TCONS_00052862 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00052862
Unique NameTCONS_00052862
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length2052

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00052862 ID=TCONS_00052862|Name=TCONS_00052862|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2052bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_220:459734..476371-

Legend: exon
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>TCONS_00052862 ID=TCONS_00052862|Name=TCONS_00052862|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=16638bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_220:459734..476371- (Clytia hemisphaerica)
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AGATTTATGCTGAATTTTGGTAAAAATTTCTTCTGTAGAATATTGCTATA AAATTGGCGTCAAAATTATCTGTTAGTAAGTGTTATTTAAAAACTGCAGT TTTTCATACACAGTCCCTAACCTCGATTACTTCTAATATTTTATAGTGAC CAGTTTTGACATTTGAACATAAATATTTGAGCCTGAAAACTTCCAAAGTA TCTTCTTAATCAAATGAATATTTATTTTTTATACGTTAAATGCATACTTT TTTTTAAAAGCTCATTTCAAAATATATTTTATACAAATTAATTTAATTAA ACGTTGTACCTAAAAAAGTTACAGTATTTTTCTATTTAAAAATCTAATTT TTCTATGAAAATGGTAATAAACTATGCCACGAATTGAACTCTTCCCTGAA TCATAGAGAGAAGCCCTCGGACAATATTTTAATATTGCAAAGAACTCAAG AGTCGGATCCCAGATAAACTCGTTTTGTTGGAAGAGAG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_033394XLOC_033394Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00052862-exon-scaffold_220-1575043694:476217..476371TCONS_00052862-exon-scaffold_220-1575043694:476217..476371Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00052862-exon-scaffold_220-1575043694:459734..461630TCONS_00052862-exon-scaffold_220-1575043694:459734..461630Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00052862-exon-scaffold_220-1510915933:476217..476371TCONS_00052862-exon-scaffold_220-1510915933:476217..476371Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00052862-exon-scaffold_220-1510915933:459734..461630TCONS_00052862-exon-scaffold_220-1510915933:459734..461630Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00052862-exon-scaffold_220-1491911889:476217..476371TCONS_00052862-exon-scaffold_220-1491911889:476217..476371Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00052862-exon-scaffold_220-1491911889:459734..461630TCONS_00052862-exon-scaffold_220-1491911889:459734..461630Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
scaffold_220supercontigscaffold_220:459734..476371 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
11.09 10.542 2.7845 0.893609 46.7023 38.3166 55.0339 53.3907 20.9802 21.9721 14.5297 18.039 1.09296 0.23371 1.40247 1.49578 2.02965 1.66064 1.32353 0.711438 1.58573 2.15972 17.5648 14.5141 2.63753 4.4211 1.63246 3.09592 10.0841 10.7673
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00052862 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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