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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00058992 ID=TCONS_00058992|Name=TCONS_00058992|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5782bp
aaaatgaaatGGCTGGAGCATCGTTTGAatcttgaaatgaaaatgatcTT
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CTGAACTTCAAAAAAGTCTAACTGTTGTCCAACTTCTCAGCGAATCACGT
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TCAAAGCCTAATGGAAGTATTAATTTTGATTAGTTTCGAtaaattcaatt
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cgattgaaattcaattgtcaaacacaatcgaatctcgacatcaaaattct
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ACATgccgataaaaaaacaagtattagACAAAAATCTGTTTAGGCAATTT
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GCTTGCTTTCACCTTTGCACACTGCTGCATGTTTTATGTTATGcatgttt
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ttagtacccaccaaaattaaaaaatttctgacGTTCatcaaaattagttc
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GTTTTCATCACAATCTGATACTGACTGTTTGAAAGATGAAATTGACCATG
TTCTTTGTGATAAATTGAAAACTTGGGCGCTAGATAACCATTGCACAAGA
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GAACCAGATGAAGAAGGAAAACGTCATCAACTAGAAGAGTCGGGACTTAC
TCCACTGCTTATTGATCTGATTAAAGATGTTGCAATTGATCCCATGCACC
TGGTTTATCTGGGTGTGACCAGACGTCTTCTCTATTACATGAAAggattt
tataagaatatcagaaATGGGAAATTATCATCTGCTTACTTAAATGCTAT
TACAATTGAGTTGAGTACTCTAAAATTACCAGCAGAATTTGCCAGACAGC
CTAGAGGTCTTTCAGAATTGGATCGCTGGAAGGCTACAGAATTTAAATCA
TTTCTCTTGTACACTGGCATTACCATCTTGCGAAGGTATTTATCCCCAGC
TGTTTGGACACATTTCATGAGCTTTTCTATTGCTATTAGACTGTTGAGTG
AAGAGAATGACACTATAAGAAACTCAAATCTATTAGTTGCAGAAAACCTG
TTAAAAGACTTCATCACAAGTTCTCACAATTTCTATGGAGAAACATTTTG
TGTATATAATGTTCACAACCTAATACACCTAGTTGAAGATGTTGCCTATT
TCCAGCTTCCACTTATTAGATATTCCTGCTTCCAGTTTGAGAATCACCTA
CAGAAAATCAAGAGTCTGGTCAGGGGTAGGAACAATCCTCTGGCTCAAAT
TGTGAAAAGAACAGACGAATTGGATGGTAGCTATTATTTAAACGTTCCAC
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ACATATCTCTTCATCATTCGAAAGTTGGAAAATGATGGCTCTGTTTTATG
TGATACTTTTCCTGTAAACACTTTGCAgtctttttttaatgtttccaatg
TTGACTCAAAAGTTTTGGGCATTTATGTTTTAAAACGCACATTTCAAGCA
ACACTTGGTAAGTTCTTGAAAGAAGATTTATCCAAAAAATGTGTTTGTTT
ACCATGTGGAAACGATTTTATTATTATTCCTTTATTGTGATTTTTAATCT
GAAGATTCCTATACTAATAATTAAAATACAAT Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_315:59398..65179- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00058992 ID=TCONS_00058992|Name=TCONS_00058992|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5782bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_315:59398..65179- (Clytia hemisphaerica)
AAAATGAAATGGCTGGAGCATCGTTTGAATCTTGAAATGAAAATGATCTT
TTGGAAAGCTGACTTTTAGATAATTTTAGAGCATGGTTGCAAAAGTGTAA
GTTTATTATTAATCATGTTGATGTTTTCCCAGTCAGCAGTGTTCAGCTAA
CAAGAAATGAAATCTGCTGTTTGCCATAACTTTCAAGGTTAGCCAGATTT
TTTTCTGTATAAGAATACCAGGTAGAGGAAGCATGGATGCAGGCCAAGTT
TTCTATTCACTAAATTGAGATGTCAAAACATCAAGAGTGTTAAAGAATCC
TCTAATAAGAATCATCTAGCTAATGTTATTATCCCTGTTTTAATTTCCTC
ATTTTACATTGTGCATTCATCTTAAACATTGCTTGGTTGAATTGATTTAG
TTCAATGACTGTTTTTTGTTCGATGAAGTTTGATTGGTTTGATTGCCGAC
TGACAGGGTGTGTTTTTCTGTGAAAAAAGTGATCATACTGTCATATGAAT
GGGGCTAAAAATACCTAAATTTTTTCAAAACTTTATAATTTGTCCACATA
TTTTTCCCAACATTTCCAAAAAAGGAGAGATTGATTTTTCTAATTTACCA
GGCGATGTCAAACGAACGTTATCGAGCTGATTTTCGTATTTGAACCATCA
AACTTAATCAAACAGAATCAAACGATAGGTGTTTGACTACCCCAGACGGT
CGTAATCGATAAAATCGACCATCGATTGCAATCGATAGATAATGGATATT
AATCGATCAATTAGTTATCGATTAAAATCGATAATCGATAGCTAATCGAT
TACTAATCGATCGCATTGATTAGTTCGATAGCTAAGGGGTCAGTCACAAA
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CCACCCACACCCAAAAACGTCAAACACCTTGATATCCCCGAAAATCGATA
AAAACTGCCTTCATTGCCGTTTCGTCAGCCATCTTGATTTTCACTACGGC
TCCCATAGTTTATATTTGAAAAAAAAAAGAAACGGAGATAATTTCTAAAC
TTGTTCACAAAATTCCCGTAATGAATTATCTCCGTAGTATGTAGCGACAG
AAAGAACGGCCATCTGCAAAAATTCAAGGGCCGTTCGGGCCGTCAAACAA
AGAAAAGACCGGGCCGTTTGTTTTGGTTTTCAAAACGAAGCGATCAAACA
GAAACATGGCGAGAAGTAATATTTGGCATGGAATGAAAAATCGATGTTTC
TGAAAAACGTCAACAACCTTTAACCCACCCACCCATATACGTCAATTGAC
GTTCTTCTAACTTAAAATCGATTTGTGACTGACCCCTAATTGACGCTCAA
AAAATTGTGAATATCGATTAATAATCGATAACCAATTGATCGATTAATAT
CGATTGTAATCGATCGATTTTATTAATTACAACCGTCTTAACTATCGTGC
CAAACCCAATCAACGAATCAAACATCTATCAAACATTATGAAAATTTCTT
GATTAGTTAGATTCGATGACCTTCGATAACCTTCGATAGAGTTTGACAGG
AACAAACGTCATTTTGAGCGGCCGTCTGCCAATACGCCCAGGCGTAATCT
ATCGAATTTTGCGATTATCGAATTAAGCGAAGCCATTATATTTCGATTAA
TCAAAATAATCAAAGCCTAATCGAATTAATTGAGATAAAAAAATCTTGGA
AAATTCGATCAATTCGATAAGTTTGATTGGGCTTCGATTTGCCTTGATAG
CTTCGATTAGTTTCAATTTTCCAATTTTCTTTATTGCATTTCTTGTTCAA
TGGATATTGGTGTGAAGGAACTTTCACGAAGTCTTAAGTGACGGCTTAAA
ATTCATTGTCGAGCTAATCGCACCACACTTTTTCAATAAAATGACGTTAA
CTGAACTTCAAAAAAGTCTAACTGTTGTCCAACTTCTCAGCGAATCACGT
GCACTTTTTTCAATGACTTTTTCTGGCCTGTTTCTTTGTTTTTATTCTCA
TAACAGATCATGCACATTAATCGAAGGTATAGAACACTTATCAAAGCTTA
TCAAAGATTATCAAATCTTAATCGAAACTTATCGAACATTAATCGAACTA
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TCAAAGCCTAATGGAAGTATTAATTTTGATTAGTTTCGATAAATTCAATT
AAAAATCGAATTCAATTTTGTTCGATAGATTACGCCTGGATACACCCAAA
CGATCTCAATCAAACAGAATCGTCGAATAACCAAATCGAATGCAATCGAC
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GTATTCAATTGGTTCGATTGTTGCTCAACTGCATTCCATTGTCGTTCGAC
TGCATTCGGTATGTTTGGAAGAAAATTTTTACATCAGTTGTTGCTAAATA
AGGCAAGTCCAATTAAACATTTACAAACCCAATCGAACGCATTCAAACAC
AATCCAAATGCAGTCAAATCCTAATTTATTGGAATATAAATAAGAAAATC
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ACATGCCGATAAAAAAACAAGTATTAGACAAAAATCTGTTTAGGCAATTT
CTTCCCGATTCCGTCCACAAACTCCACTGAAAGTGAAAGCATACAATTTT
GCTTGCTTTCACCTTTGCACACTGCTGCATGTTTTATGTTATGCATGTTT
TTTATGTTTATTGCAGTTATAATATTGATGTGTTTATCTTTTTTCAAATT
TAAATACCATATAGTTCATTGAAAATGGGACCTTTTTTTTTTTGGGATGG
ATAGAAAGAAGAGAAAACAAAGGTAAGTTCTCTCTTCTTATTTTTATGAG
TAAAAAATGTCAATTGTAGTTCAGACAAACTGGATAGGGAATTTTGATTT
GGTAGCAGCCAAATTTGAAATTTTGCAACTTTTGACCCATTGAAATTTTT
CATTTTTGTGTATTTGTTTTTTGTCAAATTTGACTGAAAAACTCCAAATT
AAAGTACCAGCAAAAATCATTACCATTAGGTATATACAGGATTTACCTTA
AGGGAACTTATTTTGGTGGGAACTAATTTTGGTGAAATTGGCAAGCAAAC
TCAAAATTCACCAAATTTAGTTCCCACCAACAAAATTGATTTTCTAGGTC
ATTCGCCCATATTAAATTTGTTGCTCACTCGCCAAAATAACTTCTCACCA
AAATTATTTTTTTGGTGTTTTGCCAGGTTTTGCTTTGAATTCAACAAAAT
TGCTCCAAATAAGGCAAAATAGAACATATTGAAGCTGTCATTCGCCAAAA
TTAGTACCCACCAAAATTAAAAAATTTCTGACGTTCATCAAAATTAGTTC
TCACCAAGAAAAGTTCCCTTAAGATACTTTCATTTTAGGCTGCTTAAGTC
TTGGAGAGCAAGAAGAAAGAAAGTTATATCTGCTTCATCTCGGTGTAACC
AAGGGAGTTCTTCATCGAGCGATTTTGATCCAGAACCGGAAGGAACTGCT
GACAATGCTGCTAATCATATATCACCAGAAAACGAGGGTCATACAAGTTC
TGAAGAAGTTGAAGTTGGGTCACCTAGTGTTTTTGAAGACATAGATCATG
TTGATGAGGCTGTTGTTGCTTCTGCTGAAAATTTTTTGCCTGGCGACATT
GTTATTTCTAATGATGAAAACGATTCTTCACCAGCTGAATCTCCTGATTC
GTTTTCATCACAATCTGATACTGACTGTTTGAAAGATGAAATTGACCATG
TTCTTTGTGATAAATTGAAAACTTGGGCGCTAGATAACCATTGCACAAGA
ACATCAATCAACCAAATATTGACCATTATTCGTGACTTGGGTTGTAATTT
ACCAAAAGATTCAAGAACGTTACTCAATACTCAAAGAAGTGTTGAACTGA
GGCAAATGGGACTAGGATATTATATCTATATTGGCGTGGAGAATCGAATC
AGAAAACTTCTTGCTCTGAACGACAATTTGAATACCATTGTTTTAATGAT
AAATATAGATGGTCTGCCCCTATTCAAGTCAAGTCCCATCAACCTTTGGC
CCATATTGATTCAATTCCACCGTTTTAAACCAATATCTGTTGCTTACTTT
TGTGGAACATCAAAGCCCCCATTTGAAGAATTTCTTAAAGACTTTGTCAT
TGAAATGAATTTTCTGCTTCATAATGGTATAAATTTTAATCATGTTCATC
ATCCAGTTACAATATTTTGTTTTACTTGTGATTCGCCTGCACGCTCAGGA
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TGGTTTATCTGGGTGTGACCAGACGTCTTCTCTATTACATGAAAGGATTT
TATAAGAATATCAGAAATGGGAAATTATCATCTGCTTACTTAAATGCTAT
TACAATTGAGTTGAGTACTCTAAAATTACCAGCAGAATTTGCCAGACAGC
CTAGAGGTCTTTCAGAATTGGATCGCTGGAAGGCTACAGAATTTAAATCA
TTTCTCTTGTACACTGGCATTACCATCTTGCGAAGGTATTTATCCCCAGC
TGTTTGGACACATTTCATGAGCTTTTCTATTGCTATTAGACTGTTGAGTG
AAGAGAATGACACTATAAGAAACTCAAATCTATTAGTTGCAGAAAACCTG
TTAAAAGACTTCATCACAAGTTCTCACAATTTCTATGGAGAAACATTTTG
TGTATATAATGTTCACAACCTAATACACCTAGTTGAAGATGTTGCCTATT
TCCAGCTTCCACTTATTAGATATTCCTGCTTCCAGTTTGAGAATCACCTA
CAGAAAATCAAGAGTCTGGTCAGGGGTAGGAACAATCCTCTGGCTCAAAT
TGTGAAAAGAACAGACGAATTGGATGGTAGCTATTATTTAAACGTTCCAC
TGACTGTAAAAGTCAAATCTGATCAAAAGAATTCATTTTTTCTTAACAGT
ACATATCTCTTCATCATTCGAAAGTTGGAAAATGATGGCTCTGTTTTATG
TGATACTTTTCCTGTAAACACTTTGCAGTCTTTTTTTAATGTTTCCAATG
TTGACTCAAAAGTTTTGGGCATTTATGTTTTAAAACGCACATTTCAAGCA
ACACTTGGTAAGTTCTTGAAAGAAGATTTATCCAAAAAATGTGTTTGTTT
ACCATGTGGAAACGATTTTATTATTATTCCTTTATTGTGATTTTTAATCT
GAAGATTCCTATACTAATAATTAAAATACAAT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00058992-exon-scaffold_315-1575043694:59398..65179 | TCONS_00058992-exon-scaffold_315-1575043694:59398..65179 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00058992-exon-scaffold_315-1510915933:59398..65179 | TCONS_00058992-exon-scaffold_315-1510915933:59398..65179 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00058992-exon-scaffold_315-1491911889:59398..65179 | TCONS_00058992-exon-scaffold_315-1491911889:59398..65179 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_315 | supercontig | scaffold_315:59398..65179 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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