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transcript sequence >TCONS_00055471 ID=TCONS_00055471|Name=TCONS_00055471|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1881bp TTTTTTCACTACTTCTGGGTGACTGTGTTTTGCATAAGAAGTTGAACAAT TACATGTTTTCATCAATCTTTAAAGCTGTTTGTTATTGTTGACACCCAAT CACTCAATATATTGTTCGTTGGGTGAACTTGTTCAATTTTGGCTTCACCA CAATGCCACAGAAAGTTAATGTCATACCTCGTTTAGATATGGTTGATTTT AACGACGACACACCATGTTGCAGTCTCGTCATTTTACCAGGCAATCGGTC AGAGGAAGATTATCTCCGTAGTATTTACAGCCGGATTACCACGCCTTCGC CTGTATGGAAAGAATCAATATCCATCGAAACATTCAAAAGCAATGGTCGG CAAACTGCCAAACATGCCCACTTAATACCACGTTGCTGTCGCGAGGAGGA GGTCACAACATCCAATAAAACTCCTACACAAAGTTTAAGCGTCAATTTCA TTCTTCGCGAGGAACTTATTGGAAATGAAGTTCATAAAATCCGTcgttta tttttcaataatcCGTGGAAATTTCATCACACGTTTCAGACGTACGACGT CGAGAGAAAGAAAGTCGTCGCCAAGCAACCTTATTACGAACTGACGGAAG AATATCCACTCATGTCGCCGTCAGTCTGCCATCAAGGTTCTTCAGTTTTA CGGTATAACATCTTTGTGAAAGAAAACTTTGACGAAATGAAATATTTCTA TATGGATTTACTTCGCTCACAACCGATGTACGAAGAAGAGAATTTTTGCT ATTTCACCATCTTCTCAAAAAATGGAACTGAAATTCAACTGTCATTAAAA CATTCCAAACAATTACATATTGTATCCACCAAAAGAACATTCTTAAAAGT CCACTTAGACAACCTTTATGAAACTGTACACCAAATGGGTGCcaaaattg aagaaatctttTGCAGCGATTGTGGGATTCTCGTAACGCGTGACCCTGAA GGAAATCCGATTCTGATCACAGGTAAGAATCCGTCTAAAAACAATCCACA CAGTCGACAGTCTTCAGGTAATTCAACGTTATTACGTAGACAACAACAAG AGAAAACGCAAAAACAACAACGTAGATCTTTGGACGAGGATGTTTGGAGT GATTGCTCAGATTGCTCAGAATgcttacgtcagcaaaaatacaacaacaa taacaacatTAATAACTATCGTCAACCGAGTAAAAACACTAACAAACGAG CCAGTCGTTATTTTTATCAACCCGATCAAAACGATTCGGGTTATCATAAC GACGAACTATCCTCAACTGACGAAGAAGACTGTTTATCTTTTTCGCCCCA TTCTCCTAAAAACGGTGGCACCTACTCAGCCCATTCTCCTAAAAATGACA GGACACTGACATCTCAACAACGCAGAGATCATAGTAATTGCCCAAGAGGT ATCACTCAATTGCACTTTCCTACTTGCCCGAATACAGGATGTTGTGATCG ATACGGCAGACCCTTCACCTGTTGCGTCGTTAATGTTTAATCGGTCTTGC AACAGACTATAGAAAAGACAACTAGACATAAGTCtaagaaatgtttattt ttgatattactttttgacgatttttttttaCGAGCAGAAATCTTTTGTTC TATGAAAGTATGttcagaaaatgaaaatctatCCTATGCATTTCGATGCT TTCAAGTAATTAATCTGACTTTTGTTTTAATTAATCGAactgtttttgac attttcctatACTAATTTCCTTTTTGTAATTGTTTACCTGCGATTTGTTC GCTCGTTGCCAAGTAAAGAAACTACCTGATTCTTGACGAGATCTAGTTAA TCTTGATCGTATAACAAAGTGGAATAAGATTCGAATGTATATACAATAGA ATTTATTAATAAAGCTTATCGTATGATTAGA Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_253:93661..105694- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00055471 ID=TCONS_00055471|Name=TCONS_00055471|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=12034bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_253:93661..105694- (Clytia hemisphaerica) TTTTTTCACTACTTCTGGGTGACTGTGTTTTGCATAAGAAGTTGAACAAT
TACATGTTTTCATCAATCTTTAAAGCTGTTTGTTATTGTTGACACCCAAT
CACTCAATATATTGTTCGTTGGGTGAACTTGTTCAATTTTGGCTTCACCA
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AACCTTCTCAGTTAGAGATTCCCCTTGGTTTTCTCATAAGTTTTATGTCC
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ATTCGAGTTCGAATTAGCGAGAGTCAACTGTAGATATAATCATAGTGCTT
CATATGCAATTGAATCAACAAATTCCTTGCATTTCCTATTATATCATTTA
CCATTCATTTTGCGCAATTATAAATCCCCCCGATTTTTGACATTCTCAAC
ATTTTGCATCGATTACGACAAAAAAAGAGAGATTTATTTTTCCCTACACC
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GCTTCATCGAAACTGAGAAGGGAAGTTCCCCGAATTCGTTCGCTACTTTC
GTTGATAGTTTTCACTGTGTAACTTCTTATTTGTCTATAAGGAGACAAAT
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AGGCTTGGCATAATGAAATTGAAGAAAGAATTTACAATCCATTTTTCTCA
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GGCTTCTTATAATTTGTTTATTTGTATTTTTGGTTTCTGATATTTGGCTT
ACATAACAACTTTAAAGAGGGCTTTTGATGATTTCATTTTTCTAATGAGC
TCATCGTGCGGAAGTGTTTGGGTTTTATAAGCAATGTGGTTTTGATATAT
GAAACACAAAAATACAATAAGCTTAATATTGATACCGTGTACCATGGCTA
CCTTTTGTTATATTTTGGGGGTGTTAGTGTCCAAAAGGCATCATCATATG
TCTCTTTCGTGTTCAGTGGCGCTACCCTCTTTTTTATATAAGGATAACGT
TTATAAGCTACTTAGGCTCAGATTCGGTAAAATACGTCCAAGCTGAAATG
CAAAAAAATTCGTGCAGCTTTTCTAAAACGCTGACCTTTTTAGGGTTACT
TTCAAAGCTGTTTGAGCTTTCTTAGACCAAAGATGAAAACTTTCTTTCTT
TAAGCCGAATATTGATTTAGGTTCCAACCTAAAAATTCGAAAACTTCAAG
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TTCAATGGCCAAAATATCAAGAACAAGTTGAGAACATTTTTTAAAGCATA
ATGAACTCTAAAACACACAGTTTCCAATAAATGGCTCACCTAGAAATTTT
GATCAATTTAACCATCTTTGTAGACGGCATACGGAAGCTCAATATGGGTG
AAAATAAAGGTCCCTCGTGTTTAGTGTTCTAGTTTCCCTCAAGCATACTT
CCTTATGATGATATCTAACGTTTTTTTCTAATTTAACGCATGCTTTCTTA
TAGCCTGTTAGACGAAAACCGCTTTTTTATCAAAGAAAAAAAATTGGTTT
GTGGGAAGGTACTGGCTAGCTTTCTTACTGTTAGTCAATTGTCAGGTTTC
ATGTCACGACCTGATTTAACTTTCACTTCACGACCTGATTTAACTTTCAC
TTCATTGTAGCTTTTCATTGGTCCTTTCTGTCGAAAGTCAACTAAAATAC
GGCTAAAATTTTTTGTACTACGGTAGTAGAAAATAACCAAAAAATAATGG
AAGAGGCATTTGTAGCTCATAAAAATTGATATTATCCCGTAACAATTATC
GTACTATCATATTACACCCATATTATTGTATTACACCTATCAACTCTTAG
CTGCCCGGTCAGTTTCTTAAGGGACTGGATTGTAATAAACTACTACGGTC
GCGCATTTTAGTGGGCGAGGTCAGCCGGACCTCGAGGAGTAAAAATTAAA
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TTTTTGTGTAATCTATTCTTCTGATTCTTGATCACTGAATTGCATGTAAA
AAAAATCTACTACCGCACCCAATCTAATCGCTTTAGGAAGTGTATGAATT
TGTTCGTTGTAAATGGATGAGCATTTTTCCACGTTCACCGGGTATGCACT
AATCTGATTCTTCCACGAAGGTTAACTATCTTCAATGCAAAGTTTGTCAA
ACTCAACGCGTCGGGTGTCTAAACCTTTTTGTCAAATAGTGACGAACTAG
CACATTTTTGAGATTCCGAGATAAGGTTAAGTGAATAGATTTCTTTGAGG
GAGTTTTTAATTTCGGTCCAGTTTATAGTCAGTTCCACTTTATGTCAGTG
GTAGACCTCAGTTTTTCGGTAATTGTGGTGTCTTCAGGGGGAGGGATCCA
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TGATGGCTAATCGTCACAAATGAAAAATGACGTTTCTATCATTGAAAAGT
TTTGTGATGCTGAAGTATTCAAAGTTTCCGAAAGTTGACTGACAAAGGAA
TTCATGACAGTATCTCCAAAGAACAGTTACGCCCTCATTGTTTCACTGGC
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CAGCCTGAACAGTTTGAAGTTTTGAGAGATATAATTTACATAGTTTATGA
CCACCTTAAAGGGACATAACAGTACTTGCGAAATTTTTAAACAAACTGTA
TGCAGCAGATACAAAATCAAAGCAAATGTCACATGTCAAAATAAAAAATC
AAACCAAATATGGCTAATTTTGATTGTTCAATTGTTTTACAAGTTTGTTT
TGGACACGTGATTTTAATTGTTCTTTTTAATGACACGTGGTTCGCGCAAT
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TAAAAATTTCGCGTATTTCGTAAAAATAATCTTGGAACGACTTCCAGGGT
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GTCATACAGTCAACTTCATTAGCGTTTTTTAATCGTTCATAGCTGCTTTT
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CACGATCCTTCTTCCTTACAAGCTAAAATACAGAATAGCCAAGTTGAACT
CTCTCGTGTAACTTATAGCATCTCCAAAAATGCGATAAATAAAGCTTAAG
GCTATATGCCATACGATGACATTTAGTTACACAAGCTTATAAGAACAATT
TTATGAGAACAATGTTGGATTCAAAAAACGTCGAAAAATAAGAATGATTT
TGAAAACAAAGCTGAATCTGAAAAAAATTACTGATTTTTTTGCAAATAAA
GGGTTTAAAATTAGTAGAAATAGAGCACAAAGTGAAAATTACCTCCACTT
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AAAAAAATGGGAACAGTCCAGTCTGAACAAAGATCTGCTGGTTTTTGTAA
GAAGATTTTACTACCATATTCAATTTGAGATTTTTACACTTACTCTCCAA
GGGTGCAGCAAATAAGGGGTCAAAATCCTGAAATGATGAGAATTGAGGAA
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TATTCTTAATGATACATTATATATAACTTTTATTTCTGCTATTTATAAAC
AAAAGAAATATTAATTAATAGGTGTAATAATTAAAAGTAATGAATGTTTG
AAAACACTAAAAATGGATTGACCCCGTCCAATATCTCCATCAACTTTCGC
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GCAAAACCTTATTGATATAATTAACACAGCTTGAAAATGTCTTTACCATT
CTTAATCAGGTGCTTTACAACACCTTCACCTAGCAGCACTATTAAGATTT
GTTCGCAAATTCTCTATAATTCGATTAAAACATAATTATTCATTGCCATT
GGCGTTTTAAGCATACGCGTTTTTTTTTTTTAAGAAACTAGTTTTACCAA
GCAGCCTCAATGTTTCTTAAGAAATTGGCCTTTTGAGCCTTAAATGTTTC
TTACATGTTTCTAAACTTTTNNNNNNNNNNNNTTTTCATGCAAAGATTGG
AAGGTTCTAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTATTTTCTCATT
CTCAGCCTCAGCATGTTTCTTAGATGTTTCTAAGTTTTTAGGCATTCTGA
GCCTCATGTTTCTTAAAAGTGTGTTTCTTAAAAAAAAAAGACGTGTATTA
CCGAAATCGATCATTGAAGATTCTTATATTAGTTTGAACAAGCACCTACG
TTGAGTACTTGTCCGTTCAAGTTATATACCTATCATGGTTATCTCCAACT
GACCCGGGTGTATAATGGCCATTTTGTACCTTTCAACCCTAAGCAACGCG
GTCGCCTTTTAAGAGGGCTTGTAAGGGATTTACAAGGAAGATTTGTTCTT
GACCCACGACTTTTTTAGACTACAACTAAATCAAAGCTAGCAAATTCCGA
CCCGAGACATTTTCCCGAGTGTCTGCGTCGGAGTGCAAACTTTCTACTAC
CCTATACCCTTTAGCCATAATCTGGTTTGTGAGGTGGCTGGAGTGTACTG
CTTAACCTTATTATTTGTGCAAGCTTGGCCTCCATTCTTTGTATTTAACC
CTACCCCTAAGACCAGTCAAATGATATGGATTTTGGAAGCTTTGGAGCTT
TTTCTAATGAGAATCTCTTTTGTATCGTTGCTGGGAGGTAATAGCCTTAA
TTGATGTTTTAAAGATTCGCTTGATGAGTTTCTCATAGTTGATATCTTTG
AGGTTTTCGTGTATAAGGATTTTGTGTAAGAAAAAATTGGATTAATTGCA
TACTGCGAAGAATACTAATCAAAGACCCGCATATAAACAAAAACATCTTT
TGTGATTATATGTATTTTATTCAGTATATAATTAAATAGGCATGGACGTC
ATATCATTCCTTAAGTAGCAACCAGTAATTAACGAAAAAAAGTCAAAAGT
CGAAAATAAATTTGACAATAATACTCTGCATGAAACATCTAAAGGAGAGA
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GAATTTCGAACATTTTTTTTGACGTTTTGTTTTCACTTTTTGTATTGAAA
GCGGAGAAAGAAGAGCTTGCAAACACAGTCAGTCACTCATTAATACGAAA
CAATAGATCTGTCAATTAAGTGGGTGATTTATTGTTTTAATGATGCTTTA
TGTTGTAATTACCTAACACGAGAGTGACGAATTTGTTGATATAACTATCT
GTCAACTACTGGCCAGTCAGTTTATTACTTGATAACATCTCGCAGAAGAA
AGGCGCCTGCTGCTTATCTCGTTCGCACCACTCCAGCACTCAATTTCACG
CGAATTACTCATTGAATATTTATCTTTTGGCTGAGAATATTTCAACTGGA
AGTTTGTTTAGTATATGGTTGTCGTTTTGGTTTGAGGCACATTTAACGTT
TAAAAGTTAAAATGAGAAAAGAATCGAGTTTTCTGTACGACTCGGATTCG
AGTGATCATTACTTTGAGGTAATTTTATTTTTCAAAATCTTGCAATTTGT
GTTTTTCCATTATATGTGTATGTTTTTCTGTAAAAACAAGGTACTGAACG
GTTATTCGCCCTTCCCTTTCGTCATTTTTTGAAAGTCATAAGCAAACGCT
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TTTTATAAGAACAAACTATATAAGAACATAAGGCCTCGAGGCCCAAAAAT
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TTTTTGTCGGTTGAGAGGGAAGAAGGCTCTTATCGTTTTCTGTTCTACGT
CACATGTATGTGTCTGATGTCATACATAGGAGATCAACCTGCAGTAATAA
GTCATTCCATTTGTTTGTCACTGTTTTGATTGTGTTTTTGTTTTTTTTGG
GTCGAGCGGAAAATAATTAACGGTCTGATGTCAGTGCAGTTATTGATTAG
AGACTAATTACTCTCGTTCTAACAAACAGAAACACCAGTTTTGAAATTCA
GATTTTGTGTTTAACGAAACCCATAGTTGACGCTCTTTAATTCGATTTTC
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ATCAGCCTATATACAAAGTTTTATTTACCCTGTCTATTAAAGCCTTCATA
ATGATTCTCGATCTAAGCAAATCTAATGACAACTTCTTATTTTCTTTACT
CTATAGGACGACACACCATGTTGCAGTCTCGTCATTTTACCAGGCAATCG
GTCAGAGGAAGATTATCTCCGTAGTATTTACAGCCGGATTACCACGCCTT
CGCCTGTATGGAAAGAATCAATATCCATCGAAACATTCAAAAGCAATGGT
CGGCAAACTGCCAAACATGCCCACTTAATACCACGTTGCTGTCGCGAGGA
GGAGGTCACAACATCCAATAAAACTCCTACACAAAGTTTAAGCGTCAATT
TCATTCTTCGCGAGGAACTTATTGGAAATGAAGTTCATAAAATCCGTCGT
TTATTTTTCAATAATCCGTGGAAATTTCATCACACGTTTCAGACGTACGA
CGTCGAGAGAAAGAAAGTCGTCGCCAAGCAACCTTATTACGAACTGACGG
AAGAATATCCACTCATGTCGCCGTCAGTCTGCCATCAAGGTTCTTCAGTT
TTACGGTATAACATCTTTGTGAAAGAAAACTTTGACGAAATGAAATATTT
CTATATGGATTTACTTCGCTCACAACCGATGTACGAAGAAGAGAATTTTT
GCTATTTCACCATCTTCTCAAAAAATGGAACTGAAATTCAACTGTCATTA
AAACATTCCAAACAATTACATATTGTATCCACCAAAAGAACATTCTTAAA
AGTCCACTTAGACAACCTTTATGAAACTGTACACCAAATGGGTGCCAAAA
TTGAAGAAATCTTTTGCAGCGATTGTGGGATTCTCGTAACGCGTGACCCT
GAAGGAAATCCGATTCTGATCACAGGTAAGAATCCGTCTAAAAACAATCC
ACACAGTCGACAGTCTTCAGGTAATTCAACGTTATTACGTAGACAACAAC
AAGAGAAAACGCAAAAACAACAACGTAGATCTTTGGACGAGGATGTTTGG
AGTGATTGCTCAGATTGCTCAGAATGCTTACGTCAGCAAAAATACAACAA
CAATAACAACATTAATAACTATCGTCAACCGAGTAAAAACACTAACAAAC
GAGCCAGTCGTTATTTTTATCAACCCGATCAAAACGATTCGGGTTATCAT
AACGACGAACTATCCTCAACTGACGAAGAAGACTGTTTATCTTTTTCGCC
CCATTCTCCTAAAAACGGTGGCACCTACTCAGCCCATTCTCCTAAAAATG
ACAGGACACTGACATCTCAACAACGCAGAGATCATAGTAATTGCCCAAGA
GGTATCACTCAATTGCACTTTCCTACTTGCCCGAATACAGGATGTTGTGA
TCGATACGGCAGACCCTTCACCTGTTGCGTCGTTAATGTTTAATCGGTCT
TGCAACAGACTATAGAAAAGACAACTAGACATAAGTCTAAGAAATGTTTA
TTTTTGATATTACTTTTTGACGATTTTTTTTTACGAGCAGAAATCTTTTG
TTCTATGAAAGTATGTTCAGAAAATGAAAATCTATCCTATGCATTTCGAT
GCTTTCAAGTAATTAATCTGACTTTTGTTTTAATTAATCGAACTGTTTTT
GACATTTTCCTATACTAATTTCCTTTTTGTAATTGTTTACCTGCGATTTG
TTCGCTCGTTGCCAAGTAAAGAAACTACCTGATTCTTGACGAGATCTAGT
TAATCTTGATCGTATAACAAAGTGGAATAAGATTCGAATGTATATACAAT
AGAATTTATTAATAAAGCTTATCGTATGATTAGA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature Name | Unique Name | Species | Type |
TCONS_00055471-exon-scaffold_253-1575043694:105492..105694 | TCONS_00055471-exon-scaffold_253-1575043694:105492..105694 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00055471-exon-scaffold_253-1575043694:93661..95338 | TCONS_00055471-exon-scaffold_253-1575043694:93661..95338 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00055471-exon-scaffold_253-1510915933:105492..105694 | TCONS_00055471-exon-scaffold_253-1510915933:105492..105694 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00055471-exon-scaffold_253-1510915933:93661..95338 | TCONS_00055471-exon-scaffold_253-1510915933:93661..95338 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00055471-exon-scaffold_253-1491911889:105492..105694 | TCONS_00055471-exon-scaffold_253-1491911889:105492..105694 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00055471-exon-scaffold_253-1491911889:93661..95338 | TCONS_00055471-exon-scaffold_253-1491911889:93661..95338 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
scaffold_253 | supercontig | scaffold_253:93661..105694 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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