttcacccatccatTTACGTTAGAGctgcgtggtg
ggcagaaaacaatcacgatCTGCTCTCAGGTTACAGACTCTGGGCTGCAT
TCTTTGAAAGTAATACTCTTCAGaccattttatttttgattttttaacaa
CTGgcatttattttaattttttttttcaggaaacaACTTTATTATAAACT
CGTTCCATCAAGGATTATCCTATAAGGAAATTTTGGCCTGTCTATTGAAG
TCATTGAacttggttttaaggtttgttttACTTATCcctttttaaatgtt
tctttttaaaatatattagaccttttttcaaagaggacgtcctgttgaat
aattatgtagtccagccataaaaacaatgataaagccatgcataattact
gtatcatgcatattgtaataattatgcatggttttatcattgtttttctg
ctggactacttaattattcaacagggtggcggTCCTACGGACTCGAACAA
ATTACAATTTTCTCCTTGTTACTCGACTCCTGATAAATTGTTAATTGTAT
GACCAGACGTGCAATTACTGGTTAAATCATCAAGTTGATTAGACCAAAGA
CGTGTAACTAGGTGCTTGAGGAAGAAAGGAAATGTAAAGAAGGGACaagc
ttctcaaaaacaaaatttatttcactgtTTTACTAATTATGCATATCCAT
GTGTTATTGTTTTATTGCTGtagtttttaattaaattttataTTGAGAAC
TGCAAAACGCCTATTTAGAGTTGATTTTTCACTTTCTGTATTCAGCTTAT
GCACCTTATGTAGAGGTATCTAAAAAAAAAGTGATTTAAGTGGGAGTGAA
AGGATGGAGAAGATGATAGATATctacaagaaaaagaaataagatTTGAC
CTGGAATTGGTTTAaataaaacaaagattttgaccCAACTGTTTATTCTT
AATCTTACTCCAACTtatcttatttattcaaaaatacctccagggtaatc
ttccatctgatgtcctatcaacacttaattttggtgaaattgatcacaaa
actggcaccaggggcaaagctattaaactactaaaactttcaacggtcaa
aaccacaaattttggacttaactctttctctcgtctttcgtcaaaacaat
ggaatgagttaATAAATAAAGTTAATAactaataaatcatcctgacaCTG
ATTATCACAACCTTcttgatactgatgaactaaaatctttagctacaaaa
ttctatttagacaaatacaaagctgaagacgaataatctttgtgtgtgtg
cGTGTATTGTGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGC
GTGaacttagtgtgttttcccagggtgggagggggtgggtggtgtaacag
gaagaactttataaataaaactactcaaagaaattgtcattaaataaaac
taaaaatgtttcttatattcattattttgtgtcactattaatattatgat
aatcatttattcattttttctttagttctgtataattttttagtttcttc
taggttccccatagggtttttttgtaaggggttatcctgctgtgttgcag
caaaaatatattcaattcaattcaattcaattcattcCTCTATGCCTCCA
TGActtacttttttattcttttttattcttttttatttttgatgcaTAAA
GTTAAAAAGATTATTCAGAAATAAAGTATATACAATATACATAATTATTA
CACTTCATAGCTTACGACAACTAAAAAGAATATTGCGAGATAACAACTTG
CGACGCAGAGGAAACAACAATCAAGTGGCCATTGTAAATGCTATCCAGGT
ATAATAACGATATCCATAATTATATGCTCTCAAAACTATGAGTGTGTTGA
TAAAGTGATTCAGGCAAAAGTAGAatgttaaaattcaaatttactttCTT
TAATACAAAATCGAATATATTAATTATAATCTCTATTTACCTTTAAAAAC
TGAAGTGTATTTTATATATGTTAAACAACAGCTTTTATTGCATGCCCCCT
CTTTCCAGTCCTTAATGTGACTTAGGATGTGTAAATTCTTTCACgtcaat
ttttaacttttaaaactAGAAAAAGTAATTTACTTTCCTTCCTAGTCAGA
GCTTCGTGGAGATGGATGTAACCTTGGTTACAGAAGCATGCACCAAAAAT
TGATTCTTCGCCATCACCTCAATACATCTCGGTTAAGCCACATTTTAATT
Tacctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatcta
atcTAGTTTGTAAATAGAACTCTGATCACTACAATAATATTTCGATGTTT
AGCAGATCTTTTGCCTTTCACTAAGTCATCATGGTTGAATTAAAATTCAA
TACTGTAATTATAATCACAAACCTGTCCATTACCATTACCAGCATTACCT
TTTTCTGtggattcaaatttctttttggttggttttaattgaattttaaa
GACTAGATATGGCCATTATGGtcatattttgacattttagtcccAGTAAT
TTCAAAACTAAACTTCAGTTGTATAACTAAATGTCAGTTGTATAATTTTA
GCTATTTATTTCTGTAGGGAACAAGTAAGATTGTTATTGCTGCACTTAGA
CCCTCAAGGGGTGGaatcaagaaaaagaagaagattgaGAAGAAGAACTT
ACCATTGCAGAGTAAGGACTTAAAAAAtcgttggtttgccgtcacccaac
cctagattttggagctGGGTTGGTCGGtcggaatttatttttattttagc
gattatgaaattttcggccatggaagggttaacagtttgtttacatttag
gtaatttggaataaaaaacagtttttagtCCAGCCTAATGTTTATGTCAT
TTTATGGAACTTATGTTATGTACTAAAAATGAAATCTCAAACCAAGTAGA
AATTTCAAGCTAATCTGAGCTAATTCATATTTTAATTCAAAGATTGTACa
ctgtttcttttttttatttcttttgtgtAATTATGTTCTGACTAAATCTC
CTTTTTTTCAGCCATCCTACTCACCCTAGCCTCTTTCAGTCCGTTGAAAC
CCACATTGGTAATGGTTTTGCCATTAAAAAAATAGTCTGTAAAATAGGTC
AAAATATGAGTacagcttgaaaaaaaattgtacaaatAAGTTTTctaatg
ttttgtaattttttgagaattcatTTATAGATTTGGGGCTTAAGCTTTAA
GGAGctctctgaaaaaaaaatttgccctgccCCTACCTCTGGTTGTGACA
GTTTATAATCACACAATATCTTCCAGTGAGATTTGATTTACAAACTTTCA
GTGTCAAAGAAACGGTCAAGATCTTCAGTTTTTCtatctaaaattttttt
ccaaagaactttttcctttaaataaattcaacgatttagatttttttctt
tcatcaaGGGACCAAATGATGTATGGCATATTGATGGTTATGATAAGCTC
AAGCCTTATGGCTTTGCAGTCCATGGTTGTGTCGATGGGTAAATTAAATA
TGATTAATGATGATTTAAATATAATGATGTGTATAAAAgttaaactttaa
actaatcAAACATTCATTCACATTGGCGAAGATGAAATGTTGAACTAGTT
TACTCTAAATTTTAAAAGGGACTGGTTTGTTTACgatcttttaaatcaaa
aatatagGCATAGAAGTAATTACTCTgggctattttgaaaatatcagCAC
TCTTATTATTTTCAGCTACTCAAGGAAAGTGTTATGGTTAACTGTTGGCT
CAACAAATAATGATCCAGAAATTATTGCAAAGCATTATTTGGATTACGTA
TCAGAGATTAAAGGTAATATACTCCTCTAGAAATAAACTTGAATTGCAAA
TGAAGAAGAGTGAACGATAAAGCTGGGTGTCCaccgataaaatttttttt
ttatttataatggaacaaaaaaaatgcacgatagggaaaaaaacttttct
tcattCCCTATTGCATATTTGTCGACCCTATCAGGTAAAACATGAGCATT
TTGTTCTGAAAATCTGTGTGATCTTTGTTTCAGAAGcatgtgatttttta
tttgtgGTGAAAGAATGAATTACTTTTTTGGTGTACACAAGcttaacaaa
caaacaaaataacacAAATCTTTATGCATTACAAGGATCGAACTCTTTTC
AGCACTCAGTTATGACGTTTTTTAAATCAGCCACACTGATCATTATGAAA
TCTTTTATTTAGGAACTGCAAGACGAATTAGGGCTGACTGTGGAACGGAA
AATTCAAATGTTGCTGGAGTGCAGCGGTTTTTCCGATTGCATGCGGTAGA
TGAAGACGACAATTTTTCGGGTTTAGAAAGTTTTTTGTATGGCAAATCGA
CGTCTAACCAGGTTAATAATTGtgtaattcaaattttcttcagTTAGggc
atttccaattttttaaagccACCTAGCTTTGCAGTTCATTCGTCTTCTAA
TTAGTTCCAATCTATTATAGTAATCTGACTGATCAAATATTTGTTGTTTT
ATTCTTGCACGTGTGAAATGGCAATTTTCTTCAACAAAAGACTTAGAAGT
ATATTATAAACAATACAATACTTTCTCTAACTTGAATAGCTAAGACATCG
AAATATTTCTTCGAATATACGTGAAATTCGTGGTATAGAGGGGTCGTGAA
AAAATCCAGCATTTACAAATTAATAACTTCATGTATTTTCCTCTTTGATA
ATTTGGTTTAAGGCAAAAAAGATGTGGCATTATTTTGATaaacttatttt
cttttatagAGAATAGAAGCATATTGGAGCAGGCTTAGGGGTGCTGCATC
ACAGTTCTGGATTAATCTTTtcaaagtaaaatatttctttaaattaCATT
TCAAAAACTCGTGATAGAATTTTACCAGATCATTAAAAATCGTTTGGTTG
GAAGCACAAAATTTGACCTTGCAAAAAGTTCGCTTGACTTGACTGGGTAC
TGGGAAATATCTGTGTGCTGGATGGATCCTTTTCAGATAATTGTTACTAG
AActaattttttaatgttttgctTCTCTAAGTAAGGGATTGTTGCTTGTT
CAATTTTGCACGTAAACAATGCCAATACCAGTTGTAATTAATTATTTGcc
catgtcgaaatttcttcgctttgcaaCCCCTTTCGCGTTGATTCTTTTAT
TATAGGACATGCGCGATGCAGGAGAGCTAGACGAAACAGATGATATCTAC
AGGTATTTTTTAGTCTTAACCAGTAACAGTCATTTCACTCTACTAAATAC
GCTGTGGAATATGTTCTTTAATTTCTGATATTTCTTCAAATTAAAGTAGT
GGACCAGACAATTAATCACCGCCACCTTTTGATAGACTTCATAGGTTCTA
ATTGGTCATACTAGCTTGTAGTAATTTTAGATTCCATGGGGTTTACATAT
TGAAGCAGTCAGGTTTGggtatttattcatttttcaattttagagaCTGC
CTTCGATTCAGTTTTATGGGATTGGTACAACAATCTTTAGATGATGCAAG
ACTACTGCATAACACACACCGAATTCGGCCATATCCTTTGCAAGAATGCC
CAAATGGGAAGCCAAATATCATTTATGGAATACCAGAAGCTTATGGTTAG
aatagcttgtttattttcttttttattggtTTTTGAATCTTAATGTTAAC
GATTGAGAACTTAAATCACTGGATTATTATTGTCGTTTCATTATAGTTTT
AATATATCGCCGAAAAAAAGTAgcattgaaaaatataaaaacagttcaca
attattttattaattttcagaACCGCTTCTTATTTTGGTACCTGAAATTT
TAGGTCACTTATTAcaattattgatatttttagaCACGGTAGACTACAAA
GTTGAAGTGGAAGAAGACGAAATCGGCATCGCACGAGAAGTGACAAAAGA
GCCTTTGGAATTAGGATGTTCAGTTGAGTTTCTCGAACTAGCTAATTTTA
TAATGGAAGAAGAAGGCTTACAAGCTCCGGAAAATGTTGACGAGGCAAAA
ATCCTATACTTTACCTTAACTGCGGTCATTCGTAATGGGCATATATAAAG
ATATTGGTTATTTCTGCAGGCTCTAATATATTGATAGCTATTTTCTGATA
ATATAAAGTAATTTAATTGTGATCCTGATTGTAGTAGTACACATTGTGCA
TAATATAATAAAGTTTGAGGAAAATTTATTGCTCAAGAGGCGTAAGGAAA
TACcttaagtgtattaattttggcgggtacttaatttggtggattggaaa
atttttggcacttggaaatcaaaaattttaatggttttaacttaaaaatg
gtgtttttcgatagaatttctatcctaaaaagattttgttaaatttgacg
ggtatttaatttggcggacggccaatttttaaaattttggcgggtattta
atttggcggattttaaAATCCGccaatttaatccccgccaaaattaatac
acttaGGGTATTTTTGGCTAGCATGTTCTTAGCTATATaacaatttaaaa
actttttgggCATAATCTGGCTTCGTCGTTACAGAGATGGAAAATGTTTT
CAGGTAGATTGTACAAAATTTTTTCCACTCAAATATTTAacgaaaaatct
aattttttcgccattttgatgacgtcaaagGAAAGTGCTTTGGAGCTCAA
ACTTTGACCGATGGTCATTATCAAGATTTgaatgagaaaaattaaaaagt
tgttcaaaaaattgatgacgtcaggaATTGCTTAAAAA

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_040406	XLOC_040406	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_415	supercontig	scaffold_415:300719..308006 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.0763783	0	0.0263057	0.0957985	0.949522	0	1.37394	2.28391	1.22793	2.77665	0.388445	3.67723	1.65362	0	0.0548168	0.0358952	0.174625	0.0146921	0	0.0424807	0.112302	0.0540299	0	0.059713	2.09218	0.926089	0	0.0558852	0	0

Blast

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00064437 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00064437 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0


Match Name	E-value	Identity	Description

You are here

TCONS_00064437 (transcript) - C. hemisphaerica