TCONS_00069167 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00069167
Unique NameTCONS_00069167
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length615

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00069167 ID=TCONS_00069167|Name=TCONS_00069167|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=615bp
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TAAAAAACCCATAAGATTTTAATTTCCAGGGAGCTTGTAGCTCAATTTCC
AGCTGATATTGGAAA
Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00069167-protein

>TCONS_00069167-protein ID=TCONS_00069167-protein|Name=TCONS_00069167-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=116bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_495:128047..161264-

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00069167 ID=TCONS_00069167|Name=TCONS_00069167|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=33218bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_495:128047..161264- (Clytia hemisphaerica)
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Coding sequence (CDS) from alignment at scaffold_495:128047..161264-

>TCONS_00069167 ID=TCONS_00069167|Name=TCONS_00069167|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=1053bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_495:128047..161264- (Clytia hemisphaerica)
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AGAACCATGTCAAAACACATCACACAAGTGTGGTTCATGGAAGAAATATT
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TGTCGAAGCCAAGCTGTTTGACTGCAACATGCACCGACAAAATGGCAGGC
AATCTTTGCCAAAACTTGGTGACGAAACATCAATGTAAAACAAACGATTA
CGTCCAAAAACAATGTCCAAAATCATGTTTCAACTGTGGGCCCCCACCAC
CAAAGAGAAAACATTTGCTTCAGAAAAATCTTTAAAATGGCTGGAGCTAT
CAAGATTATTTTTGCATTAGTTTTTGTTGCTGCTGTATGGAGCTTTTCTG
AAG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_043113XLOC_043113Clytia hemisphaericagene
The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00069167-proteinTCONS_00069167-proteinClytia hemisphaericapolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
scaffold_495supercontigscaffold_495:128047..161264 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.174767 0.0852128 0 0 0 0 0.112345 0 0 0.0912107 0 0 42.7495 3.86198 7.68223 24.9488 3.16802 5.65577 216.523 204.636 10.0587 0.000768799 2.40255e-05 0.189236 0 2.21443e-08 0.11982 0 0.096989 0
Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
TermDefinition
IPR003582ShKT_dom
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00069167 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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