TCONS_00063893 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00063893
Unique NameTCONS_00063893
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length1062

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_404:575728..612611+

Legend: exon
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>TCONS_00063893 ID=TCONS_00063893|Name=TCONS_00063893|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=36884bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_404:575728..612611+ (Clytia hemisphaerica)
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GactaaaaaaatgaatatcatCGACAGAGGGCGGGGGCGGGCAAtatctg gaaaagcccattacatTGTCCTGTGTTTATTTCTATCGAAAAACGAAAGA AATATACTTATTCGGTTCTTCTCAGTACACAGACCAAGTGAATGCCTCAT CcttaataaaaaaatcttaaatggTTGTGAAGAAAGTCTAGGAAGGAAAT TACTTTATTCCGCCATTATAAAAACAAGTGATAAATACTGTTGCAATTAA AATCATGATCTGTACTTTTTAACTTAATTCCATCTTTAATgacttttcat tttattgaaTAATTGGAACAAGAAAGTTTCAGTAGGATTATTTTTCAATG TTGTTGATTTTTAATTCCGCCGGTTAATCAATATTTCCGTGCATTTATTT CCGGATTTTTTGTGTCTGTAGTTTCCTGTATCCGCATTTTTTTCCGTCAG TTTTCTTTTGTGTTTGTAGTTATCGATGAAGATCATCTCTATAAAAGTCC TCATACAACgtgttgaaattttttgaaaagaaagtttaaCCTATGTTCGT TCAACCCAGCCTCGATGCTAAGGAGGTCTTTGAAATGTTAAATACAGAAA CTTTGAACAGAGAATAGGCTTGTCAAAGCTGTGTCCATTTTTTGCTGGAC AAGAATCTACATCAATTAATCAATCTTCCAACATTCCTATCCGTCATAAG AGTACAACAACAATATGAGAACAATGGGTTTCAAAGTCCTTTGTTTTCCT GGTGATGATAAATATAGTAGTTGCTATATTCGAAATTATTTTATTCAGTA TCCAGGAACATTAACAACTTGCTTTTATATCACTTTCATTCAACTTGATG TAAATTGATTGATAGGTTATAAATGCTTCCTTTAAATTCATTACATTGAT TGCATACACTGCTTCCCGCTTTTTTCTTccttgtttttgaaaatggtacA TTGAGGTTTCTTCAGTTAGTTGAACTTATCACTCTCTTTTGTCTgcaaaa aaagtctaaaaactAGCGTGAAAATTCTCATAATCATGCATGAACCTTTC TTCAAAGTGCCTATCCTTGGAGGTATTGCTACATCTAAATTCTCAGCTTC TGACTATTGAAAATAGTTAAAGGACATGACAACTGTTTCTAACAAAATGT GAATGATATCTTATCTGTTTATACAATCACTACACTACGCATAGATTTTT TCCTAATTAGGTGACTTCCTCAAACCTGCAGTTCTGGGTATGTAGCAATA CCAATGCGAAGCTTCTAAAGGAAGACtaattgaaaaaatgttttaattga tCACTAATTTTTTGACGCATTCTTGAATTTAAGTTATTTTTTGCTTTAGT GGGAATTTATTTAGCCCAGTGTATGATTCTGAACTCCTCTTTTAGTTTTG ACAACTTCAATTTTTCCTTGACACATTGTCCTTCGTTGGCCTTTGAATGT CCGAAGATCCTTGGGCTGCGCACCTCTTTAACataatttttctttatctt cTGAGGATTTTCAATCCTTCGATAACATATagtacaaaatttctttttgc ctTATAGAGGGTTAGGTCAAAAGtaacatatttttgaaaaaccacCTGAA AATGGCTTGAGGATTCTGTCCCCATTGGATATATAGTCAACTCCCCgtga ttcgattttcaagggacagACATTTTTTTCGGACTGGATCCAGCTTAAGA AACtgtgttttagttcgaattacagaactATTTGAATTACAGAGATTCAA ATTAGAGAGTATATACTTACTATACCGACCAGGAACCACTGCGATTAGAA TGTTCTTTTATTGtgaaatatcattaaaaatgttttttaagcCTGAATCA CATAACCATATGAAGCTATGCATACTTCCACCCAAAATGACTCGTCAAGA AAATTTGGTTTTCGAGTCATCATGCTTGAATTAGGAATTGCGTCAGGACC ATTTGATCATCATCTAAAGTCAACTCGCTCATTAAAAACGCAGTTTTGAG ATAAGAAATCTCGCTAAGTATTACTGTCAAAAGTATAAATTTAATCTTAC GTGTCATACCTTCGGAGGAACTAAGCACTTTAgggagaaaaaatcttcat ctttatagTTTTTCTATTTCCCGCTTTTCATTTAATTCTGGTTAATTTGA TAGTCCAGATTAATACGGTTGGGTTTGGGTTCTTAGACAAAAAGAGTATG GTGATATACAGCTGGTCCTTTCAGACAACTTCAGTCTCGTTCAGAATCca tttttttcgcaaatttggtaAGAATTTTTGTTGAGTGAAATGAGCCAAAT GGGTCAAATTTTGAAGTCTCATCGACTCGGCCTGGGGATGGGGTCCAATA TTTTTTCCTTAGTGAAAACAAATAAATCCCTTCTTCTTTTTCTAGGAACA TCACATTTTTAATCGTTGCCGCTGAAGATTTCAACATTGGATAGACTACT GTAAGTCAAACAGTTTTTTAGATTTGAAACGAAGATAAAACCGGGTCATT CTATCTTTTGATCTGGGAAATACACTGTAAAACAAAAACAGACAATTTTC AAACGAAACATTTTGTATTATgactttttatcactttttaaggatttttt ttcggaacatTTTTTAACGGAATTATAGGatgtcaaaatttttattacaa cacGATGTAGAATATTTATAGGGATGTTTTGACC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_040054XLOC_040054Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
scaffold_404supercontigscaffold_404:575728..612611 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
18.5736 13.036 2.80326 2.45148 11.6637 10.0502 19.7062 18.9334 10.4022 11.0792 6.28874 4.0494 4.86586 6.11733 5.61832 6.18913 7.32195 5.03382 1.09632 1.62051 4.74394 4.96099 21.5638 19.9369 5.23085 4.36165 6.48102 2.90158 17.9635 17.8645
Blast
BLAST of TCONS_00063893 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: CC134 (Coiled-coil domain-containing protein 134 OS=Homo sapiens GN=CCDC134 PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 126.716 bits (317), Expect = 9.924e-34
Identity = 54/150 (36.00%), Postives = 95/150 (63.33%), Query Frame = 1
Query:  160 ELYKYGFQVKRAEQIEGVKRIMKIDNYEKQFKMVKLLVEKLFNVLSTAKVQVTEFGYIPGGEFPDDQSQLDALGRVFENVAMFGDLILRLPDITHKLYDKNQEWKVIMTWGVFMANESGIF-EGSNEQLLDLMSQELNITPRGEDYINPY 606
            E+YK  F+VKR EQ+  +K + ++++  +Q+K++ ++++ LF VL  ++  +T    +P G FP D+   DA   V EN A FGD++LR P I H  +D N  W +++ WG+   N++G+F +G +  +L LM+QEL I+ +  ++ NP+
Sbjct:   33 EIYKKMFEVKRREQLLALKNLAQLNDIHQQYKILDVMLKGLFKVLEDSRTVLTAADVLPDGPFPQDEKLKDAFSHVVENTAFFGDVVLRFPRIVHYYFDHNSNWNLLIRWGISFCNQTGVFNQGPHSPILSLMAQELGISEKDSNFQNPF 182          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00063893 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
CC1349.924e-3436.00Coiled-coil domain-containing protein 134 OS=Homo ... [more]
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