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transcript sequence >TCONS_00052862 ID=TCONS_00052862|Name=TCONS_00052862|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2052bp GCtataaaatgttttgaaaattatattttcctttttagttAAATAATAAG ATTAAcagaataaaaaaatgattaacAAAAGGTGCTGGAGTTAACAAGAT TGAATGCTATTGGTAGAAATGTGGACAAAAACGTAATGAGAAATCAGATC AAAAGGTTGACAATTATGTCAGTCGCCTCAAACAAAAAACTGGATTGCGT GGATTGTGGAGTGGTAATAAATTTACTACCATggttgatgatgataaaac gcCTGACATATCGCTCAGTTCAAGTGAAAATTTGAGTGACATGGACTTCA CCCGTCTCAAACTTGACAGTGATGAGGATGAAATGCGAATCGATTACATG AGAGATTCCAAACAACGTGATATTAACAATAACATTGTTGTCAGTGATGA TGAACAAAACAATTTAATGCAAAATATTCAATTTGCAGAACTCCAATTGG GAGATGTTGAATTGAGTAGTAATAATTATTCGCAAAAACTTGATGATGAT TTCATGCCTAATGTTTATACAATGAATTTCAGTGATGACAATGAAGTTAA TCAAAACAATAGTTCTGATTCTGTTAGTAGTTACAACCCACAAGGCAACA TCAAATTCATGAGCAGTATTGAAACAGAAGCATCAGATGTAAACAATGTT CAAACTGACGATGAAATTAAAACAGAATCTATATCAAGTGTTGCGGAAAG TGAAGTAGCTGaaattttaactgaaaaatcAAATTCTGAAAGTATTATCA AGAGTGATAGATATGTGAGTGATTTCTCATCTGGCAGAAGTAGTAAATTG AGCCGTAAGAAATCAACTGAAATGACAATGACTTCACCAGAGCATAGAAA TACTTCAAGGCGAAAAATAAAACGTAGATCTAAATCTTCTCAACAAAAAT CATCAACATCAGCCTCCAGCAGAAAGACAACTTCCACTGAATCAGATACT GGGACACTGTCATCGACTTCAAGCATATCCTCAGATTCTGAACACTCCAA ATCATCCAATGTTTACACTGCCAAATCATCCCCCTCGCGTACTCGAAGAA AGCCAAAATCTTCCAAACacaaaactaaaaaacaaaCTCATACCTCAGTC CAAACAGACTTTAAACCGAATACAgcagacattttgaatttcaaatatcC ATGGCAACAAGACAGACCAAACAACATTGCAGCTCAAGTAGTGACCGGAG AAACACTTCATGTTTTGACTAATTATGACCCAGCAGTTTTAGCAGCCCAT GATATGATGAAATTTCACTTCAACCTTTTAAACCAACACATTGATAACAG TCGTCGACTATATGAAGCTTATTCAAAAGAAACTTCAAGTGGGAGATCTA AATATACTACTGTAGAAGATACGATGAATTTCATTGAGAAAAATCGACCT AAAGTTCAAACTTACGAAGAGGCTCTTGAAGACATAAAACGCAACAACAA agataattgattgatttaaaaaaggcTTTTAAATTTATCTTAATATATAA GGTCctgtgaaaattggaaaaatgaaattaggTCATGGTACATAAGCTTA GATTTTTGTGGTTAAGATTTATGCtgaattttggtaaaaatttcttctgt agaatattgctataaaattggCGTCAAAATTATCTGTTAGTAAGTGTTAT TTAAAAACTGCAGTTTTTCATACACAGTCCCTAACCTCGATTACTTCTAA TATTTTATAGTGACCAGTTTTGACATTTGAACATAAATATTTGAGCCTGA AAACTTCCAAAGTATCTTCTTAATCAaatgaatatttattttttatacgt TAAATgcatacttttttttaaaagctcatttcaaaatatattttatacaa attaatttaattaaacGTTGTACCTAAAAAAGTTACAGTATTTTTCTatt taaaaatctaatttttctatgaaaatgGTAATAAACTATGCCACGAATTG AACTCTTCCCTGAATCATAGAGAGAAGCCCTCGGACAATATTTTAATATT GCAAAGAACTCAAGAGTCGGATCCCAGATAAACTCGTTTTGTTGGAAGAG AG Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_220:459734..476371- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00052862 ID=TCONS_00052862|Name=TCONS_00052862|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=16638bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_220:459734..476371- (Clytia hemisphaerica) GCTATAAAATGTTTTGAAAATTATATTTTCCTTTTTAGTTAAATAATAAG
ATTAACAGAATAAAAAAATGATTAACAAAAGGTGCTGGAGTTAACAAGAT
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TAGAATTTTTGACCAACTTGGTTTCATGAAAATTTAACTCGTCAATTTAA
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ATTATCAAAACAATGTCAAACAATTCTCGAGAGAGATGGAAGAAAGCTCT
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GCTGCTCTTATAATATAAACTCTTTTTAAAAATGTTGATTGTTTCTGTTT
TTGAATTTAATTTTTTTAGACTTATTTATTTTAACTTTCTTTTGTTGCCT
TCTAGTTTTAGGGACTAATTGTTTTCCAGCTAGTTATCAAAGCATTATAC
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GCAATACCCCCTGTTTTTCTGTTCTGTTTTGTTCAAATCTCAATTTTTTT
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TTTTCTTCTTCATTTTTCTTCATGTTCTTTTCAAATTTCACGGAAAAAGC
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GCACACTTATCGTGAATAGACTTTAGTATTAAAGTCATAATAAAAAAGTA
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TCTAGTAATATATAAAATCATTTTGTAAGACTCTACCAGTGGCTAAGGTG
CCAAAGGTGATTTTATCAAGTTCTTTTTCAGTCAAACCTTTTTTAAATTG
GTTGTAAGTCTTTTGCCTTAGTTCAACTGGTAAAACATTCCAAACGTTAG
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AATTTAAGCTTAAACGAATTCCGATTTTTGCGTTTGTCACTTCTTGATAT
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TTGATGCTATTGAGCGCTTGTAATAATACTCAATTGGTTTCCACTCTGCC
TTTTTCATGACTTCATAATCGGATACAGACTTTTTAATACGCATTATAAA
ACGAGCAGCTTTCATGTGAATATTTTGTAAGTCTTGAAGGTGATTTGACC
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TAAATTGTCAATAGAGGTATCGGTTTTTGAGGCCAAAGAGGTGTTCAAAT
TTCCAGAGAACTATAAATTCCATACTTATTATTTTCAACAACTAGCAGCC
TGTTCCCCAGTTCATATTAGGGACCTTAAGCAACTAGGACGGCGGTTGTA
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CTTAGATTTAACTGGGTAATTACTGGACGTTTCAAAATTACAAGGCAACT
TCAAAAACATGTTTCGACGTTCTCTCTAAGACGAAGGCGGTAAAAGAGTA
CTATAATAATTAATCATTTAAATCACTCGGGAGATAAAAGATTATTTTTC
ACCAAAGTTTGCTTTTGTTAAAGTCCATTCACTTGCTATTAAACCATAGT
AAAATCGAATAAAATTTACCATTAGATTTTAATATTTTCTCCACATACTC
CCTCAAGTCGCCGTCCTAGTTGCTTAAGGTCCCTATTCAAGATTCAACAA
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GAAAATAAGCCGGTATATAGTAGAATACCGGAGATGCTATGTTTAAAAGT
TTGGAGCTTTTTTTTCTCGCCTCGTAACTTATGCGGGTCTGGGGACCAGA
CTGTGCAAAAGTCATACCAAAACCACTACTCGAAAAAAAAAGCAAAATCT
ACCAAGCAGAAGAGGGAAGAAACTTCTCTGGCAGTGGAACATCAATACCG
TCAACTGCTCCAACTTGGGACAAGTGTACGCAACATGGGACTTGTTGATA
TCTGGTCTCTATTTTCACTTACTGTAAAATCGAAAGAGAAATCATGTATT
TTTTAATACGCGGTTCATTAAACTCAAATCAAATGACTTTGGTGGCTTGG
TGAAATGGTGGTGGAATGGCCGTCCCATGTTGCGTAAGATAGTCCCAAGT
TGGAGCAGTTGACAGTACTTGAAGTGAGAAAGGAAGAAAGGTTCTCATTG
ATTTTCGGTATATTTTAAAATATGACGCTAAGGGTAGGGGGTGGGTGGCT
TTTTTAATTAGCGTTGGAATGACGCTAAGCATGGGAAAATCGATATGTGA
GTGGCCCCTTACCTGAATCAAGTTCAAGTTCCCAAGACAATTGATTAAAA
CTTGAAAACTTAAAATGAGACAAAATAAACGATTGCGAACGTGCAGCAGC
CAGAATATCAACCAACCAAATTTTGTCATTCAATTCCCAAGACAGCGCTT
TGATTTTTAAGGCCTTGTTTATACGCTGAAGTAAAAATAATTCCGTACAT
GTAAATGGGTCAGAGTTTGAGGTCTTTCCGGGAAATAGCCTATCCGGCAG
TGCACAGATTTAGGTGGATTCCTTCTCCCCTGTAGATCTACAGGGAAGAA
GTTCTTGAGAAGTTGATCTTCAAATTAGTTTTCAAGGTTGGCTTGGCTCA
AATCTTTTCATCTATTCTATGGCTCAAATTTTAGGCAATTTCTCATAGTT
TTTGAAAATGTTAATTTCATTAAAAAGCCCTGGGTTATTTTTTCATGAGT
CAAATGAGAAGTTTTGCAGCACAATTTTTGCTTGTGAGTTAAGTGATCGA
TATAGTGGCTTTCGCAGCAAATCTTTGATACACATTTCGGCAGGGCACCT
GGTAGCCTCTTCTTCTTATCTTAGCTTAGGAGAGTATGTTAATTGGATAC
AAAAAAGTATCCAAAATATAATAGCCCACAACACAGACCAACATTCTAAT
TTGGATACTGAAAACCAAAAAAAAACAACAATTTTTCAACAACCAGAGAC
ATCTGCACCATCTTACCATCTCCAAAATCTAAATAATTTTCCAAAGTGCG
CGATTAAAGTTACTGTATTCGATACAGATCTCACAATTTTCTGTAGAAGA
AAGGACTTTTAGAAGTCTGGGGTGTATGTGTGAATGTGCGCAATCTCAGT
TTACGTTTCTTGTCGTGAAGATCTGTTCCTTTTGCTAAATGAAAGCCTAC
CTGGTGAGAGTAGCGTGTTCACATTATTTGCAATCTATGATTTGCAGTTA
TATGTTAATCAAATGACTTTGGAGGTTCAATGAAATGGAGGCCAAATTGC
TGTCACATGCTTTGTTAGATGGTCCCAAGTTAGAGCAAGAGACGGTATTT
AGTATACCTGAATCTCCTAATTTGGATACTACTCTCCTAATTAGGAGAGG
TATATTAGGAGAGGTATCCTAATTTGCAATATATGACTGCAGGATAGGCT
TTTTCCTGGAAATTTTGCCAAACCCATACAGTTAGGATTAGGAACATTTG
GCAATCGTTTCGCGCTGCGATGGAGTGCATGATTCAGTTGGGAGATCATT
TTGGGTGTTTTGGCGTTACCACTCTCAAAGCAGCAGGCACCTATGTCTTT
CCACAACTCAATCCACCATTTTAGATGGCTTAAACAATAGATCCAAAAGG
GTCTTGCATGATAGGATTCTGCCATTCTGCCAGCAAAAAGTAAATGACAC
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AGGTGGACTGAGTTACAAAAAGAAAAAGGTGCCCACTGCTTTGAGGGTGG
TAACGCCCAAAATGATCATCAGACAGAAGGCGAGTTGCTGCACAAGTTAC
ATCATTCACTCCACCACAGTGTGCGCAACAAATTATGTTTCAGTGAATCA
ATAATTATTGTCATGACTTTTTTTTATTGCGGCTGCGTATAGAAACTTGC
AGAATGTTCCTAATTCTATTTATTAAGGAAAGGAGCTTAATTTTGTTGTG
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TATGTCAGTCGCCTCAAACAAAAAACTGGATTGCGTGGATTGTGGAGTGG
TAATAAATTTACTACCATGGTTGATGATGATAAAACGCCTGACATATCGC
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TAATGCAAAATATTCAATTTGCAGAACTCCAATTGGGAGATGTTGAATTG
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AGTATTGAAACAGAAGCATCAGATGTAAACAATGTTCAAACTGACGATGA
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GTGAGTGATTTCTCATCTGGCAGAAGTAGTAAATTGAGCCGTAAGAAATC
AACTGAAATGACAATGACTTCACCAGAGCATAGAAATACTTCAAGGCGAA
AAATAAAACGTAGATCTAAATCTTCTCAACAAAAATCATCAACATCAGCC
TCCAGCAGAAAGACAACTTCCACTGAATCAGATACTGGGACACTGTCATC
GACTTCAAGCATATCCTCAGATTCTGAACACTCCAAATCATCCAATGTTT
ACACTGCCAAATCATCCCCCTCGCGTACTCGAAGAAAGCCAAAATCTTCC
AAACACAAAACTAAAAAACAAACTCATACCTCAGTCCAAACAGACTTTAA
ACCGAATACAGCAGACATTTTGAATTTCAAATATCCATGGCAACAAGACA
GACCAAACAACATTGCAGCTCAAGTAGTGACCGGAGAAACACTTCATGTT
TTGACTAATTATGACCCAGCAGTTTTAGCAGCCCATGATATGATGAAATT
TCACTTCAACCTTTTAAACCAACACATTGATAACAGTCGTCGACTATATG
AAGCTTATTCAAAAGAAACTTCAAGTGGGAGATCTAAATATACTACTGTA
GAAGATACGATGAATTTCATTGAGAAAAATCGACCTAAAGTTCAAACTTA
CGAAGAGGCTCTTGAAGACATAAAACGCAACAACAAAGATAATTGATTGA
TTTAAAAAAGGCTTTTAAATTTATCTTAATATATAAGGTCCTGTGAAAAT
TGGAAAAATGAAATTAGGTCATGGTACATAAGCTTAGATTTTTGTGGTTA
AGATTTATGCTGAATTTTGGTAAAAATTTCTTCTGTAGAATATTGCTATA
AAATTGGCGTCAAAATTATCTGTTAGTAAGTGTTATTTAAAAACTGCAGT
TTTTCATACACAGTCCCTAACCTCGATTACTTCTAATATTTTATAGTGAC
CAGTTTTGACATTTGAACATAAATATTTGAGCCTGAAAACTTCCAAAGTA
TCTTCTTAATCAAATGAATATTTATTTTTTATACGTTAAATGCATACTTT
TTTTTAAAAGCTCATTTCAAAATATATTTTATACAAATTAATTTAATTAA
ACGTTGTACCTAAAAAAGTTACAGTATTTTTCTATTTAAAAATCTAATTT
TTCTATGAAAATGGTAATAAACTATGCCACGAATTGAACTCTTCCCTGAA
TCATAGAGAGAAGCCCTCGGACAATATTTTAATATTGCAAAGAACTCAAG
AGTCGGATCCCAGATAAACTCGTTTTGTTGGAAGAGAG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature Name | Unique Name | Species | Type |
TCONS_00052862-exon-scaffold_220-1575043694:476217..476371 | TCONS_00052862-exon-scaffold_220-1575043694:476217..476371 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00052862-exon-scaffold_220-1575043694:459734..461630 | TCONS_00052862-exon-scaffold_220-1575043694:459734..461630 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00052862-exon-scaffold_220-1510915933:476217..476371 | TCONS_00052862-exon-scaffold_220-1510915933:476217..476371 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00052862-exon-scaffold_220-1510915933:459734..461630 | TCONS_00052862-exon-scaffold_220-1510915933:459734..461630 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00052862-exon-scaffold_220-1491911889:476217..476371 | TCONS_00052862-exon-scaffold_220-1491911889:476217..476371 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00052862-exon-scaffold_220-1491911889:459734..461630 | TCONS_00052862-exon-scaffold_220-1491911889:459734..461630 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
scaffold_220 | supercontig | scaffold_220:459734..476371 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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